historia tego kościoła sięga 100 lat, od początku swego istnienia służył ewangelikom, a od zakończenia II wojny światowej wspólnocie katolickiej. 14 maja 1945 r. mieszkańcy Otłoczyna wystosowali pismo do Wojewody Pomorskiego w Toruniu z prośbą o przekazanie zboru ewangelicko-unijnego na kościół katolicki. Kościół został oddany społeczności katolickiej 1 sierpnia 1945 r., w krótkim czasie stając się filią parafii Toruń-Podgórz. W 1946 r. ogłoszony został świątynią filialną parafii Toruń-Rudak, a od 1968 r. w Otłoczynie powstała samodzielna parafia. Wraz z powołaniem na proboszcza ks. Zbigniewa Walkowiaka w 1998 r. parafianie i wielu przyjaciół otłoczyńskiej świątyni podjęli trud ratowania kościoła. Zakres prac konserwatorsko-remontowych koniecznych do wykonania był ogromny. Jedną z największych trudności był fakt, że parafia jest bardzo mała, jeśli chodzi o liczbę mieszkańców. Dzięki Bożemu błogosławieństwu i życzliwości wielu ludzi dzieło rozpoczęte przed pięcioma laty udało się zakończyć. W tym bardzo krótkim czasie w kościele wykonano następujące prace: w 1998 r. miało miejsce osuszenie kościoła, w 1999 r. - kapitalny remont wieży, prace renowacyjne przy witrażu w ścianie wschodniej, całkowita wymiana sieci elektrycznej. W roku 2000 wykonany został całościowy remont dachu kościoła, rekonstrukcja witraży w ścianie południowej, kapitalny remont parkanu przy kościele, natomiast w 2001 r. nastąpiła wymiana tynków wewnątrz kościoła i uzupełnienie spoin na zewnętrznych ścianach. Kolejny 2002 r. to czas nowej aranżacji strefy liturgicznej i malowanie kościoła, natomiast w 2003 r. rozpoczęto kapitalny remont organów. Kościół, jak zwrócił na to uwagę proboszcz ks. Zbigniew Walkowiak, "to jednak nie tylko obiekt zabytkowy, który należy chronić, ale miejsce naszego uświęcania się w życiu sakramentalnym i modlitewnym. Tutaj doświadczamy obecności Boga, który jest i przychodzi przede wszystkim w codziennie sprawowanej Eucharystii". Jako proboszcz, prosił w imieniu własnym i licznie zgromadzonych parafian o dokonanie aktu konsekracji.
Konsekracja (łac. consecratio - poświęcenie) kościoła to uroczysty obrzęd zastrzeżony biskupowi lub jego delegatowi, przez który budynek zostaje przeznaczony do sprawowania kultu chrześcijańskiego. Poświęcenie kościoła odbywa się przez specjalne obrzędy podczas Mszy św.
Niedzielne wydarzenia poprzedziły trzydniowe rekolekcje, które wygłosił ks. Adam Ceynowa, dyrektor Wydziału Duszpasterskiego Kurii Diecezjalnej Toruńskiej. Rekolekcje miały na celu przybliżyć wiernym, czym jest w życiu wspólnoty parafialnej konsekracja świątyni - by stała się ona prawdziwie Domem Bożym, podnóżkiem Jego chwały, potrzebne są dobre i ofiarne serca ludzi, rozmodlone i wierne.
Uroczysta Msza św., podczas której dokonano obrzędu konsekracji, rozpoczęła się o godz. 14.00, a przewodniczył jej biskup toruński Andrzej Suski.
Na początku została poświęcona woda, którą pokropiono ściany świątyni i zgromadzony lud. Uroczyście w tym dniu zabrzmiał hymn Chwała na wysokości Bogu - wierni wyśpiewali z radością tę pieśń, chwaląc Boga za dar wielkiego dzieła, które w tym czasie dokonywało się w otłoczyńskiej świątyni. Niezwykle wymowne było przyniesienia Ewangeliarza i przekazanie Księdzu Biskupowi, który wręczając go lektorom, wypowiedział modlitwę: "Niech w tej świątyni zawsze rozbrzmiewa Słowo Boże, aby wam odsłonić tajemnice Chrystusa, i przyczynia się do waszego zbawienia w Kościele". Po tych słowach rozpoczęła się liturgia Słowa.
W homilii Ksiądz Biskup przypomniał, że dzień zesłania Ducha Świętego to dzień konsekracji żywego Kościoła, który dla całej wspólnoty parafialnej jest wieczernikiem, miejscem spotkania z Panem Jezusem, głoszenia Jego Ewangelii, doświadczania Jego mocy w sakramentach świętych. "Przez uroczyste namaszczenie ołtarza i ścian tej świątyni - zaznaczył Ksiądz Biskup - oddajemy ją na zawsze Bogu, by nas tutaj gromadził, jednoczył, uświęcał, obdarzał potrzebnymi łaskami. Nasze świątynie służą po to, by gromadzić się razem, pomagać sobie nawzajem, by człowiek stawał się żywym obrazem Boga". Chrześcijanie zawsze troszczyli się o świątynie, wznosząc je wspólnym wysiłkiem i przyozdabiając w dzieła sztuki. Czym byłyby nasze miasta i wioski bez wież kościelnych, gdyby z nich zginęły świątynie. "Postrzegam z wielkim uznaniem - podkreślił Ksiądz Biskup - ogromny wkład pracy wykonany przy renowacji tego kościoła w ciągu ostatnich lat. Został on przygotowany z wielką starannością do konsekracji, dlatego macie słuszny powód do wspólnej radości i dumy. Pamiętajcie, by w tej pięknej świątyni umieć odkryć piękno własnej duszy, która jest żywą świątynią Ducha Świętego".
Po homilii Ksiądz Biskup namaścił ołtarz olejami świętymi, a następnie naznaczył ściany w miejscach, które określa się mianem zacheuszek (są to świeczniki na ścianach kościoła, oznaczające budowanie Kościoła na fundamencie Apostołów). Kolejnym elementem, przewidzianym w liturgii poświęcenia kościoła było ustawienie na namaszczonym wcześniej ołtarzu kadzielnicy. Podczas tej czynności wypowiedziane zostały słowa: "Niech nasza modlitwa wznosi się przed Tobą, Panie, jak kadzidło, a jak ta świątynia napełnia się miłą wonią, tak niech Twój Kościół promienieje świętością Chrystusa". Na zakończenie obrzędów konsekracji zapalono świece i światło, które rozjaśniło całą świątynię, wlewając w serca wiernych ogromną radość, stając się jej zwiastunem. Radość ta została dopełniona podczas Liturgii Eucharystycznej odśpiewaniem Te Deum.
Po uroczystości Ksiądz Proboszcz zaprosił wszystkich uczestników do udziału w pikniku parafialnym, by przy dźwiękach muzyki zespołu "Claritas" i wspólnym biesiadowaniu świętować to doniosłe wydarzenie. Goście i parafianie zgromadzili się również przy krzyżu misyjnym, by wraz z Księdzem Biskupem odmówić Litanię do Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Był to w historii parafii otłoczyńskiej wspaniały dzień, w którego przygotowanie włączyła się wielka rzesza wiernych i przyjaciół. Wyrazy wdzięczności kierujemy w stronę chóru Wydziału Teologicznego UMK "Tibi Domine" pod dyr. ks. dr. Mariusza Klimka, który uświetnił swoim śpiewem uroczystość konsekracji. Słowo podziękowania należy skierować także do wszystkich, którzy przyczynili się do tego, że po tylu latach istnienia parafii można było oddać świątynię Bogu na własność.