Pierwotna nazwa tej wsi brzmiała - Pierlejewo. W 1407 r. bracia Leszczyńscy z Leszczki ufundowali tutaj kościół pw. Trójcy Przenajświętszej, Ciała Chrystusowego, Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i Wszystkich Świętych i uposażyli go w 3 włóki ziemi. W 1418 r. Witold Aleksander (ok. 1348-1430), wielki książę litewski (1392-1430), nadał wieś Perlejewo Janowi z Białoskurów herbu Abdank. Plebanem perlejewskim w latach 1450-1473 był ks. Jakub, a po nim ks. Stanisław (1476) i ks. Mikołaj (1476-1485). W świetle dokumentów Konsystorza Janowskiego z 1568 r. parafialne beneficjum w 1473 r. zostało powiększone o 1 włókę ziemi, którą ofiarował syn wspomnianego Jana - Paweł, zwany Durs, dziedzic Perlejewa i Pieczysk.
W okresie „potopu szwedzkiego” w 1657 r. kościół perlejewski, który leżał wówczas przy znanym trakcie, został zniszczony przez Szwedów, Węgrów i Kozaków. Do budowy kolejnej świątyni pw. św. Piotra w Okowach, Przemienienia Pańskiego i św. Mikołaja przystąpił w 1664 r. ks. Grzegorz Koryciński, ówczesny proboszcz (1663-1665). Kolatorem tej świątyni był Aleksander Radziszewski herbu Niezgoda (zm. 24 kwietnia 1670), podkomorzy drohicki (1663-1664). Druga świątynia perlejewska spłonęła w 1706 r. Rok później Baltazar (Balcer) Ciecierski (zm. 15 lipca 1750), stolnik drohicki (1710) ufundował kolejny drewniany kościół. W latach 1740-1753 ks. Maciej Święcki, proboszcz perlejewski (1740-1782) wyposażył nową świątynię w siedem ołtarzy. W VIII niedzielę po Zielonych Świętach 21 lipca 1754 r. konsekracji kościoła i trzech dzwonów dokonał bp Ludwik Riaucour (1700-1777), biskup tytularny Ptolemaidy (3 marca 1749), sufragan łucki (1749-1777).
Budowę obecnego murowanego kościoła rozpoczął w 1859 r. ks. Józef Srzedziński (1818-po 1891), proboszcz perlejewski (1859-1863), przy pomocy budowniczego Jana Orłowskiego. Kamień węgielny poświęcił 6 sierpnia 1859 r. ks. Adam Radziszewski (1819 - po 1880), archidiakon białostocki (1848-1863), proboszcz dziadkowicki (1846-1863). Jednak w 1863 r. budowa została przerwana, ponieważ ksiądz proboszcz został zesłany do guberni orenburskiej - w ramach kary za patriotyczne kazania. Dopiero w 1883 r. dokończono budowę, pod kierunkiem ks. Wincentego Szabłowskiego (1833 - po 1912), ówczesnego proboszcza (1877-1886). W tym też roku władze carskie zarekwirowany beneficjum kościelne. Poświęcenia nowej świątyni dokonał w pierwszą niedzielę adwentu 27 listopada 1884 r. proboszcz, ks. Wincenty Szabłowski w towarzystwie ks. Konstantego Waszkiewicza (ur. 1835), proboszcza ciechanowieckiego (1884-1891). W 1899 r. położono nową posadzkę z terakoty - w miejsce drewnianej podłogi.
Obok cmentarza kościelnego stoi nowa, murowana plebania wybudowana w latach 1980-1984 przez ks. Romana Wodyńskiego (prob. 1967-1988).

Kaplice:
Żale: kaplica dojazdowa zorganizowana w budynku szkolnym w 1991 roku, staraniem ks. kan. Kazimierza Olszewskiego.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 8.45, 10.00, 12.00
- kaplica w Żalach: 14.00 (druga i ostatnia niedziela miesiąca)
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy: 8.45, 12.00, 16.00

Odpusty w parafii: Przemienienia Pańskiego - 6 sierpnia; św. Franciszka - 4 października
Nabożeństwo adoracyjne: piątek - II niedziela adwentu

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1941 r. (1941-1945 skorowidze)
Księgi Małżeństw: od 1946 r. (1884-1945 w Urzędzie Gminy)
Księgi Zmarłych: od 1949 r. (1874-1948 w Urzędzie Gminy)

Bibliografia: E. Borowski, Szkic do dziejów parafii rzymskokatolickiej w Perlejewie, Drohiczyn [b. r.] (mps); M. Kałamajska-Saeed, Ciechanowiec, Zambrów, Wysokie Mazowieckie i okolice (Katalog Sztuki w Polsce, t. IX, z. 2), Warszawa 1986.