W okresie powojennym setki tysięcy rodzin, głównie z południa Włoch i górskiego regionu Abruzji, przybywało do Rzymu w poszukiwaniu pracy i lepszych warunków życia. Osiedlali się oni głównie na peryferiach stolicy, gdzie powstawały nowe dzielnice. W dzielnicach tych nie było, oczywiście, kościołów, więc do celów kultu używano często apartamentów, garaży czy hangarów. W 1991 r. ok. 500 tys. rzymskich katolików mieszkających w dzielnicach peryferyjnych nie miało odpowiedniego miejsca kultu, modlitwy i życia wspólnotowego, toteż Wikariat Rzymu postanowił wybudować w mieście 50 nowych kościołów (tzw. Projekt 50 kościołów dla Rzymu). Jednym ze sposobów zbierania funduszy na to wielkie przedsięwzięcie były coroczne koncerty organizowane w Watykanie w okresie Bożego Narodzenia (Concerto di Natale in Vaticano).
Jan Paweł II wyraził życzenie, by jeden z kościołów został wzniesiony na pamiątkę Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Rozpisano wówczas międzynarodowy konkurs na projekt „kościoła Jubileuszu”, w którym uczestniczyli światowej sławy architekci. Wygrał go Richard Meier, amerykański Żyd, który zaprojektował tak znane budynki, jak Getty Center w Los Angeles i Muzeum Sztuki Współczesnej w Barcelonie czy Bronx Development Center w Nowym Jorku.
Kościół został wzniesiony w dzielnicy Tor Tre Teste na południowych peryferiach Rzymu. Wybudowano go z białych bloków kamiennych; ma niespotykany kształt - składa się z sześciennego korpusu przeznaczonego na pomieszczenia parafialne, ozdobionego prostą dzwonnicą, oraz z trzech gigantycznych kamiennych „żagli” (prawdziwe dzieło sztuki inżynierskiej), które są ścianami kościelnej nawy. Zamiarem architekta było wzniesienie budynku w kształcie łodzi, który ma symbolizować „łódź Kościoła” wypływającą w morze trzeciego tysiąclecia. W Rzymie symbol łodzi ma szczególne znaczenie, gdyż to tutaj rezydują jej sternicy - papieże.
Nawa kościoła ograniczona jest po prawej stronie pionową ścianą budynkuparafialnego, a po lewej - wklęsłą sferą „żagla”. Dach i fasada kościoła oraz tylna ściana za prezbiterium są przeszklone. Dzięki temu chociaż znajdujemy się we wnętrzu świątyni, nie czujemy się odizolowani od jej otoczenia i odnosimy wrażenie, że przebywamy jak gdyby pod gołym niebem.
Przestrzeń pod dwoma mniejszymi „żaglami” przeznaczona jest na boczną kaplicę z tabernakulum, salę z konfesjonałami i kaplicę z chrzcielnicą.
Również ołtarz ma kształt łodzi, a nad nim umieszczono XVII-wieczny krucyfiks. Dekoracje kościoła ograniczone są do minimum - oprócz krzyża umieszczono w nim jedynie stacje Drogi Krzyżowej, figurkę Matki Bożej oraz płaskorzeźbę Miłosiernego Ojca (kościół jest pw. Boga Ojca Miłosiernego - Dio Padre Misericordioso).
Kościół został oddany do użytku wiernych w roku 2003, w 25. roku pontyfikatu Jana Pawła II. Niestety, Papież nigdy nie był w swym „Jubileuszowym kościele” - uczynił to jego następca. 26 marca Benedykt XVI udał się do miejscowej wspólnoty parafialnej, aby odprawić Mszę św. w kościele Boga Ojca Miłosiernego