Początek roku 1966 pokazał, że będzie on bardzo trudny dla Kościoła w Polsce i dla Księdza Prymasa. Władze komunistyczne rozpoczęły wielką batalię przeciwko kard. Stefanowi Wyszyńskiemu.

7 stycznia Janusz Wieczorek - podsekretarz Stanu w Urzędzie Rady Ministrów zawiadomił listownie sekretarza Episkopatu Polski - bp. Zygmunta Choromańskiego o odmowie wydania paszportu Prymasowi Polski, który był jemu potrzebny, aby mógł udać się do Rzymu na otwarcie przez papieża Pawła VI obchodów Tysiąclecia Chrztu Polski.

W uzasadnieniu napisał między innymi, że odpowiada on za treść Orędzia, które zawiera sformułowania szkodliwe dla polskiej racji stanu i mogące narazić na szwank interesy państwa polskiego. Po przeczytaniu tego listu i konsultacji z bp. Choromańskim Prymas Tysiąclecia postanowił nie odwoływać się od tej krzywdzącej decyzji. Natomiast Sekretarz Episkopatu miał wystosować w tej sprawie ostry protest w imieniu biskupów polskich. Zapewne sprawa zakończyłaby się na tym. Ksiądz Prymas przyjąłby kolejny krzyż. Swojej nieobecności na rzymskich uroczystościach na pewno nie usprawiedliwiałby siebie, oskarżając komunistów. Taka sytuacja była już przecież wtedy, kiedy w 1951 r. odmówiono Księdzu Prymasowi wydania paszportu, kiedy miał jechać do Rzymu na konsystorz po odbiór kapelusza kardynalskiego. Jednak fakt odmowy wydania paszportu Prymasowi Polski dotarł do dziennikarzy zagranicznych. Zainteresowanie prasy zachodniej wywołało popłoch wśród komunistów. Popełnili kolejny, po uniemożliwieniu kard. Wyszyńskiemu wyjazdu za granicę, błąd. Mianowicie, opublikowali treść tego listu w Trybunie Ludu z 9 stycznia 1966 r. Do tekstu dokumentu dołączony był niepodpisany komentarz. Sprawa stała się głośna w Polsce i na Zachodzie. W kraju ludzie mogli zapoznać się z istotą konfliktu. Ponieważ mieli duże doświadczenie w czytaniu między wierszami w tym, co mówili czy pisali komuniści, potrafili właściwie ocenić racje obu stron. Dla Polaków stały się jasne rzeczywiste przyczyny nagonki na Episkopat i Księdza Prymasa. W świecie natomiast odmowa wydania paszportu stała się międzynarodowym skandalem politycznym, szeroko komentowanym w środkach społecznego przekazu.

Sam Ksiądz Prymas w dniu, w którym opublikowano w Trybunie Ludu Komunikat Rady Ministrów, przebywał w parafii pw. św. Andrzeja Apostoła w Warszawie. Po Sumie wygłosił kazanie, a potem jeszcze dodał:

Sądzę, że wyczuwacie, że byłoby rzeczą właściwą, abym wam, jako dzieciom z mojej owczarni, dał jakieś wyjaśnienie w związku z komunikatami, które podała dzisiaj prasa, obwiniając mnie o najcięższe rzeczy, które mogą niewątpliwie ukrzywdzić człowieka. Zarzuty, jakie mi postawiono, są tego rodzaju, że ja, który służę mojemu narodowi przez dwadzieścia lat, nie mam potrzeby na nie odpowiadać, i nie będę odpowiadał.

A was tylko proszę - znacie mnie dobrze, pracujemy przecież ze sobą od dawna - jeżeli was na to stać, miejcie zaufanie do waszego biskupa, który sobie dotychczas nie wyrzuca, aby najmniejsze zło i najmniejszą krzywdę Ojczyźnie swojej wyrządził. Tylko tyle wam powiem i proszę was, bądźcie wyrozumiali i nie oczekujcie ode mnie żadnych wypowiedzi ani wyjaśnień, bo ich już więcej nie udzielę.