W 2005 r. Zakon Kanoników Regularnych Laterańskich obchodzi jubileusz 600--lecia fundacji klasztoru Bożego Ciała w Krakowie na Kazimierzu. Z tej okazji kościół został wyniesiony przez Jana Pawła II, dekretem Kongregacji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów z 24 stycznia 2005 r. do godności bazyliki mniejszej; jest to już dziesiąta bazylika w Krakowie.
Obchody jubileuszowe Kanonicy rozpoczęli 12 maja br. międzynarodową konferencją naukową pt. Kanonicy Regularni Laterańscy wczoraj i dziś. Historię klasztoru i kościoła Bożego Ciała na Kazimierzu obrazuje okolicznościowa wystawa w świątyni oraz wydawnictwo przygotowane przez zakonników.
Główne uroczystości jubileuszowe i ogłoszenie dekretu o podniesieniu kościoła do godności bazyliki mniejszej odbyły się w niedzielę Zesłania Ducha Świętego, 15 maja, podczas dziękczynnej Eucharystii za dar jubileuszu, za opiekę nad Zakonem i za łaski, którymi Zakon został obdarowany w ciągu 600 lat.
Uroczystościom przewodniczył i kazanie wygłosił metropolita krakowski - kard. Franciszek Macharski. W obchodach wziął udział opat prymas Konfederacji Kanoników Regularnych św. Augustyna - ks. Maurice Bitz CRL z Francji i opat generalny Kongregacji Laterańskiej - ks. Bruno Giuliani CRL z Rzymu oraz przedstawiciele Zakonu z wielu krajów na świecie i z Polski. Wśród uczestników uroczystości byli obecni, przedstawiciele zakonów męskich i żeńskich, duchowieństwa diecezjalnego, kawalerowie maltańscy, Bractwo Kurkowe i Bractwo św. Anny, reprezentanci świata nauki, ośrodków akademickich z Polski i z zagranicy, urzędów i instytucji miasta Krakowa oraz mieszkańcy Krakowa. Eucharystię uświetnił swym śpiewem Chór Mariański z parafii pw. Najświętszej Maryi Panny z Lourdes w Krakowie.
Na rozpoczęcie Mszy św. kard. Macharski odczytał słowo Ojca Świętego Benedykta XVI, nadesłane na okoliczność obchodów 600-lecia fundacji klasztoru Bożego Ciała na krakowskim Kazimierzu.
Na zakończenie uroczystości kard. Franciszek Macharski poświęcił tablicę upamiętniającą jubileusz 600-lecia fundacji klasztoru i wyniesienie kościoła do godności bazyliki.
Kanonicy Regularni Laterańscy przybyli do Krakowa na zaproszenie króla Władysława Jagiełły, który nadał im przywilej fundacyjny i osadził ich przy kościele farnym Bożego Ciała na Kazimierzu. W ten sposób dał on początek nowej prepozyturze i nowej tradycji życia kanonicznego w Polsce. Dokument fundacyjny król wystawił w Krakowie 26 marca 1405 r. Królewską fundację potwierdził i parafię przekazał Kanonikom Regularnym biskup krakowski Piotr Wysz dekretem wydanym w Krakowie 16 maja 1405 r. Fundacja doprowadziła do rozkwitu kanonicznego życia zakonnego w Rzeczypospolitej.
W 1782 r. i w latach następnych zaborca doprowadził do kasaty wielu zakonów, w tym Kanoników Regularnych. Przetrwał tylko macierzysty klasztor Bożego Ciała w Krakowie, który w 1861 r. został podniesiony przez Piusa IX do rangi opactwa. Po II wojnie światowej zakonnicy podjęli pracę duszpasterską w parafiach. Dziś Zakon posiada pięć kanonii i jedenaście parafii, a wśród nich znane w Polsce sanktuarium Matki Bożej w Gietrzwałdzie.
Wyniesienie kościoła Bożego Ciała w Krakowie do godności bazyliki podkreśla historyczne znaczenie świątyni, które od wieków wyraża się w kulcie Najświętszego Sakramentu. „Klasztor i parafia Bożego Ciała, podobnie jak cały Kościół, żyje Eucharystią” - mówił podczas uroczystości ks. Tomasz Ratajczak CRL, wizytator polskiej prowincji Zakonu Kanoników Regularnych Laterańskich - Celebracja liturgii Mszy św. znajduje tu najwyższe uznanie, a wyrazem tego jest żywy udział wiernych w jej przeżywaniu oraz przynależność do stowarzyszeń kościelnych, zwłaszcza do mającego wielowiekową tradycję Arcybractwa Pięciu Ran Pana Jezusa i Najświętszego Sakramentu. Pobożność eucharystyczna zrodziła wyniesionego na ołtarze przez Papieża Jana Pawła II bł. Stanisława Kazimierczyka - kapłana Zakonu Kanoników Regularnych. Do świętości dojrzewał on w cieniu Bożego Ciała. Jego pełne prostoty oddanie i wierność sprawiły, że zmarł w opinii świętości - powiedział.