Temat procesu beatyfikacyjnego nieśmiało pojawiał się podczas różnych spotkań i obchodzonych kolejnych rocznicach związanych z bp. Plutą. Św. Jan Paweł II w liście z 1985 r. skierowanym do niego napisał: „Dziękuję Duchowi Świętemu za to, że Biskup Gorzowski jest człowiekiem wielkiej modlitwy, życia wewnętrznego, nieustającego dojrzewania w łasce. Że czyni to również przedmiotem swojej pasterskiej troski względem kapłanów i względem wszystkich. Niech cała ta niestrudzona działalność przynosi błogosławione owoce”.

Podczas swojej wizyty w Gorzowie 2 czerwca 1997 r. św. Jan Paweł II tak mówił o bp. Wilhelmie Plucie: „Pragnę z wdzięcznością wspomnieć śp. ks. bp. Wilhelma Plutę. On budował niejako fundamenty Kościoła gorzowskiego w czasach bardzo trudnych dla naszego kraju. Długie lata zarządzał Kościołem gorzowskim najpierw jako administrator, a później jako jego biskup. On tu jest dzisiaj na pewno razem z nami. Biskupie Wilhelmie, dziękuję ci za to, co uczyniłeś dla Kościoła na tej ziemi. Za twój trud, odwagę i mądrość”.