29 września 1963 r., w uroczystość św. Michała Archanioła, kard. Stefan Wyszyński wziął udział w inauguracji drugiej sesji Soboru. Otwarcia podczas Mszy św. w Bazylice św. Piotra dokonał papież Paweł VI.

Wieczorem tego samego dnia o godz. 18.30 Ksiądz Prymas otrzymał telefoniczną informację, że papież Paweł VI chce za godzinę spotkać się z nim. Prymas Tysiąclecia tak opisuje tę audiencję:

Ojciec Święty zagaja: dowiedział się, że chcę Go widzieć, więc natychmiast stwarza sposobność. Przepraszam, że w dniu tak męczącym przychodzę, nie spodziewałem się przyjęcia dziś. Ale jestem bardzo wdzięczny. Proszę, aby pozwolił mi odczytać adres, który imieniem Episkopatu chcę skierować.

Wyjaśniam, dlaczego nie wszyscy przyjechali. - Na 70 biskupów, zaledwie 22. Zgłosiło się po paszporty 45. [...]

Ojciec Święty nawiązuje do mojego przemówienia w katedrze warszawskiej, które zna ze streszczenia w "L´Osservatore Romano" ( 26 IX). Uważa, że jest odważne, że możliwa jest taka wypowiedź, gdy ma się za sobą naród wierzący. "Co mogę dla was zrobić?" - pyta papież, powtarzając to pytanie kilkakrotnie. Ubolewa, że z 70 biskupów tylko 22 mogło przyjechać na sobór. Mówimy o zbliżającym się milenium. Pragniemy otrzymać specjalny list od Ojca Świętego. Skierujemy odpowiednią prośbę z danymi historycznymi.

Ojciec Święty chce wybudować w Rzymie kościół ku upamiętnieniu Tysiąclecia Chrztu Polski - pyta, pod wezwaniem którego świętego polskiego. Musiałby być taki, który jest znany i w Polsce, i w Rzymie. Są już dwa kościoły, gdzie czczony jest św. Stanisław Biskup i św. Stanisław Kostka. Ojciec Święty mówi o św. Jozafacie Kuncewiczu i o św. Janie Kantym. Ja mówię o św. Andrzeju Boboli. Wreszcie wzmianka o św. Kazimierzu i o św. Hiacynice, który w Rzymie żył i jego imię jest znane w Rzymie i w Polsce. Jeszcze jest mowa o bł. Czesławie. Wniosek: niech biskupi się zastanowią i przedstawią swój punkt widzenia.

Druga sprawa to beatyfikacja; bylibyśmy wdzięczni, by na milenium były przynajmniej dwie beatyfikacje: Maksymiliana Kolbe i o. Rafała Kalinowskiego. I w tej sprawie musimy wystąpić do Ojca Świętego.

Omawiamy audiencję dla wszystkich biskupów. Ojciec Święty chce nas przyjąć razem, mogą też przyjść studenci i Polonia rzymska. [ ...]

Rozmowa jest bardzo serdeczna. Papież chciałby przyjąć każdego biskupa osobno, ale jest to niemożliwe. Raczej będą audiencje narodami.

Z uwagi na męczący dzień dla Ojca Świętego pragnę już iść. Jeszcze papież zatrzymuje, dopytuje, czy nam nie jest potrzebna jaka pomoc, gdzie mieszkamy itp. Cieszę się na przyszłą audiencję.

Następnego dnia rozpoczęły się soborowe obrady. Ksiądz Prymas zasiadł w prezydium Soboru. W pierwszych dniach drugiej sesji Soboru miano głosować nad, przedyskutowanymi już podczas pierwszej sesji, schematami: o liturgii i o środkach społecznego przekazu oraz podjąć obrady nad schematem o Kościele.

5 października, sobota, był dniem wolnym od sesji soborowych. Kard. Stefan Wyszyński udał się do Pescary. Do odwiedzenia diecezji zaprosił go bp Antonio Jannucci. Ten dzień i następny to szereg spotkań z wiernymi. W katedrze w Pescarze w sobotę wygłosił przemówienie, w którym dziękował za wsparcie modlitewne dla Kościoła w Polsce. W niedzielę, do południa, był w siedmiu parafiach diecezji, w których poświęcił kamienie pod budowę nowych kościołów. Po południu przewodniczył procesji z obrazem Matki Bożej Częstochowskiej z katedry do kościoła w pobliżu tzw. Municipium. Tam odprawił Mszę św. i wygłosił krótkie przemówienie.