Arcybiskup Józef Kupny przyjął sakrę biskupią 4 lutego 2006 roku w archikatedrze Chrystusa Króla w Katowicach. Głównym konsekratorem był abp Damian Zimoń, a współkonsekratorami bp Stefan Cichy i bp Wiktor Skworc. Liturgii przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz. Nowo mianowany biskup jako swoje zawołanie wybrał słowa: „Christus dilexit nos” – „Chrystus nas umiłował”, które od początku wyznaczają duchowy kierunek jego pasterskiej drogi.

Rozpoczynając jubileuszową Mszę świętą, metropolita wrocławski podkreślił znaczenie stawania w prawdzie przed Bogiem: – Stając przed ołtarzem Pana, stajemy w prawdzie o sobie i o swoim życiu – zaznaczył, zapraszając do wspólnej modlitwy dziękczynnej.

Homilię wygłosił rektor Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu, a wcześniej wieloletni sekretarz abp. Kupnego - ks. dr Michał Mraczek. Nawiązał on do archiwalnego numeru „Gościa Niedzielnego” z 2006 roku, przypominając słowa biskupa nominata Józefa Kupnego: „Trzeba człowiekowi mówić, że jest Ktoś, Kto go kocha niezależnie od sytuacji. Tym Kimś jest Pan Bóg”.

Rektor zwrócił uwagę, że początki biskupiej posługi abp. Kupnego przypadły na czas szczególnie bolesny. Święcenia odbywały się bowiem w cieniu tragedii katastrofy budowlanej w hali Międzynarodowych Targów Katowickich, w której zginęło 65 osób. Jak przypomniał ks. Mraczek, już kilka dni po przyjęciu sakry biskupiej bp Kupny przewodniczył Mszy świętej pogrzebowej ofiar tej tragedii. – Już na samym początku swojej posługi trzeba było realizować zawołanie biskupie w niezwykle trudnych okolicznościach, gdzie radość przeplatała się z bólem i potrzebą niesienia nadziei – podkreślił kaznodzieja.

Odnosząc się do Ewangelii, rektor wrocławskiego seminarium mówił o trudzie głoszenia Dobrej Nowiny i pasterskiej misji Kościoła. Zaznaczył, że Jezus nie zniechęca się zamknięciem ludzkich serc, lecz wiernie wypełnia swoją misję. – Podobnie w Kościele – nikt nie wybiera sobie diecezji czy parafii, ale idzie tam, gdzie posyła go Kościół – zauważył kapłan, kończąc homilię życzeniami dla jubilata, aby przesłanie sprzed 20 lat wciąż towarzyszyło jego posłudze: - Trzeba człowiekowi mówić, że jest Ktoś, Kto go kocha niezależnie od sytuacji.

Kończąc liturgię, abp Józef Kupny podziękował wspólnocie seminaryjnej za modlitwę i duchową bliskość. – Dziękuję wam z całego serca i chcę wam błogosławić. Noście to błogosławieństwo w swoim sercu i niech ono towarzyszy wam na drodze przygotowania do kapłaństwa – powiedział, zwracając się do kleryków.

Po Mszy świętej jubilat spotkał się z alumnami i księżmi przełożonymi seminarium na wspólnym posiłku. Alumni złożyli arcybiskupowi życzenia oraz wręczyli skromny upominek. Zapewnili także o swojej modlitwie – przez 20 kolejnych dni jeden z kleryków każdego dnia odmówi różaniec w intencji metropolity wrocławskiego, powierzając jego dalszą posługę opiece Matki Bożej.