W 1975 roku Prymas Polski Stefan Kardynał Wyszyński mianował o. Rakoczego Jasnogórskim Kapelanem Żołnierzy Niepodległości. W latach 70-tych i 80-tych XX w. był organizatorem duszpasterstwa kombatantów, wśród których posługuje od ponad czterdziestu lat. W 1994 r. uzyskał stopień doktora nauk humanistycznych w zakresie historii.

O. Eustachy całym swoim zżyciem wypełnia miłość do Boga i Ojczyzny – mówił o współbracie przeor Jasnej Góry o. Samuel Pacholski.

Prezydent RP Andrzej Duda skierował na ręce o. Eustachego Rakoczego list gratulacyjny w związku z jubileuszem 50-lecia pracy duszpasterskiej zakonnika. Andrzej Duda wyraził uznanie dla zasług zakonnika w posłudze duszpasterskiej, społecznej, naukowej i popularyzatorskiej. - Dziękuję dzisiaj szczególnie za gorące polskie serce, z którym Dostojny Jubilat od pół wieku kultywuje tradycje historyczne i propaguje wartości historyczne łączących nas, Polaków, we wspólnotę – napisał prezydent i podziękował o. Rakoczemu za „troskliwe i wytrwałe zabiegi w obronie prawdy i pamięci o dziejach ojczystych”.

Jan Józef Kasprzyk Szef Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych podkreślając zasługi o. Rakoczego, nazwał go jednym z najgorętszych patriotów. Przypomniał, ze paulin był tym, który w okresie zniewolenia komunistycznego organizował dla środowiska niepodległościowego, weteranów i kombatantów spotkania i pielgrzymki na Jasną Górę, kiedy było to niemożliwe w przestrzeni publicznej. Szef Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych odwołał się do jednego ze znamiennych wydarzeń w życiu zakonnika - W czasie, kiedy władze komunistyczne w Polsce nadały Leonidowi Breżniewowi order Virtuti Militari, hańbiąc w ten sposób najważniejsze odznaczenie wojskowe, wówczas o. Eustachy Rakoczy zorganizował na Jasnej Górze pielgrzymkę ostatnich żołnierzy II Rzeczypospolitej, w tym dwóch generałów: Mieczysława Boruty-Spiechowicza i Romana Abrahama., którzy przekazali swoje ordery Virtuti Militari Matce Bożej Jasnogórskiej jako wota wdzięczności, ale też pewnego rodzaju znak sprzeciwu.

O. Rakoczy zorganizował też wiele akcji: przeciwko profanacji cmentarza Orląt na Łyczakowie we Lwowie, dla uczczenia 50. rocznicy sprowadzenia prochów Nieznanego Żołnierza do Warszawy umieszczono pamiątkowe tablice na Jasnej Górze i w archikatedrze warszawskiej. Uczestniczył w historycznym I zjeździe "Solidarności" w Gdańsku stając się pierwszym kapelanem "Solidarności Kombatantów". Współorganizował uroczystości 70. rocznicy odzyskania niepodległości zakończone odsłonięciem epitafium marszałka Piłsudskiego w warszawskiej archikatedrze oraz obchody 200-lecia Orderu Wojennego Virtuti Militari.

Duszpasterstwo o. Rakoczego ukierunkowane jest na środowisko Peowiaków, Legionistów Józefa Piłsudskiego, środowisko Związku Piłsudczyków, Fundacji Rodziny Piłsudskich, powstańców wielkopolskich i śląskich, obrońców Lwowa oraz częstochowskich kombatantów. Córka Marszałka - Jadwiga Piłsudska-Jaraczewska gratulowała o. Rakoczemu tego, iż jest „ciągle wierny Pierwszej Brygadzie".

Z udziałem o. Eustachego Rakoczego i jego staraniem odbywają się celebracje rocznicy śmierci Marszałka, spotkania opłatkowe Piłsudczyków, Legionistów i niepodległościowego ruchu kombatanckiego, także Marsze Szlakiem Pierwszej Kompanii Kadrowej. O. Rakoczy jest autorem wielu publikacji i książek o charakterze patriotycznym i religijnym.

Od kilku lat w sierpniu odbywa się na Jasnej Górze Pielgrzymka Związku Piłsudczyków Rzeczypospolitej Polskiej. Cele, jakie realizuje Związek Piłsudczyków, to m.in.: upowszechnianie wiedzy o działalności i zasługach marszałka Józefa Piłsudskiego, kontynuacja idei J. Piłsudskiego w obecnych czasach, pielęgnacja tradycji patriotycznych i demokratycznych, opieka nad mogiłami uczestników walk o niepodległość, popularyzacja i propagowanie spaw obronnych, wpojenie młodzieży zasad patriotyzmu i miłości do ojczyzny, udział w uroczystościach patriotycznych organizowanych przez władze wojskowe i samorządowe, prowadzenie prelekcji, pogadanek i spotkań w szkołach mających na celu nauki młodzieży zasad patriotyzmu i obywatelskiego wychowania.

O. Rakoczy był bliskim przyjacielem, a także kapelanem ostatniego Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej na Uchodźstwie Ryszarda Kaczorowskiego.

Jako historyk, poświęcił się dokumentowaniu walk niepodległościowych w latach 1914-1945, oraz opozycji niepodległościowej w PRL. To dzięki o. Rakoczemu powstała izba Pamięci 9 DP AK, zachowano archiwum gen. Mieczysława Boruty-Spiechowicza, powstańców wielkopolskich, śląskich, wileńskiej Brygady Wilhelma. Jest Kapelanem Towarzystwa Pamięci Powstania Wielkopolskiego 1918/1919.

Jest autorem takich książek jak Jasnogórska „Mensa Mariana”, „Sanktuarium Maryjne w Leśnej Podlaskiej w XIX wieku”, „Mensa Mariana”, „Jasnogórska Hetmanka”, „Znak Ojczyzny”, "U boku Prezydenta RP", poświęconej prezydentowi Ryszardowi Kaczorowskiemu oraz licznych artykułów.

Za swoją prace i działalność został odznaczony m.in. Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Złotym Medalem „Za Zasługi dla Obronności Kraju”, Złotym Medalem Opiekuna Miejsc Pamięci Narodowej, Medalem „Pro Memoria”. Jako jasnogórski kapelan Żołnierzy Niepodległości został odznaczony Odznaką Honorową i Medalem Pamiątkowym Kustosza Tradycji, Chwały i Sławy Oręża Polskiego, przyznawaną przez Ministra Obrony Narodowej.

Pełnił m.in. funkcję Sekretarza Generalnego Światowej Rady Badań nad Polonią oraz Światowego Stowarzyszenia Dziedzictwa Kulturowego Polonii.