Urodził się w 1567 r., jako pierworodny z 13 dzieci hrabiego Sales w Sabaudii. Rodzice ku czci św. Franciszka z Asyżu nadali mu jego imię. Po uzyskaniu doktoratu z teologii, biblistyki i prawa (studia na uniwersytetach w Paryżu i Padwie) przyjął święcenia kapłańskie, na co niechętnie zgodzili się rodzice, szykujący dla syna stanowisko członka Senatu Sabaudii i jako żonę - dziedziczkę wielkiego sąsiedniego majątku.
Wysłany do okręgu Chablais, 27-letni Franciszek otrzymał od biskupa zadanie przywrócenia dla Kościoła katolickiego jego mieszkańców, poddanych katolickiego księcia Sabaudii, którzy ulegli wpływom kaznodziejów kalwińskich. Początkowo jego starania (jak i jego poprzedników) nie odnosiły skutku. Aż do czasu, gdy zaczął pisać traktaty w formie artykułów, zwięzłe wyjaśnienia prawd wiary. Teksty te, wolne od polemizowania, przepełnione pasterską miłością i zatroskaniem o dusze sobie powierzone, w epoce fanatyzmu i zaciekłych sporów objawiały wprost wyjątkowy umiar i łagodność. Odtąd prawie co tydzień mieszkańcy okolicy znajdowali pod drzwiami, na murach i parkanach ulotki - homilie, napisane językiem obrazowym, podejmujące konkretne tematy. Dzieło św. Franciszka odniosło spektakularny sukces i wiele „zaginionych owieczek” powróciło na łono Kościoła.
Było to prekursorskie wykorzystanie prasy w ewangelizacji, do dziś wzór dla mediów katolickich. Dlatego przypisano św. Franciszkowi patronat nad prasą katolicką, dziennikarzami i pisarzami.
Mając 35 lat, został biskupem Genewy. Stworzył nowy ideał pobożności - życie duchowe praktykowane w klasztorach wydobył z ukrycia, aby „wskazywało drogę tym, którzy żyją wśród świata”. Ze św. Joanną de Chantal założył zakon Sióstr Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny (wizytki). Jego ujmująca uprzejmość i takt spowodowały, iż nazwano go „światowcem pośród świętych”. Jego relikwie znajdują się w kościele Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny w Annecy. Jest patronem wizytek, salezjanów i salezjanek; Annecy, Chambery i Genewy.