Jan Paweł II przykładał wielką wagę do modlitwy, dlatego zapragnął, by do Watykanu sprowadzić wspólnotę sióstr klauzurowych, które mogłyby modlitwą wspierać jego misję Biskupa Rzymu i działalność Stolicy Apostolskiej. Na siedzibę zakonnic postanowiono przeznaczyć stary budynek w Ogrodach Watykańskich, który kiedyś używany był przez watykańską żandarmerię. Budynek ten przylega do fragmentów muru obronnego, którym Leon IV (847-855) otoczył Bazylikę św. Piotra. Dziś w Ogrodach Watykańskich pozostały niektóre elementy fortyfikacji, zachowały się m.in. dwie wieże.

W najwyższym punkcie Wzgórza Watykańskiego wznosi się wieża św. Jana, ulubione miejsce odpoczynku papieża Jana XXIII, w której mieszkał również Jan Paweł II na początku swego pontyfikatu, gdy prowadzono remont papieskiego apartamentu. Nieopodal na wzgórzu wznosi się druga średniowieczna wieża, zwana wieżą Leona XIII, od imienia papieża, który kazał ją przebudować i uczynił z niej swą letnią rezydencję - „małe Castel Gandolfo”, jak mawiał. To za jego pontyfikatu dobudowano do wieży budynki dla służby i gwardii papieskiej. W 1931 r. wieża Leona XIII stała się pierwszą siedzibą Radia Watykańskiego. Warto przypomnieć, że stację nadawczą zaprojektował Guglielmo Marconi, wynalazca radia. Do tej pory na wieży widoczna jest wysoka antena przekaźnikowa, obok której umieszczono w ostatnich latach wielkie dyski anten parabolicznych.

To właśnie w tym miejscu zakwaterowano wspólnotę sióstr klauzurowych. Remont budynku rozpoczęto w 1992 r., ale prace zakończono dopiero w 1994 r., gdyż do starego domu trzeba było dobudować od zachodu pomieszczenia na kaplicę i chór dla mniszek. Klasztor inaugurowano 13 maja 1994 r., w 13. rocznicę zamachu na Jana Pawła II. Jako pierwsze pełniły swą modlitewną misję przy papieżu klaryski, które pozostały w Ogrodach Watykańskich pięć lat. Ich miejsce zajęły karmelitanki bose, a po nich na następne pięć lat przyszły benedyktynki, które opuściły klasztor w 2009 r. Ostatnim zgromadzeniem, którego siostry zaproszono do Watykanu, były wizytki - ich pobyt został skrócony do trzech lat, a w listopadzie 2012 r. na nowo rozpoczęto prace remontowe.

Główny budynek klasztoru „Mater Ecclesiae” ma trzy piętra; do tej pory na parterze znajdował się refektarz, kuchnia, spiżarnia, izba chorych, archiwum i biuro. Na następnych dwóch piętrach było 12 cel dla zakonnic. W nowym skrzydle natomiast umieszczono portiernię, chór oraz nowoczesną, bardzo prostą kaplicę - jej jedyną dekoracją jest artystyczny krucyfiks, dzieło włoskiego rzeźbiarza Francesco Messiny, oraz witraże.

Poniżej klasztoru rozciąga się duży ogród z drzewkami cytrusowymi, gdzie siostry uprawiały warzywa dla siebie i na papieski stół. Praca na roli spełniała bardzo ważną rolę w życiu zamkniętych za klauzurą mniszek.

Nieopodal klasztoru znajduje się największa z fontann papieskich ogrodów - fontanna Orła, wybudowana za pontyfikatu Pawła V. Składa się ona z kilku sztucznych grot, z których wypływa obficie woda, oraz dużego basenu. W fontannę wkomponowane są elementy heraldyczne papieża z rodu Borghese, gryf i orzeł, którego umieszczono na szczycie fontanny.

Kompleks klasztorny otoczony jest żywopłotem, a wejścia do klasztoru strzeże metalowa brama. Jedynym miejscem dostępnym dla gości z zewnątrz jest kaplica, często odwiedzana przez księży i biskupów pracujących w Kurii.

Benedykt XVI zdecydował, że 28 lutego 2013 r. o godz. 20 wyjedzie do Pałacu Apostolskiego w Castel Gandolfo, gdzie będzie przebywał ok. dwa miesiące. Po powrocie do Watykanu zamieszka w remontowanym teraz klasztorze „Mater Ecclesiae”. Towarzyszyć mu będą członkinie stowarzyszenia osób konsekrowanch Memores Domini, wywodzącego się z ruchu Komunia i Wyzwolenie (Comunione e Liberazione), które dziś służą mu w papieskim apartamencie. Ks. Federico Lombardi SJ, dyrektor watykańskiego Biura Prasowego, poinformował, że przy Benedykcie XVI pozostanie również jego obecny sekretarz - abp Georg Gänswein, który zachowa jednak funkcję prefekta Domu Papieskiego.

W czasie swojego ostatniego spotkania z księżmi diecezji rzymskiej 14 lutego br. Benedykt XVI wyznał, że „wycofuje się w modlitwę” i „pozostanie ukryty dla świata”. Jego „pustelnią” i „klauzurą” będzie klasztor „Mater Ecclesiae” na stoku Wzgórza Watykańskiego.

Kard. Gianfranco Ravasi, w rozważaniu inaugurującym wielkopostne rekolekcje porównał Benedykta XVI, który będzie prowadził życie kontemplacyjne, do Mojżesza modlącego się na górze ze wzniesionymi rękoma za lud Izraela walczący z Amalekitami. - My pozostaniemy w dolinie - mówił kard. Ravasi - gdzie są Amalekici, gdzie jest kurz, gdzie jest lęk i przerażenie, a także koszmary, ale i nadzieja, tam gdzie Wasza Świątobliwość był z nami przez tych osiem lat. Od tej pory będziemy widzieć, że na górze Wasza Świątobliwość wstawia się za nami.