Pierwsze wybory tymczasowego Zarządu Diecezjalnego KSM odbyły się 28 czerwca 1994 r. w Częstochowie. Pierwszy oddział KSM powstał przy parafii pw. Najświętszego Zbawiciela w Zielonej Górze. Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży Diecezji Zielonogórsko-Gorzowskiej bp Adam Dyczkowski powołał dekretem 7 marca 1994 r. Osobowość prawno-cywilną Stowarzyszenie otrzymało na mocy Rozporządzenia Ministra - szefa Urzędu Rady Ministrów 22 lipca 1994 r. 18 listopada 1994 r., w święto bł. Karoliny Kózkówny - patronki Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży w konkatedrze pw. św. Jadwigi w Zielonej Górze podczas uroczystej Mszy św. celebrowanej przez bp. Adama Dyczkowskiego młodzież z pierwszych 3 oddziałów (przy parafii pw. Najświętszego Zbawiciela, pw. Podwyższenia Krzyża Świętego i pw. św. Jadwigi) oraz Koła Akademickiego przy Wyższej Szkole Inżynierskiej w Zielonej Górze złożyła uroczyste przyrzeczenie: przez cnotę, naukę i pracę służyć Bogu i Ojczyźnie. Pierwszym prezesem Zarządu Diecezjalnego KSM był Wojciech Miłek, następnymi byli: Jarosław Czajko, Piotr Barczak i Zbigniew Terek. Obecnie prezesem jest Marcin Szczęsny.