Latopis Ipatiewski podaje, iż w 1260 r. istniała w Mielniku murowana grodowa cerkiew pw. Bogurodzicy z cudowną ikoną Chrystusa Zbawiciela. W tym roku modlił się tutaj Daniel Romanowicz (ok. 1201-1264), książę halicko-włodzimierski (1239-1264), który w 1253 r. przyjął w Drohiczynie koronę z rąk legata papieskiego arcybiskupa Opizona.
Początki parafii rzymskokatolickiej w Mielniku nie są znane. W święto św. Piotra Apostoła 1420 r. Witold Aleksander (ok. 1348-1430), wielki książę litewski (1413-1430), odnowił w Kamieńcu fundację kościoła pw. Bożego Ciała, Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, św. Mikołaja i Wszystkich Świętych przy zamku w Mielniku, nadając probostwu mielnickiemu wieś Wajków, założoną na prawie magdeburskim oraz łąkę nad Bugiem, zwaną Ostrołęka. W 1439 r. plebanem mielnickim był ks. Maciej z Turny, a w 1484 r. ks. Jan. W strukturze administracyjnej diecezji łuckiej do 1589 r. Mielnik był siedzibą jednego z trzech „okręgów” diecezjalnych (przypuszczalnie od 1554).
Książę czerski i warszawski Bolesław IV (1421-1454) - w okresie władania Podlasiem (1440-1444) - nadał Mielnikowi prawo miejskie chełmińskie, dokumentem wystawionym w Drohiczynie 22 września 1440 r. Wielki książę litewski (od 1492) Aleksander Jagiellończyk (1461-1506), król Polski (1501-1506), oczekując na koronę królewską 27 października 1501 r. zmienił prawo miejskie chełmińskie na magdeburskie (w 1934 r. Mielnik utracił prawa miejskie).
Nadania witoldowe na rzecz parafii potwierdził w 1513 r. król Zygmunt I Stary (1506-1548), który powiększył je o młyn i dziesięciny od mieszczan mielnickich. W czasie pobytu króla na zamku w Mielniku w 1513 r. zapadła decyzja o budowie w mieście kościoła filialnego pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Pierwsza wzmianka o tej świątyni pochodzi z 1551 r.
Kościół parafialny pw. Bożego Ciała po pożarze zamku ok. 1551 r. został gruntownie przebudowany. Jego konsekracji w 1618 r. dokonał ks. Stanisław Udrzycki (zm. 1621), biskup tytularny Argivensis, pierwszy sufragan łucki (1617-1621). W tym miejscu należy dodać, iż w I połowie XVII wieku ok. 1646 r. obie parafie prawosławne przystąpiły do unii brzeskiej. Na początku XVII wieku miasto podupadło, a wraz z nim parafialny kościół. W tej sytuacji coraz większego znaczenia nabierała wspomniana świątynia pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, stojąca w centrum miasta. Wojciech Emeryk Mleczko (ok. 1625-1673), starosta mielnicki (1646-1673), wojewoda podlaski (1665-1673) i jego żona Anna z Bnina Opalińska dokonali restauracji tejże świątyni i założyli przy niej w 1655 r. szpital-przytułek dla ubogich. Z czasem doszło do tego, że kolejny proboszcz ks. Mateusz Pierzchała nie orientował się, którą świątynię należy uważać za farną. Dopiero król Władysław IV Waza (1632-1648) w liście z 19 czerwca 1630 r. skierowanym do Krzysztofa Wiesiołowskiego h. Ogończyk (zm. 1637), starosty mielnickiego (1626-1637), przypomniał, że kościołem parafialnym jest świątynia fundacji witoldowej, stojąca przy Górze Zamkowej. W okresie potopu szwedzkiego, w sobotę przed świętem Pięćdziesiątnicy 19 maja 1657 r. został spalony kościół parafialny i całe archiwum, a w dniach 20-25 maja 1657 r. zamek i miasto (według niektórych przez starostę). W latach 1669-1675 rozpoczęto jego odbudowę.
Ok. 1710 r. wzniesiono w Mielniku kolejny drewniany kościół pw. św. Rocha, prawdopodobnie w związku z epidemią cholery, która pustoszyła Podlasie w czasie wojny północnej (1700-1721). Według inwentarza z 1939 r. służył on później jako kaplica cmentarna, a następnie został przeniesiony na cmentarz prawosławny.
W czasie prześladowań unii kościół unicki pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, który został zbudowany w latach 1821-1823, zamieniono na cerkiew prawosławną. Po upadku powstania styczniowego (1863-1864) 16 września 1866 r. z rozkazu (nr 1246/1866) Konstantego von Kaufmana (1818-1882), generał-gubernatora grodzieńskiego, kowieńskiego i wileńskiego (1865-1866), kościół katolicki pw. Bożego Ciała został zamknięty na 5 lat, a beneficjum przekazane służbie cerkiewnej parafii prawosławnej. Z rozkazu (nr 88) generał-majora Aleksandra Potapowa I (1818-1886), generał-gubernatora grodzieńskiego i wileńskiego (1868-1874), który został wydany 3 stycznia 1870 r., kościół ten w roku następnym przerobiono na cerkiew prawosławną pw. Świętego Ducha, przyłączając wiernych do parafii w Siemiatyczach (1871). Drugą cerkiew unicką w 1878 r. przeniesiono do Grabarki.
W czasie odwrotu wojsk rosyjskich w 1915 r. kościół parafialny pw. Bożego Ciała został spalony. Po I wojnie światowej - w ramach rewindykacji - został zwrócony katolikom. W ocalałej z pożaru zakrystii urządzono kaplicę pw. św. Antoniego, która została poświęcona 10 września 1921 r. Nabożeństwa były tutaj sprawowane do 1938 r. Jednak z powodu dużych zniszczeń nie zdołano odbudować starego kościoła. Do dzisiaj można oglądać jego ruiny na skarpie góry zamkowej.
Budowę obecnego murowanego kościoła pw. Przemienienia Pańskiego rozpoczęto w 1913 r., dzięki staraniom Wiktora Walkiewicza (zm. 1927), syna ostatniego organisty przed kasatą parafii. Prace budowlane przerwały działania wojenne w latach 1914-18. Wkrótce po wycofaniu się Niemców ks. Mikołaj Ikonowicz (1889-1937) zaczął odprawiać nabożeństwa w nowo zbudowanej świątyni. Nieskończony kościół ucierpiał ponownie w dniach 1-7 sierpnia 1920 r., kiedy wojska polskie próbowały zatrzymać nawałę wojsk bolszewickich, idących na Warszawę. Wykończeniem i urządzeniem wnętrza kościoła kierował po wojnie ks. Konstanty L. Cegielski (1880-1935), proboszcz mielnicki (1920-39).
W 1940 r., kiedy Mielnik znalazł się w strefie granicznej (połosa), ludność została wysiedlona, a kościół zamieniony na stołówkę dla sowieckich żołnierzy strzegących granicy. Zniszczeniu uległo wówczas całe jego wyposażenie. Podczas wojny niemiecko-sowieckiej w 1941 i 1944 r. pociski artyleryjskie zburzyły kruchtę oraz uszkodziły ściany i dach. W czasie wojny parafianie uczęszczali do wsi Mętna w parafii niemirowskiej, gdzie w lokalu szkolnym była sprawowana dla nich Msza św. (dwa razy w miesiącu). Gruntowne remonty kościoła zostały przeprowadzone dopiero w latach 1971-72; 1982-85 i 1998-2000.
Od 17 grudnia 1950 r. pracę duszpasterską w parafii mielnickiej prowadzą ojcowie ze Zgromadzenia Najświętszych Serc Jezusa i Maryi (SSCC). Pierwszym duszpasterzem zakonnym został o. Jozafat Kazimierz Rytel (proboszcz w latach 1950-54). Parafia w Mielniku 8 grudnia 1992 r. została powierzona na stałe Zgromadzeniu Najświętszych Serc Jezusa i Maryi oraz Wieczystej Adoracji Najświętszego Sakramentu Ołtarza. Ojcowie otrzymali również zgodę na kanoniczne otwarcie domu zakonnego.
Na placu przykościelnym stoi dzwonnica zbudowana w 1972 r. Obok ruin kościoła zamkowego kościoła znajduje się murowany budynek z ok. połowy XIX wieku zwany skarbcem królowej Bony, który przejściowo służył jak plebania i salka katechetyczna (ul. Brzeska 69).
Przy ul. Brzeskiej 134 jest położona obecna murowana, piętrowa plebania parafii mielnickiej, zbudowana w 1952 r. staraniem o. Jozafata Rytla.

Bibliografia:
M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996; W. Kotowski, Historia parafii rzymskokatolickiej pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego w Mielniku nad Bugiem ze szczególnym uwzględnieniem lat 1950-1999, Wrocław 2000 (mps); D. Michaluk, Ziemia mielnicka województwa podlaskiego w XVI-XVII wieku, Toruń 2002; M. Olszewski, Parafie pogranicza. Mielnik nad Bugiem (1), Kościół na Podlasiu 39 (1996) 5/58, s. 11; tenże, Parafie pogranicza. Mielnik (2), Kościół na Podlasiu 39 (1996) 6/59, s. 11; tenże, Parafie pogranicza. Wokół Mielnika, Kościół na Podlasiu 39 (1996) 7/60, s. 13; tenże, Parafie pogranicza. Kościoły w Mielniku, Kościół na Podlasiu 39 (1996) 8/61, s. 13;
K. F. Papciak, Mielnik nad Bugiem 2000. Księga Jubileuszowa, Wrocław 2000; Spis kościołów i duchowieństwa Diecezji Pińskiej w R. P. 1933 i 1934, Pińsk 1933; T. Tararuj (oprac.), Spis kościołów, parafii oraz duchowieństwa Diecezji w Drohiczynie n. Bugiem, Drohiczyn 1976; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik Diecezji Drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.

Kaplice:
Wajków - w latach 70. XVII wieku wieś ta należała do Kazimierza Zwierza (zm. 1682), biskupa tytularnego Orthosias, pierwszego sufragana łuckiego (1664-1682). W 1751 r. została wybudowana tutaj pierwsza kaplica. Obecna kaplica dojazdowa pw. Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny została wybudowana w latach 1998-99 staraniem o. Kazimierza Jasielczuka (1994-2000). Jej konsekracji dokonał 26 września 1999 r. bp Antoni P. Dydycz, ordynariusz drohiczyński.

Odpust: święto Przemienienia Pańskiego
Nabożeństwo adoracyjne: przed odpustem Przemienienia Pańskiego - 4-6 sierpnia.

Księgi metrykalne:
Księgi chrztów: od 1948 r.
Księgi małżeństw: od 1951 r.
Księgi zmarłych: od 1946 r.