Wspomniany Jan (Iwaszko) Semenowicz Sapieha, który był konwertytą z prawosławia, 30 kwietnia 1513 r. ufundował pierwszy drewniany kościół pw. Ducha Świętego, Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, św. Jana Chrzciciela, św. Katarzyny Dziewicy i Męczennicy, św. Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny i św. Antoniego Padewskiego, nadając mu dziesięcinę snopową z folwarków w Andryjankach, Knorydach i Dubnie oraz inne przywileje. Pracę duszpasterską powierzono wówczas ks. Aleksemu. W 1517 r. funkcję proboszcza pełnił już ks. Bartłomiej, a wikariusza - ks. Jakub z Moczydeł. W czasie wojen szwedzkich na przełomie1659/1660 r. Boćki i kościół zostały doszczętnie zniszczone przez wojska moskiewskie księcia Iwana A. Chowańskiego „Tararuja” (zm. 17 września 1682), wojewody tulskiego (1650-1656) i mohylewskiego (1656-1666).
W 1703 r. na miejscu poprzedniego kościoła zbudowano kolejny, drewniany, dzięki staraniom ks. Kazimierza Sturzymowskiego, proboszcza boćkowskiego (1698-1722). Jego konsekracji dokonał w 1726 r. ks. Stefan Rupniewski (1671-1731), biskup łucki (1721-1731). Kościół ten w 1828 r. został zamknięty, gdyż groził zawaleniem, a potem całkowicie rozebrany (1850). Na jego miejscu stoi do dziś w parku żelazny krzyż, ufundowany przez parafian w 1916 r.
W tej sytuacji nabożeństwa parafialne zaczęto sprawować w murowanym kościele klasztornym Ojców Reformatów pw. św. Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny i św. Antoniego Padewskiego, który znajdował się przy wylocie gościńca bielskiego z miasta. Ufundowali go Józef Franciszek Sapieha (1670-1744), podskarbi nadworny litewski (1706-1709; 1713-1744) i jego żona Krystyna z Branickich (ok. 1688-1761) wraz z córką Teresą (1723-1777). Okazją ku temu stała się cenna relikwia Ciernia z Korony Chrystusowej, która miała być przechowywana w tej świątyni. Razem z nią został wzniesiony klasztor Zakonu Braci Mniejszych św. Franciszka - reformatów. Zgodę na nową fundację wyraziła Kapituła Prowincji Wielkopolskiej pw. św. Antoniego Padewskiego, która odbyła się w Łąkach Bratjańskich 26 sierpnia 1725 r. 5 czerwca 1726 r. rozpoczęto budowę kościoła oraz klasztoru o dwóch kondygnacjach i trzech skrzydłach otaczających świątynię, według projektu brata zakonnego Mateusza Osieckiego (zm. 29 lipca 1741). 19 lipca 1730 r. poświęcono kamień węgielny. Budowę kościoła zakończono 28 września 1739 r. Jego konsekracji dokonał w XV niedzielę po Zielonych Świątkach, czyli 7 września 1744 r., ks. Stanisław Rajmund Jezierski (1698-1782), biskup bakowski (1737-1782) z Mołdawii.
Z polecenia wdowy Krystyny z Branickich Sapiehy obok kościoła zbudowano w latach 1744-1746 murowaną dzwonnicę - wieżę zegarową, według projektu pułkownika Jana Henryka Klemma, architekta Jana Klemensa Branickiego z Białegostoku (1689-1771). Kolejnymi kolatorami boćkowskiej parafii były rody: Branickich i Potockich.
Po powstaniu listopadowym we wrześniu 1832 r. rząd carski usunął zakonników do Różanegostoku i skonfiskował beneficjum. W 1902 r. klasztor przejęli prawosławni, którzy po czterech latach (w 1906 r.) zwrócili katolikom pomieszczenia klasztorne na górze i dole. W 1912 r. prawosławni rozebrali klasztor, a cegłę przekazali na budowę cerkwi w Andryjankach. Duże szkody wyrządzili żołnierze 30 lipca 1944 r., niszcząc dach i wiele paramentów liturgicznych. Po ustaniu działań wojennych restaurację kościoła rozpoczął ks. kan. Jan Warpechowski (1879-1946), ówczesny proboszcz boćkowski (1909-1946).
Uwzględniając wielowiekowy kult św. Antoniego Padewskiego, bp Antoni Dydycz 17 stycznia 2000 r. podniósł boćkowską świątynię do godności Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego.
Obok kościoła znajduje się nowa, murowana plebania, której budowę rozpoczął w 1976 r. ks. Michał Sokołowski (1910-1980) ówczesny proboszcz (1946-1980), a zakończył w 1982 r. kolejny proboszcz (1980-1988) ks. Tadeusz Biały (1926-1988). Na placu kościelnym stoi również budynek parafialny odrestaurowany w latach 1966-1967, staraniem wspomnianego ks. Michała Sokołowskiego.
Naprzeciwko kościoła po drugiej stronie drogi stoi stara, drewniana plebania, wzniesiona w 1913 r. przez ks. kan. Jana Warpechowskiego, proboszcza boćkowskiego. Od 1991 r. spełnia ona rolę ośrodka oazowego w okresie wakacyjnym, a od 1 lipca 2001 r. stanowi Ośrodek Duszpasterski „Antonianum”.

Bibliografia o Boćkach: A. Chodowiec, Dzieje parafii Boćki w XX w., Warszawa Drohiczyn 1994 (mps); M. Kałamajska-Saeed, Boćki, woj. białostockie. Wystrój kościoła poreformackiego, Warszawa 1997 (mps); Z. Młynarski, Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego w Boćkach, Boćki 2000. K. Ulikowska, Parafia boćkowska i jej parafianie w latach 1905-1939, Białystok 1983 (mps); J. Putkowska, Architektura zespołu klasztornego w Boćkach, Kwartalnik Architektury i Urbanistyki 16 (1971) z. 1, 39-53.

Kaplice:

Krasnowieś - kaplica dojazdowa pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy, zbudowana w latach 1983-1984, staraniem ks. Tadeusza Białego. Jej poświęcenia 27 czerwca 2000 r. dokonał ks. Antoni P. Dydycz.

Porządek Mszy św.:

- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 8.30, 10.00, 12.00
- kaplica w Krasnowsi: 14.00
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 8.30,10.00, 12.00, 18.00
Odpust w parafii: św. Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny, św. Antoniego Padewskiego
Nabożeństwo adoracyjne: 15-17 sierpnia
Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1941 r.
Księgi Małżeństw: od 1944 r.
Księgi Zmarłych: od 1944 r.