Amerykański portal informacyjny The Pillar powołując się na kilka źródeł w Watykanie stwierdził, iż kard. Müller nie został ponownie mianowany na stanowisko powierzone mu w 2012 roku przez Benedykta XVI, ponieważ dochodzenie miało wykryć nieprawidłowości finansowe w kierowanej przez niego dykasterii. W biurach Kongregacji Nauki Wiary znaleziono duże sumy gotówki i dokonano niejasnych przelewów na prywatne konto kardynała. Na koncie kard. Müllera znaleziono ponad 200 tys. euro, które w rzeczywistości były przeznaczone na konto bankowe Kongregacji.

Odpowiednie dochodzenie zostało podobno przeprowadzone przez Sekretariat ds. Gospodarki pod kierownictwem kard. George'a Pella. Papież Franciszek poprosił następnie kard. Müllera o przelanie pieniędzy z powrotem z jego prywatnego konta.

Kardynał Müller powiedział Die Tagespost, że „niepotrzebne byłoby ponowne otwieranie sprawy, która już dawno została wyjaśniona, gdyby, podobnie jak kard. Pell, ustalono, że Kongregacja nie straciła ani centa”. Jako prefekt pozyskał cenne nowe meble dla kongregacji poprzez zbiórkę funduszy. Zniszczony stół konferencyjny kongregacji został profesjonalnie usunięty za zgodą Administracji Dóbr Stolicy Apostolskiej (APSA).

Kard. Müller potwierdził, że wieloletni ekonom ks. prał. Mauro Ugolini „przerzucał pieniądze między poszczególnymi kontami Kongregacji i, choć nie było to nielegalne, przechowywał niezwykle dużą ilość gotówki”. Jednak pracownik nie dopuścił do zaginięcia choćby najmniejszej części majątku kongregacji.

Przyznał w wypowiedzi dla agencji DPA, że kiedy objął urząd, istniało „pewne zamieszanie” w zarządzaniu kontami i przechowywaniu gotówki, które później zlikwidował. Dodał: „Ta niezwykle bolesna kampania spada na sumienie tych, którzy dążą do zniszczenia reputacji jako środka polityki kościelnej”. Odrzucił doniesienia The Pillar jako „typową intrygę”.