Eucharystii przewodniczył i homilię wygłosił bp Arkadiusz Okroj. W świątyni zgromadzili się liczni kapłani, w tym księża z dekanatu, dawni proboszczowie oraz związani z parafią. Nie zabrakło przełożonych zgromadzenia księży michalitów i sióstr michalitek, licznych sióstr zakonnych, przedstawicieli władz samorządowych, a także służb mundurowych, którym patronuje św. Michał. Kościół wypełnili również liczni wierni.

Na wstępie przypomniano, że choć parafia liczy sobie 50 lat, działania duszpasterskie na Rybakach rozpoczęły się jeszcze przed wojną. Jak zauważył proboszcz parafii, ks. Krzysztof Winiarski CSMA, „to historia wpisana nie tylko w kroniki, ale przede wszystkim w serca ludzi. To opowieść o wierze, która dojrzewała w codzienności, w modlitwie zanoszonej przez pokolenia kapłanów i wiernych”. Dziękował za jej budowniczych i tych, którzy służą jej do dziś. „Możemy więc z odwagą patrzeć w przyszłość, kiedy widzimy, że pośrodku toruńskich Rybaków wciąż potrzebne jest miejsce modlitwy, pojednania i duchowego wzrastania”. Zaznaczył, że w ciągu 50 lat w parafii miało miejsce ok. 7000 chrztów, ok. 1400 par przyjęło sakrament małżeństwa, a wiele osób znajduje pokój serca w sakramencie pojednania. W ciągu półwiecza w parafii zrodziło się ok. 30 powołań kapłańskich i zakonnych. 

Bp Arkadiusz Okroj zauważył, że u początku działania parafii pojawili się ludzie rozpaleni płomieniem wiary. – Dziękujemy Bogu, że dziś my jesteśmy nim rozpaleni. Jednocześnie jubileusz to wezwanie i zobowiązanie. Niech nasza wiara rozpali się w tej świątyni, byśmy nie doczekali czasów, które tworzą ludzie o pustych sercach. Obyśmy wciąż w tej świątyni mogli wchodzić przez ciasną bramę wiary”.

W homilii przyjrzał się kontrastowi między zawołaniem patrona parafii – „Któż jak Bóg” – a życiu według idei „Któż jak ja”. Zaznaczył, że wciąż jesteśmy na poligonie walki duchowej. „Dobrze o tym wiedzieli ci, którzy tworzyli ten kościół, dlatego wybrali jako patrona genialnego stratega”. Podobnie w naszych czasach mamy uczyć się od niego, jak odnieść zwycięstwo w walce. Tego też możemy uczyć się od bohatera perykopy ewangelicznej, celnika Mateusza. „Wystarczyło, że Bóg wszedł w jego życie, spojrzał w jego oczy i wszystko się zmieniło. Jezus uczynił cud mocą Swojego Słowa. Mateusz zmienił program swego życia".

W swojej ewangelii poprzez wielkie mowy Jezusa ewangelista pokazuje filary nowego prawa. W kazaniu na Górze Chrystus zachęca do bycia przejrzystym, prawdziwym, do wolności wewnętrznej, do czystości. W drugiej mowie, misyjnej, Mateusz pokazuje, że „gdy ktoś zafascynuje się Bogiem w Jezusie, musi dzielić się tym doświadczeniem. Jesteśmy powołani do tego, byśmy rozpalali serca ogniem wiary”. W trzeciej mowie Jezus pokazuje na Kościół jako przestrzeń wzrostu i brania odpowiedzialności. To także rzeczywistość przebaczenia. Wreszcie opowieść o Sądzie Ostatecznym to znak, że w naszym życiu nie liczą się ostatecznie sukcesy, tytuły, odmierzony czas modlitwy, ale miłość.

Mieszkańcom michalickiej parafii Ksiądz Biskup życzył, aby ich świątynia ciągle była dla nich miejscem spotkania z Bogiem i z ludźmi, odkrywania Ewangelii, mocy modlitwy i potrzeby formacji. 

Tego dnia w kościele na Rybakach bp Okroj poświęcił pamiątkową tablicę oraz witraż św. Michała Archanioła nawiązujący do objawień na górze Gargano.

Asystent generalny zgromadzenia, ks. Krzysztof Poświata CSMA, zaznaczył, że zadaniem chrześcijanina nie jest bycie kustoszem muzeum, ale stróżem poranka. „Michalicka parafio, kwitnij więc dalej i wydawaj zapach na chwałę Boga”.

Przedstawiciele władz samorządowych przypomnieli niebagatelne znaczenie parafii jeszcze w latach 80., a także początki ruchu oazowego w Toruniu, który znalazł swoje miejsce właśnie w tym kościele, inicjatywę Michayland czy Oratorium. W uznaniu zasług parafii na ręce proboszcza zostało złożone najwyższe marszałkowskie odznaczenie: Unitas Durat Palatinatus Cuiaviano-Pomeraniensis.

Uroczystość zakończyła się procesją eucharystyczną oraz odśpiewaniem Te Deum. Posługę muzyczną pełniły chóry pod dyrekcją Dawida Wesołowskiego.