Kolejne dni października 1963 r. kard. Stefan Wyszyński poświęcił przede wszystkim udziałowi w kolejnych sesjach Soboru.

11 października otrzymał z Warszawy wiadomość, że polskie służby celne skonfiskowały transport książek jego autorstwa poświęconych Wielkiej Nowennie. Nie było szans, by Wielka Nowenna Tysiąclecia, Gody w Kanie Galilejskiej i Uświęcenie pracy ludzkiej, zawierające homilie i przemówienia Księdza Prymasa, mogły być opublikowane w Polsce. Stąd zrodził się pomysł, by wydrukować je na Zachodzie. Prowadząca sprawę Maria Winowska znalazła w Paryżu wydawnictwo, które podjęło się ich opublikowania. Ponadto Unia Kobiet Katolickich miała wykupić całość nakładu i przesłać do Polski. Winowska liczyła, że polskie władze nie będą chciały występować przeciwko tej liczącej 60 milionów kobiet organizacji z obawy na ewentualną reakcję krajów Europy Zachodniej. Kiedy wagon z 60 tysiącami książek, po 20 tysięcy każdego tomu, dotarł do Warszawy, został zatrzymany przez celników. Na polecenie Cyrankiewicza i Gomułki wszystkie książki zostały przejęte. Następną decyzją w tej sprawie był nakaz ich przemielenia w Jeziornej.

Wiadomość ta była bardzo bolesna dla Pymasa Tysiąclecia. Modlił się więc:

Korzę się przed Tobą, Matko Boga-Człowieka, Matko Wcielonego, która dałaś światu Żywe Słowo, a nie drukowane. Niechaj moje liche słowa drukowane, które mówiłem o Tobie, raczej znikną, by Słowo Żywe rosło na Twoich potężnych ramionach. Możesz to, co komuniści skonfiskowali, potężnie uzupełnić swoją Mocą, Miłością, Dobrocią i Miłosierdziem. Składam moją klęskę u stóp Twoich, jako Twoje zwycięstwo. Dziękuję, Matko, za to, coś dopuściła. Moje głupstwo ustępuje, byś zajaśniała, Stolico Mądrości. Deo Gratias. Gaude Mater Polonia! Ja też się raduję, że mogę u stóp Twoich złożyć zniszczony owoc mej pracy.

15 października kard. Stefan Wyszyński podczas obrad soborowych wystąpił z dłuższym przemówieniem na temat miejsca Kościoła w świecie współczesnym. Mówił o tym, że Kościół może skutecznie wypełniać swoją misję nie wtedy, kiedy będzie "Kościołem wojującym", ale gdy będzie "Kościołem uświęconym i żyjącym".

Tego samego dnia otrzymał wiadomość, że papież Paweł VI chce przyjąć następnego dnia na audiencji polskich biskupów. Życzeniem Ojca Świętego było także, by przemówienie Księdza Prymasa było w języku polskim.

Natępnego dnia, o godz. 18.00:

Wchodzimy - pisze w swych zapiskach kard. Stefan Wyszyński - do biblioteki prywatnej Ojca Świętego. Ojciec Święty stoi przy wejściu. Przedstawiam kolejno biskupów wchodzących. Jest z nami abp Józef Gawlina oraz prałaci: Filipiak, Mączyński, Rubin i Padacz. Przygotowano na środku biblioteki szereg foteli, które zajmujemy. Ojciec Święty prosi, by usiąść i włożyć piuski. Staję pośrodku i wygłaszam przemówienie w języku polskim, stosownie do życzenia Ojca Świętego. Papież chciał uczcić język polski i dlatego pragnął wysłuchać przemówienia po polsku. Mówiłem bardzo wolno, dobrze odcinając znaki przestankowe, by umożliwić Papieżowi śledzenie bodaj za myślami. Papież słuchał uważnie, dając do zrozumienia wzrokiem, że śledzi za wypowiadanymi myślami.

W przemówieniu Ksiądz Prymas raz jeszcze mówił o powodach, które uniemożliwiły wielu polskim biskupom przybycie na Sobór. Przypomniał także o prowadzonej w Polsce akcji "Soborowego czynu dobroci". W imieniu Episkopatu przedstawił odpowiedź polskich biskupów na myśl Papieża o zbudowaniu w Rzymie świątyni pod wezwaniem któregoś z polskich świętych. Episkopat zaproponował na patrona tego kościoła św. Jacka Odrowąża. Kard. Wyszyński prosił także o to, by na obchody milenium można było ogłosić błogosławionymi o. Maksymiliana Kolbe i o. Rafała Kalinowskiego. Poparł także petycję bp. Karola Wojtyły o wyniesienie na ołtarze królowej Jadwigi Śląskiej, którą krakowski metropolita złożył przed audiencją. Okazją do jej beatyfikacji mogłyby być obchody 600-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego, którego Jadwiga była fundatorką. W przemówieniu był jeszcze apel o uznanie świętymi błogosławionych: Wincentego Kadłubka, Władysława z Gielniowa i Jana z Dukli.

Na koniec Ksiądz Prymas poprosił o błogosławieństwo dla biskupów i dla całego Kościoła polskiego, oczekującego na swoje tysiąclecie.

Odpowiedź Pawła VI tak zachowała się w pamięci Prymasa Polski:

Ojciec Święty wyraził uznanie dla pracy niełatwej, która ciągle szuka nowych dróg w przepowiadaniu ludowi Bożemu Ewangelii świętej. Przykład takiej odważnej i pełnej inicjatywy widzi Ojciec Święty w Wielkiej Nowennie Narodu, której program dokładnie przeczytał.

Widzi w nim bogatą inicjatywę religijną, może być ona wzorem duszpasterstwa wielu narodów. Zachęcał nas, byśmy wykorzystali tę wspaniałą sposobność, jaką jest tysiąclecie chrztu Polski, w harmonijnej współpracy wszystkich biskupów polskich, zjednoczonych w osobie Prymasa Polski.

Papież snuł też wspomnienia ze swego pobytu w Polsce. Był w Warszawie, Gnieźnie, Częstochowie, Poznaniu, Krakowie. W pamięci pozostały mu wędrówki przez Nowy Świat w Warszawie, aż do kościoła Świętego Krzyża; stojąca przed nim postać Chrystusa dźwigająca krzyż jest dla naszego narodu znakiem nadziei. Wspomniał też kard. Kakowskiego i kard. Hlonda, z którym - jeszcze w okresie, gdy był biskupem katowickim - wracał z Rzymu. Wspomniał też Brzeziewicza, ks. Kępińskiego i innych.

Ze swego pobytu w Polsce - mówił Ojciec Święty - wyniósł wielki szacunek dla polskiej pobożności, objawiającej się szczególnie w procesjach eucharystycznych, w kulcie dla Matki Bożej oraz głębokiej kulturze religijnej i narodowej.

Wyraził podziękowania za złożone dary, a zwłaszcza za kopię obrazu Matki Bożej Częstochowskiej, którą umieścił w swojej prywatnej pracowni. Był wdzięczny za "Księgę soborowego czynu dobroci", która była umieszczona na auli audiencjonalnej wraz z innymi o przyspieszenie procesów beatyfikacjnych o. Maksymiliana Kolbe, o. Rafała Kalinowskiego, królowej Jadwigi, oraz kanonizacyjnych: błogosławionego Wincentego Kadłubka, błogosławionego Szymona z Lipnicy, błogosławionego Władysława z Gielniowa, błogosławionego Jana z Dukli.

Przekazał swoje błogosławieństwo dla biskupów pozostałych krajów, dla duchowieństwa, zakonów, dla całej Polski, której religijność i pracowitość tak mile wspominał.

Na zakończenie Papież wręczył wszystkim uczestnikom audiencji białe różańce. Kard. Stefan Wyszyński otrzymał zaś wyjątkowy dar: ametystowy pierścień z brylantami - jedną z najcenniejszych pamiątek po Janie XXIII.