Było wolą Jana Pawła II, aby Fundacja wnosiła wkład w rozwój intelektualnych elit Europy Wschodniej, przyznając stypendia dla studentów z byłego bloku komunistycznego studiujących na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim i Papieskim Uniwersytecie im. Jana Pawła II w Krakowie.

Zgodnie ze statutami, Fundacją kieruje Arcybiskup Matropolita Krakowa, a funkcję przewodniczącego Rady Administracyjnej pełni ks. kard. Stanisław Ryłko. Dlatego w tym roku na coroczne zebranie Rady, które miało miejsce w dniach 2-3 marca w Rzymie w Domu Polskim przy via Cassia, przybył nowy arcybiskp krakowski, Marek Jędraszewski. W obradach uczestniczyli pozostali członkowie Rady: abp Józef Kowalczyk, Prymas senior, ks. prał. Stanisław Budyń, rektor polskiej Misji Katolickiej w Niemczech, Ewa Bednarkiewicz, Wojciech Halarewicz, Ryszard Krzyżanowski, Henryk Rogowski, Stefan Władysiuk, ks. prał. Paweł Ptasznik z watykańskiego Sekretariatu Stanu, sekretarz Fundacji, oraz odpowiedzialny za sekretariat administracyjny o. dr Krzysztof Wieliczko OSPPE, ks. dr Andrzej Dobrzyński, dyrektor Ośrodka Dokumentacji Pontyfikatu Jana Pawła II, ks Mieczysław Niepsuj, dyrektor Domu Polskiego w Rzymie i ks. Jan Strzałka, dyrektor Domu Fundacji w Lublinie.

W pierwszym dniu obrad dokonano podsumowania zeszłorocznej działalności Fundacji, a rok 2016 był bogaty w wydarzenia, zarówno w samym Rzymie, jak i na całym świecie gdzie, działają Koła Przyjaciół Fundacji. Był to również czas obchodów 35-lecia istnienia Fundacji Jana Pawła II – główne uroczystości miały miejsce w Rzymie w dniach 22-24 października a ich punktem kulminacyjnym było spotkanie z papieżem Franciszkiem.

Drugi dzień zebrania rozpoczął się uroczystą Mszą św. przy ołtarzu św. Jana Pawła II w bazylice watykańskiej - przewodniczył jej ks. abp Marek Jędraszewski a koncelebrował kard. Stanisław Ryłko, abp Jozef Kowalczyk i kilkunastu kapłanów związanych z Fundacją. Natomiast w czasie obrad w Domu Polskim dyskutowano nad przyszłością Fundacji i konkretnymi inicjatywami na bieżący rok.