8 listopada 2000 r. została zarejestrowana Fundacja Dom Trzeciego Tysiąclecia im. Stefana Kardynała Wyszyńskiego. Najważniejszym celem Fundacji jest propagowanie nauki Prymasa Tysiąclecia oraz wspieranie budowy Domu o tej samej nazwie, który powstanie przy kościele pw. św. Katarzyny w Zamościu. Dlaczego właśnie ta postać ma patronować dziełom Fundacji i wznoszonemu ośrodkowi, jakim będzie Dom Trzeciego Tysiąclecia.
W Zamościu są osoby, które bardzo dobrze pamiętają biskupa lubelskiego, późniejszego Prymasa Polski. Wpisał się w ich pamięć tak jak tysiącom innych Polaków jako człowiek niezwykłej miary, wielki Polak kochający Ojczyznę bardziej niż własne serce. Oddany bez reszty służbie Bogu i człowiekowi. Jako ten, który dla Kościoła i Ojczyzny nie ugiął się przed prześladowaniami i więzieniem. Wszystkie cierpienia znosił z męstwem i pokorą, zawierzając się codziennie Maryi. Jej zaufał i w Niej pokładał nadzieję przy podejmowaniu wszystkich inicjatyw duszpasterskich. 14 lutego 1953 r. powiedział znamienne słowa: „Wszystko postawiłem na Maryję”.
By ożywić pamięć o wielkim Prymasie Polski, grupa inicjatorów zapragnęła wznoszony Dom przy kościele św. Katarzyny nazwać jego imieniem. Brzmiały im w uszach także słowa Ojca Świętego Jana Pawła II, który powiedział: „Jako nieustraszony rzecznik człowieka oraz jego nienaruszalnych praw w życiu osobistym, rodzinnym, społecznym i narodowym, stał się zmarły Prymas szczególnym przykładem żywej miłości Ojczyzny i musi być policzony jako jeden z największych mężów w jej dziejach”. Nikt dziś nie wątpi, że Jan Paweł II i Prymas Wyszyński to najwięksi Polacy i największe autorytety minionego tysiąclecia. Chcemy czerpać z ich duchowego dziedzictwa. A jest ono wielką kopalnią wiedzy o Bogu i człowieku.
Cieszymy się, że są ludzie w naszym zamojskim środowisku, którzy chcą przybliżać postać Stefana Kardynała Wyszyńskiego, ofiarować swój czas i wysiłek, by wartości religijne, narodowe i społeczne zawarte w nauczaniu Prymasa Tysiąclecia przybliżyć tym wszystkim, którzy znajdują się obok nas, a zwłaszcza młodemu pokoleniu. Takie osoby uchwałą Zgromadzenia Fundatorów z 2 kwietnia 2004 r. zostały powołane na drugą kadencję do Rady Fundacji, Komisji Rewizyjnej i Rady Programowej. Wręczenie nominacji miało miejsce 24 kwietnia podczas świątecznego spotkania w sali duszpasterskiej przy kościele pw. św. Katarzyny.
Nominację otrzymało 28 osób: 7 do Rady Fundacji, 3 do Komisji Rewizyjnej, 18 do Rady Programowej. Wśród nich znajdują się m.in.: prawnicy, ekonomiści, nauczyciele, lekarze, architekci, rolnicy, budowlańcy, pracownicy nauki, pielęgniarka, informatyk, a także kilku księży, którzy wraz z osobami świeckimi chcą szerzyć nauczanie Prymasa Tysiąclecia. Wiele z tych osób reprezentuje różne ruchy i stowarzyszenia katolickie. Sam Zarząd Fundacji, w skład którego wchodzi: ks. Marek Żur - prezes, Maria Besztak - wiceprezes, Jadwiga Mazur - sekretarz został powołany na drugą kadencję uchwałą Rady Fundacji 17 października 2004 r.
Ks. Zdzisław Ciżmiński - prezydent Zgromadzenia Fundatorów zapoznał zebranych z bieżącymi sprawami Fundacji. Każdy otrzymał przygotowany na piśmie plan pracy Fundacji na rok 2005. Zostały omówione najpilniejsze sprawy, takie jak funkcjonowanie biura Fundacji, otwarcie poradni religijnej, gromadzenie funduszy potrzebnych do realizacji celów Fundacji.
Spotkaniu towarzyszyła serdeczna i przyjacielska atmosfera, a zakończyła je wspólna modlitwa w intencji zgromadzonych osób, prac podejmowanych przez Fundację i budowy Domu Trzeciego Tysiąclecia w czasie Mszy św. o godz. 17.00 w kościele pw. św. Katarzyny. Po Mszy św. odbyło się jeszcze spotkanie z ks. prof. Tadeuszem Guzem na temat kształcenia i wychowania w nauczaniu Stefana Kardynała Wyszyńskiego.
Wszystkim osobom związanym z Fundacją życzymy niegasnącego zapału do szerzenia dobra w naszym zamojskim środowisku, a chętnych zapraszamy do współpracy i tworzenia kręgu przyjaciół Prymasa Tysiąclecia. Okazją do tego jest dzień modlitw o beatyfikację sługi Bożego Stefana Kardynała Wyszyńskiego. 28 dnia każdego miesiąca gromadzimy się o godz. 17.00 w kościele pw. św. Katarzyny w Zamościu.