Podczas siódmej podróży apostolskiej do Ojczyzny Jan Paweł II, 13 czerwca 1999 r., podczas Mszy św. w Warszawie wyniósł na ołtarze 108 Męczenników z okresu II wojny światowej. Po beatyfikacji przy sanktuarium Matki Bożej Bolesnej w Licheniu powstał ośrodek ich kultu o charakterze ogólnopolskim. Z tego tytułu w sanktuarium znalazł już na stałe swoje miejsce obraz pędzla Stanisława Baja 108 Męczenników II wojny światowej. Obraz jest znany z uroczystości beatyfikacyjnych. Jeszcze przed beatyfikacją w nowo budowanej świątyni została przygotowana " Sala świadectw Męczenników".

Ważnym elementem kultu Męczenników jest przygotowana w świątyni kaplica ku ich czci. Ma ona charakter krypty i znajdują się w niej portrety 108 Błogosławionych. Intencje, jakie kierowały twórcami kaplicy, najpełniej wyraża marmurowa tablica z napisem: " Męczennikom Narodu Polskiego z lat 1939-45 za wiarę w Boga, za wierność Kościołowi, za ofiarę miłości Ojczyzny, nasza wieczna pamięć, nasza głęboka cześć, nasza ogromna wdzięczność i ta kaplica dla nich poświęcona. Pokolenie Polaków z przełomu Tysiącleci".

W sobotę 9 czerwca br. do sanktuarium przybyło blisko 10 tys. pielgrzymów, by uczestniczyć w poświęceniu kaplicy, połączonym z uroczystą Liturgią ku czci 108 Błogosławionych Męczenników. Aktu poświęcenia dokonał biskup włocławski Bronisław Dembowski, po czym na schodach świątyni została odprawiona Msza św., której przewodniczył bp Stanisław Wielgus, ordynariusz diecezji płockiej. Ksiądz Biskup wygłosił homilię, w której podkreślił głęboko ludzką potrzebę wspierania się na świadectwach wiary. W czasach gdy wartości moralne zostają zachwiane, oparciem w wierze są przykłady ofiary z życia, jaką złożyli Błogosławieni Męczennicy.

11 marca br. zakończono prace nad kopułą licheńskiej świątyni. Przez dwa lata powstawała konstrukcja metalowa, zaprojektowana przez mgr. inż. Ryszarda Wojdaka. Teraz kopuła jest widoczna w pełnej krasie. Trwają prace w nawie głównej świątyni.