Jednak, aby spojrzeć na to miejsce maryjnego kultu, trzeba sięgnąć do historii zgromadzenia Franciszkanów Konwentualnych. Pojawili się oni w Przemyślu w 1237 r. i osiedlili się na gruncie ofiarowanym, według legendy, przez kowala Andrzeja Serena, konwertytę z prawosławia na katolicyzm. Konwent św. Marii Magdaleny – bo takie wezwanie nosi sam klasztor – na obecnym miejscu powstał prawdopodobnie za rządów biskupa Eryka z Winsen, notabene franciszkanina. W źródłach wzmiankowany jest po raz pierwszy w 1413 r. jako drewniany.