Franciszkański kościół klasztorny pw. Matki Bożej Różańcowej w Kłodzku znajduje się na wyspie Piasek, otoczonej korytem Młynówki i Nysy Kłodzkiej. Jest jednym z ważniejszych zabytków miasta. Do południowej ściany świątyni przylega klasztor.

Franciszkanie przybyli do Kłodzka w połowie XIII wieku. W 1257 r. zakonnicy posiadali kaplicę i prawo do udzielania wiernym odpustu zupełnego. Kościół i klasztor franciszkański został wzniesiony w latach 70. XIII wieku na Wyspie Piasek, poza murami miasta. Pierwsza zapis o kościele pochodzi z 1350 r. W dokumencie odpustowym wymienia się kościół pw. Najświętszej Maryi Panny i św. Franciszka. Zespół klasztorny został rozbudowany pod koniec XIV wieku. W 1427 r., w czasie wojen husyckich, franciszkanie musieli opuścić kościół i klasztor na Wyspie Piasek. Miasto przygotowywało się do oblężenia i budowle znajdujące się poza murami zostały wyburzone. Franciszkanów przeniesiono w obręb murów miejskich, gdzie w 1432 r. wybudowano dla nich dla nich niewielki klasztor i kościół pw. św. Anny. W 1463 r. w wyniku pożaru budynek klasztorny został zniszczony, a świątynia bardzo poważnie uszkodzona. Po tym wydarzeniu zakonnicy postanowili powrócić na Wyspę Piasek i tam odbudować kościół i klasztor. Dzieła tego dokonali przed rokiem 1475.

Podczas reformacji w 1546 r. kłodzki klasztor franciszkański został rozwiązany, budynek rozebrano, a na jego miejscu utworzony został cmentarz. Z kościoła ocalało jedynie prezbiterium, które służyło jako kaplica cmentarna. Do Kłodzka i na Wyspę Piasek franciszkanie powrócili w 1605 r. i przystąpili do rozbudowy kościoła i budowy klasztoru. W czasie wojny trzydziestoletniej w 1619 r. zakonników znów zmuszono do opuszczenia Kłodzka, a klasztor zajęli protestanci. W 1622 r. miasto zdobyły wojska cesarza Ferdynanda II Habsburga. Wkrótce kościół i klasztor na Wyspie Piasek mógł powrócić do franciszkanów.

Obecny kształt kościoła i budynku klasztornego pochodzi z lat 1628-31, kiedy dokonano ich gruntownej przebudowy. Prace wykończeniowe w stylu barokowym trwały jeszcze przez kilka dziesięcioleci. Od 1678 r. prowadzono prace w budynku klasztornym, a w latach 1699-1711 w kościele. W wyniku toczonych między Austrią a Prusami wojen śląskich, w 1742 r. Kłodzko włączone zostało do państwa pruskiego. W 1810 r. kłodzki klasztor franciszkański został zsekularyzowany. Pruskie wojsko urządziło w budynkach klasztornych lazaret, a świątynia pełniła funkcję katolickiego kościoła garnizonowego.

W latach 20. XX wieku zespół klasztorny wykupili wrocławscy franciszkanie i na początku lat 30. go przejęli. Po zakończeniu II wojny światowej i zmianie granic do Kłodzka przybyli polscy franciszkanie ze śląskiej Prowincji św. Jadwigi we Wrocławiu i rozpoczęli pracę duszpasterską.

W wyniku podziału parafii pw. Najświętszej Maryi Panny, 10 kwietnia 1972 r. erygowano nową wspólnotę pw. Matki Bożej Różańcowej. Należą do niej dwie kaplice filialne: Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Podzamku oraz Matki Bożej Pocieszenia Strapionych na Mariańskiej Górce.

Kościół parafialny pw. Matki Bożej Różańcowej w Kłodzku jest murowany, tynkowany, orientowany i jednonawowy. Posiada dwie wieże w fasadzie zachodniej oraz półkoliście zamknięte prezbiterium nakryte sklepieniem zdobionym polichromią. Nad arkadami znajdują się plafony z przedstawieniami radosnych i bolesnych tajemnic różańcowych. Nawa ze sklepieniem kolebkowym zdobionym plafonami prezentującymi chwalebne tajemnica różańcowe. Po obu stronach nawy głównej usytuowane są po cztery ośmioboczne kaplice. W zachodnie przęsło nawy wbudowany jest chór muzyczny.

W 1964 r. decyzją Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków we Wrocławiu kościół franciszkański w Kłodzku został wpisany do rejestru zabytków.

Kościół franciszkański w Kłodzku był wielokrotnie nawiedzany i niszczony przez powodzie. Największe miały miejsce w 1783, 1938 i 1997 r. Ten ostatni kataklizm zwany „powodzią tysiąclecia” dokonał największych zniszczeń świątyni w historii. Poziom wody w Nysie Kłodzkiej w lipcu 1997 r. podniósł się o 8,71 m ponad zwykły poziom. Prace renowacyjne przy zniszczonym wnętrzu świątyni trwały do 2010 r.

Zabytkowy kościół pw. Matki Bożej Różańcowej dostępny jest przez cały rok.