Podczas pielgrzymki Papieża Jana Pawła II do naszej Ojczyzny w 1999 r., kiedy był on w Polsce aż 13 dni, odwiedziny Jasnej Góry nie były przewidziane w programie oficjalnym i do ostatniej chwili nie były pewne. Sanktuarium jednak czekało na Papieża, a pielgrzymi gorąco modlili się o jego przybycie. Tak też się stało.
17 czerwca Ojciec Święty niespodziewanie przybył do Gliwic. W dialogu z licznie zgromadzonymi w ostatniej chwili pielgrzymami Papież powiedział: „Jeszcze pojadę Matkę Boską Częstochowską przeprosić i ze spokojnym sumieniem odjadę, bo mi Ślązaki z Gliwic przebaczyły”.
Stając zaś na Jasnej Górze tego samego dnia, po osobistej modlitwie przed Maryją w Kaplicy Cudownego Obrazu, Jan Paweł II powiedział do licznie zgromadzonych wokół Sanktuarium pielgrzymów: „Nie mogło zabraknąć na szlaku mojej pielgrzymki do Ojczyzny Jasnogórskiego Sanktuarium. To miejsce jest tak bardzo drogie mojemu sercu i tak bardzo bliskie każdemu z Was, Drodzy Bracia i Siostry. Przyzwyczaiłem się, jak my wszyscy, przychodzić tutaj i przynosić Matce Syna Bożego i naszej Matce sprawy osobiste i rodzinne, jak również wielkie sprawy narodowe, jak to czynili nasi przodkowie przez całe stulecia”. Papież mówił następnie o tym przyzwyczajeniu pielgrzymowania do Maryi, bo Ona jako Matka towarzyszy Ludowi Bożemu na drogach wiary jako Matka i Królowa narodu. Wyraził też radość, że na tym szczególnym miejscu modlitwy może „spojrzeć z bliska w Jasnogórskie Oblicze naszej Matki”.
Na zakończenie swej krótkiej refleksji Jan Paweł II podziękował Maryi za opiekę podczas jego posługi w Polsce i wypowiedział kolejny jasnogórski Akt Zawierzenia, polecając Matce Bożej przede wszystkim polskie dzieje. „Zawierzam macierzyńskiej opiece Pani Jasnogórskiej - mówił Papież - siebie samego, Kościół, moich rodaków, nie wyłączając nikogo. Zawierzam Jej każde polskie serce, każdy dom i każdą rodzinę. Wszyscy jesteśmy Jej dziećmi. Niech Maryja będzie przykładem i przewodniczką w naszej codziennej i szarej pracy. Niech wszystkim pomaga wzrastać w miłości Boga i miłości ludzi, budować wspólne dobro Ojczyzny, wprowadzać i umacniać sprawiedliwy pokój w naszych sercach i środowiskach. Proszę Cię, Pani Jasnogórska, Matko Królowo Polski, abyś cały mój naród ogarnęła Twoim macierzyńskim sercem. Dodawaj mu odwagi i siły ducha, aby mógł sprostać wielkiej odpowiedzialności, jaka przed nim stoi. Niech z wiarą, nadzieją i miłością przekroczy próg trzeciego tysiąclecia i jeszcze mocniej przylgnie do Twojego Syna Jezusa Chrystusa i Jego Kościoła zbudowanego na fundamencie Apostołów. Matko nasza Jasnogórska, módl się za nami i prowadź nas, abyśmy mogli dawać świadectwo Chrystusowi - Odkupicielowi każdego człowieka”.
To zawierzenie ma charakter ściśle polski, bardzo osobisty, gdyż Jan Paweł II ogranicza się jedynie do zawierzenia naszej Ojczyzny Maryi u progu trzeciego tysiąclecia. Gdy porównamy je z zawierzeniem z 1997 r., stwierdzimy, że zawierzenie z 1997 r. obejmuje cały świat i Kościół. Wraz z zawierzeniem w 1979 r. oraz z zawierzeniem młodzieży w 1991 r. może być uznane za programowe zawierzenie jasnogórskie Jana Pawła II. Zawarł w nim nie tylko cały ładunek swej osobistej miłości do Maryi, doświadczenie wiary Kościoła w Polsce, ale i uniwersalne spojrzenie na Kościół w świecie.
Jan Paweł II, który zawierzył siebie Matce Bożej w sposób bezgraniczny i włączał w to zawierzenie wszystkich, którym służył na przestrzeni swego pontyfikatu, staje przed nami jako świadek zawierzenia Maryi w trzecim tysiącleciu. Jest on również pierwszym nauczycielem tej postawy wiary, który autorytatywnie interpretował prawdę o zawierzeniu Bogu na wzór Maryi. Jasna Góra jest jednym z tych błogosławionych miejsc, gdzie Jan Paweł II uczył nas zawierzenia Bogu i Jego Matce, i bez wątpienia może być nazwana sanktuarium zawierzenia Papieża Jana Pawła II.