Święty Franciszek Ksawery studiował teologię w Paryżu. Po uzyskaniu tytułu magistra przez jakiś czas wykładał w Collége Dormans-Beauvais. To tutaj poznał św. Piotra Fabera (1526 r.), a kilka lat później (1529 r.) spotkał się ze św. Ignacym Loyolą. Razem postanowili założyć nową rodzinę zakonną. 15 sierpnia 1534 r. na wzgórzu Montmartre w kaplicy Męczenników trzej przyjaciele oraz czterej inni towarzysze złożyli śluby zakonne, poprzedzone ćwiczeniami duchowymi pod kierunkiem św. Ignacego. Następnie udali się do Rzymu, gdzie Franciszek otrzymał święcenia kapłańskie 24 czerwca 1537 r. Po święceniach w latach 1537-38 apostołował w Bolonii.

Święty Franciszek Ksawery 7 kwietnia 1541 r. wyruszył na misje do Indii, gdzie dotarł po 13 miesiącach podróży – 6 maja 1542 r. Początkowo pracował w Goa, następnie udał się na tzw. Wybrzeże Rybackie, gdzie żyło ok. 20 tys. tubylców rybaków, pozyskanych dla wiary świętej, lecz bez duchowej opieki. Pracował wśród nich gorliwie przez 2 lata (1543-45). Potem zdecydował się na podróż do Japonii. Łącznie pozyskał dla wiary ok. 1 tys. Japończyków. W swoich listach napisał: „Jest tu bardzo wiele do zrobienia i do zniesienia przez tych, którzy przybywają, aż po Boski przywilej narażenia życia dla sprawy ich Pana i Odkupiciela; ale dla tego celu przyszli na świat” (Koczin, 27 stycznia 1545 r.); „Mnóstwo ludzi w tych stronach nie zostaje chrześcijanami tylko dlatego, że nie ma nikogo przysposobionego do świętego obowiązku nauczania ich. Często miałem ochotę znaleźć się na uniwersytetach Europy, a szczególnie w Paryżu, i głośno jak szaleniec wołać do tych, którzy mają więcej wiedzy niż dobrej woli ku jej pożytecznemu zastosowaniu, aby wiedzieli, ile tu dusz traci niebo i idzie do piekła przez ich niedbalstwo” (Koczin, 15 stycznia 1544 r.).

Jego wielkim pragnieniem było dotarcie do Chin, jednak musiał zacumować u ich wybrzeży z powodu braku zgody na przekroczenie granicy. Ale jego współbrat – o. Matteo Ricci spełnił w pewien sposób pragnienie św. Franciszka. W styczniu 1601 r. dotarł do Pekinu i zaniósł tam pierwszy promień chrześcijańskiego światła.