25 września 1963 r., w uroczystość patrona Warszawy, bł. Władysława z Gielniowa, Ksiądz Prymas wyjechał na II sesję Soboru Watykańskiego Drugiego. Razem z nim specjalnym wagonem sypialnym, użyczonym przez koleje włoskie, do Rzymu udali się: abp Antoni Baraniak, biskupi: Herbert Bednorz, Stanisław Czajka, Bernard Czapliński, Jan Czerniak, Józef Drzazga, Tadeusz Etter, Henryk Grzondziel, Stanisław Jakiel, Franciszek Jop, Piotr Kałwa, Michał Klepacz, Kazimierz Kowalski, Józef Kurpas, Wacław Majewski, Aleksander Mościcki, Edmund Nowicki, Jan Obłąk, Antoni Pawłowski i Wacław Skoromucha.

Później do delegacji polskich biskupów dołączyli: bp Karol Wojtyła i bp Stefan Bareła.

Z Polski na Sobór powinno wyjechać 70 biskupów. Zgodnie z postanowieniem Episkopatu w każdej diecezji powinien pozostać jeden biskup. W związku z tym, gotowość wyjazdu zgłosiło 45 biskupów. Ponad połowie z nich odmówiono wydania paszportów.

Wśród nich byli: abp Bolesław Kominek, ordynariusze tarnowski i gorzowski, administratorzy na Ziemiach Zachodnich, biskupi płoccy i warszawscy sufragani Księdza Prymasa biskupi Jerzy Modzelewski i Bronisław Dąbrowski.

Już następny dzień, po przyjeździe do Rzymu, był wypełniony po brzegi zajęciami. Z notatek uczynionych przez Prymasa Tysiąclecia pod datą 28 września dowiadujemy się, że o godz. 7.30 odprawił Mszę św. z udziałem sióstr zakonnych. Po śniadaniu, o godz. 9.00 odbył rozmowę z ks. Władysławem Rubinem i ks. Franciszkiem Mączyńskim, podczas której omówiono szczegóły organizacyjne pobytu polskich biskupów w Rzymie. Zaraz potem przyjął Marię Winowską, której przekazał materiały od ojców franciszkanów, dotyczącze beatyfikacji o. Maksymiliana Marii Kolbego. Prosił ją także o przepisywanie na maszynie wystąpień polskich ojców soborowych. Po tej, trwającej piętanście minut, rozmowie następny kwadrans poświęcił na spotkanie z księżmi Franciszkiem Olszewskim i Walerianem Słomką. O godzinie dziesiątej rozmawiał z ks. Jerzym Mierewiczem z Radia Watykańskiego na temat udziału polskich biskupów w audycjach tej rozgłośni. W chwilę po tym spotkaniu, wspólnie z ks. Szczepanem Wesołym, zastanawiał się nad sposobem organizowania konferencji prasowych dla polskich biskupów.

Po obiedzie udał się do abp. Józefa Gawliny, z którym omawiał problemy przygotowań do obchodów Tysiąclecia Chrztu Polski oraz kwestie związane z konferencjami prasowymi.

O godz. 17.00 odbyła się narada polskich biskupów, uczestniczących w Soborze. Zgodnie ze zwyczajem przyjętym podczas pierwszej sesji, narady takie miały odbywać się raz w tygodniu. O czym mówiono podczas pierwszego takiego spotkania? Oddajmy głos samemu Księdzu Prymasowi:

Konferencja polskich Ojców Soborowych w Instytucie Polskim. Obecni wszyscy - w liczbie 22. Po zagajeniu wyjaśniłem niektóre doświadczenia nasze z ubiegłej sesji. A więc: 1) głównym celem pobytu jest Sobór, a nie turystyka; 2) trzeba być ostrożnym w wypowiedziach, nawet wobec ludzi w sutannach; 3) unikać prasy, która łowi anegdoty bez znaczenia; 4) pamiętać o agentach Paxu i Pap, którzy kręcą się po Rzymie i zbierają informacje, zgodnie z instrukcjami Warszawy.

Komisje soborowe polskich Ojców Soborowych będą działać w następujący sposób:

Przewodniczący komisji soborowej Episkopatu, abp Antoni Baraniak czuwać będzie nad całością prac, zgodnie z zadaniami wyznaczonymi przez konferencję Episkopatu. Nadto powoływać się będzie podkomisje do rozpatrywania schematów wniesionych na Sobór. Pierwszy schemat " De Ecclesia" ["O Kościele"] już został oceniony, a odpowiednie uwagi są podane w marcu br. do Rzymu. Byłoby dobrze wybrać referenta, który uwagi ogólne o tym schemacie przedstawiłby w Auli Soborowej. Pada zdanie, by temat podzielić na kilku mówców. Podkomisja składa się z biskupów: Pawłowskiego, Klepacza, Wojtyły. Może być uzupełniona. Czekamy na wnioski na najbliższą sesję Ojców Soboru.

Inne schematy powinny mieć referentów i mówców w miarę, jak wejdą na porządek dzienny. Już dziś trzeba to zbadać i przewidzieć skład komisji.

Kontakty z episkopatami: z włoskim będzie utrzymywać abp Baraniak. Z Episkopatem francuskim będzie się kontaktował abp Komine, gdy przyjedzie, i bp Bednorz. Pomoże bp Wojtyła.

Sprawy prasowe. Do komisji delegowany jest bp Bednorz. Z bp. Klepaczem będzie prowadził konferencje prasowe z polskimi publicystami. Udział będą brali ks. Wesoły i ks. Czajkowski. Wystąpimy do Sekretariatu Stanu, by dla języka polskiego wydawane były teksty do przekładu wcześniej, jak to się czyni z innymi językami. Tłumaczem będzie ks. Wesoły, a weryfikatorem o. Mirewicz, Informacje o akcji Paxu, który wysyła całą ekipę swoich publicystów. Jeden z nich, Czajkowski, nie otrzymał wizy od rządu włoskiego; jest zatwierdzony w komisji podobnie jak I. Krasicki, którego artykuły o Soborze są szkodliwe. Zgłoszeni są w Ufficio Stampa z Paxu: W. Jankowski, znany z napaści na Episkopat w "Słowie Powszechnym"; D. Borkowska, która ujemnie oceniła książkę Lennaerta; Stefański, którego styl postępowania jest oceniony ujemnie i in.

Przychodzi na konferencję ks. J. Mirewicz; idzie o serię prelekcji biskupów w Radio Vaticana. Przedstawia projekt wypowiedzi, który idzie po linii schematu "De Ecclesia". Postanowiono, że komisja złożona z bp. Kulika, bp. Ettere i ks. Mierewicza przedstawi projekt przemówień. Zacznę 1 X ogólnym przemówieniem.

Kilka informacji o jutrzejszej uroczystości otwarcia w bazylice. Wszyscy biskupi otrzymają doraźną pomoc w wysokości 100 dolarów każdy. Wieczerza wspólna.