W czasie pasterzowania biskupa Pelczara diecezja przemyska znajdowała się w granicach Galicji stanowiącej autonomiczną prowincję monarchii austro-węgierskiej. W Galicji nauczanie religii zostało uregulowane odpowiednimi ustawami państwowymi i odbywało się w szkołach. Biskup Pelczar popierał takie rozwiązanie i był przekonany, że katecheza w szkołach odgrywa bardzo ważną rolę w formacji duchowej i intelektualnej dzieci, a także młodzieży. Jego zdaniem polska szkoła powinna przekazywać swoim wychowankom wartości patriotyczne i religijne, aby mogli oni rozwijać i pielęgnować chlubną tradycję narodową, streszczającą się w słowach: Bóg, Honor, Ojczyzna. Podczas sejmowego wystąpienia w parlamencie galicyjskim, poświęconego sprawom szkolnym, powiedział, że od wychowania młodzieży zależy, jakie będzie "pokolenie następne, które po nas weźmie na swe barki ciężkie brzemię obowiązków, prac, nadziei i cierpień" (Lwów 12 lipca 1902 r.).
Według Biskupa, zadaniem szkoły jest nie tylko kształcenie i przekazywanie wiedzy, ale przede wszystkim wychowanie młodego pokolenia w duchu wartości ewangelicznych, gdyż szkoła bez religii może stanowić " rozpłodnik anarchii we wszelakiej sferze". Dla poparcia swojego poglądu Ordynariusz Przemyski przytacza słowa wolnomyśliciela francuskiego Julesa Simona, który stwierdził, iż "szkoła bez Boga wydała nam łotrów i złoczyńców". Kapłani powinni zatem dbać o odpowiedni poziom nauczania religii, a także przestrzegać młodzież przed zgubnym wpływem bezbożnych ideologii, zarówno socjalistycznych jak i liberalnych. Propagują one bowiem poglądy godzące w Kościół oraz duchowieństwo katolickie, aby w ten sposób odciągnąć młodzież od Boga i religii.
Biskup Pelczar przypomina katechetom, że mają być pasterzami oraz apostołami Chrystusa wśród wszystkich swoich uczniów. Aby ten cel osiągnąć nie wystarczy posiadanie wiedzy teologicznej i jej nauczanie, ale trzeba przede wszystkim formować młode charaktery poprzez wyrobienie zamiłowania do ofiarnej pracy oraz przywiązania do wiary ojców. Bardzo ważną rolę w procesie wychowania młodego pokolenia odgrywa częsta modlitwa, przystępowanie do sakramentów świętych, udział w nabożeństwach, przynależność do bractw i stowarzyszeń religijnych, a także znajomość historii własnej Ojczyzny. Według Ordynariusza Przemyskiego, formacja oparta na wartościach religijnych i patriotycznych ma zmierzać do ukształtowania u młodych ludzi postawy odpowiedzialności za losy Kościoła i narodu polskiego: "Trzeba ratować młodzież, kwiat i nadzieję narodu. Trzeba prócz bojaźni Bożej (...), wpajać w nią poszanowanie prawa, cześć i uległość dla władzy, zamiłowanie nauki, chęć do pracy i poczucie obowiązków, dążenie do wyższych ideałów. Trzeba uszlachetniać serca młode, by biły gorąco dla tego wszystkiego, co prawdziwie wielkie, dobre, piękne i pomagać w wyrabianiu silnych charakterów (...). Trzeba u młodzieży pielęgnować uczucia miłości ojczyzny...".
Biskup uważa, że katecheta ucząc religii w szkole powinien otaczać uczniów wielką miłością, aby w ten sposób pozyskać ich przywiązanie i posłuszeństwo. Szczególną troską należy objąć młodzież zaniedbaną moralnie oraz biedną, potrzebującą wsparcia materialnego i duchowego. Działania katechizujących kapłanów mają zmierzać do tego, aby młode pokolenie pogłębiało swoją wiarę i czyniło ją bardziej rozumną w oparciu o prawdy objawione oraz najnowsze osiągnięcia nauki. Pomocą w zrealizowaniu tych zamierzeń mogą służyć biblioteki szkolne zakładane przez księży, gdzie uczniowie znajdą książki o tematyce religijnej. Pozycje te będą stanowić przeciwwagę a także alternatywę dla książek i czasopism socjalistycznych oraz liberalnych nasączonych jadem nienawiści do Kościoła i religii, które celowo próbuje się propagować wśród młodych ludzi.
Ordynariusz Przemyski w swoim nauczaniu często przypominał, iż formacja religijna uczniów jest nie tylko obowiązkiem katechetów, ale również wszystkich nauczycieli oraz wychowawców, którzy w szkole i dla szkoły pracują. Jego zdaniem, "każdy nauczyciel, to jakby kapłan w szerszym znaczeniu słowa, a więc i on ma działać w duchu religijnym czy to słowem, czy przykładem". Gdy dyrektorzy szkół oraz wierzący nauczyciele swoim życiem i postępowaniem, udziałem w nabożeństwach, a także przystępowaniem do sakramentów świętych, będą dawali uczniom dobry przykład do naśladowania, to wówczas praca katechetów stanie się łatwiejsza i skuteczniejsza na skutek otrzymanego wsparcia ze strony osób świeckich. Biskup zachęcał nauczycieli, aby wspólnie z młodzieżą nie tylko brali udział w rekolekcjach (tj. w głoszonych naukach), lecz także przystępowali do spowiedzi i Komunii Świętej będącej owocem przeżytych ćwiczeń duchowych. Bardzo negatywny wpływ na młodzież mają nauczyciele, którzy publicznie deklarują swoje katolickie przekonania, a ich codzienne życie odbiega zupełnie od zasad Ewangelii. W ocenie biskupa Pelczara, stają się oni wówczas powodem zgorszenia, a nawet obojętności religijnej wśród uczniów: "Słowo ciepłe, tchnące miłością Boga i Kościoła, niezbyt często pada z ust nauczycieli świeckich; niewielu też z nich widzieć można przystępujących razem z młodzieżą do sakramentów św., nawet w czasie wielkanocnym. Czyż będziemy się dziwić, że starsi uczniowie przychodzą do takiego wniosku: Skoro nasi mistrzowie, acz katolicy, zaniedbują obowiązki religii i zdają się pomiatać praktykami pobożnemi, muszą one być czczą formalnością, stosowną dla dzieci i prostaczków? Toż pozbywszy się przymusu szkolnego, w znacznej części stronią od tych obowiązków nieraz przez całe życie" . Katechetów i nauczycieli traktujących swoją pracę z młodzieżą tylko jako zawodowy obowiązek, Ordynariusz Przemyski zachęca, aby poświęcili jej więcej czasu oraz okazywali dużo serca i miłości. Według niego, " trzeba przede wszystkim kochać młodzież, zbliżać się do niej z sercem otwartym i troskać się szczerze o jej dobro; wtenczas ona za miłość ojcowską odpłaci się przywiązaniem i uległością".
Z przedstawionych poglądów biskupa Pelczara jednoznacznie wynika, iż koniecznym warunkiem powodzenia pracy katechetycznej w szkole oprócz osobistych talentów i zdolności uczących, jest dobre i harmonijne współdziałanie z dyrekcją i całym gronem nauczycielskim. Katecheta wśród swoich świeckich kolegów, a także wśród uczniów zyska zaufanie, szacunek i autorytet jeżeli będzie go charakteryzować gruntowne wykształcenie, powaga, gorliwość kapłańska, życzliwość dla młodzieży i nauczycieli, popieranie naukowej i wychowawczej pracy pedagogów, unikanie sporów a jeżeli już powstaną - polubowne ich załatwianie. Biskup Pelczar uważa, że dla dobra uczniów, katecheci i nauczyciele powinni podjąć wspólną pracę dydaktyczną i wychowawczą opartą na wartościach ewangelicznych. Dzięki temu wysiłkowi polska młodzież wykształcona, a także ubogacona wartościami patriotycznymi i religijnymi będzie kamieniem węgielnym położonym pod podwaliny niepodległej Ojczyzny. Dlatego Ordynariusz Przemyski zwraca się z ponadczasowym apelem do wszystkich osób odpowiedzialnych za formację polskiej młodzieży: " Jeżeli dobrze życzymy ludowi i społeczeństwu, a życzymy tak wszyscy, oprzyjmy całą pracę około szerzenia oświaty ludowej w szkole i poza szkołą na wiecznych i jedynie trwałych podwalinach religii, czyli pamiętajmy na piękne słowa naszego poety (Krasińskiego), że iskry trzeba, ale z nieba, nie z ziemi, by zbudzić ze snu olbrzyma". Pomimo upływu prawie stu lat, nauczanie biskupa Pelczara dotyczące formacji młodego pokolenia przez szkołę, jest ciągle aktualne i odnosi się także do naszych czasów. Obecnie bardzo widoczny staje się regres moralny wśród młodzieży, który przejawia się w przyjęciu ideologii liberalnej, odrzucającej wiele zasad etycznych normalizujących relacje pomiędzy ludźmi. Stąd bierze się między innymi gwałtowny wzrost przestępczości, przemocy i różnych patologii w szkołach podstawowych i średnich. Dlatego propozycje Biskupa dotyczące wychowania opartego na zasadach ewangelicznych są szczególnie na czasie i powinny być przyjęte, a następnie realizowane przez wszystkie osoby odpowiedzialne za formację intelektualną oraz etyczną dzieci i młodzieży.