27 września 1908 r. w kościele Św. Trójcy w Chełmży odbył się ślub rodziców bł. ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, Ludwika Frelichowskiego z Martą Olszewską. Stefan Wincenty wyniósł ze swego domu rodzinnego wartości, które kształtowały jego powołanie i całe życie. Na kartach swego pamiętnika wielokrotnie dziękował rodzicom za przykład żywej wiary i modlitwy oraz uczciwej pracy, której nigdy w ich domu nie brakowało. Dzieci państwa Frelichowskich były otoczone także troskliwą opieką dziadków.
Ludwik Frelichowski był ósmym dzieckiem Jakuba Frelichowskiego i Franciszki, z domu Łuczyk, którzy mieszkali w Trzemiętowie, miejscowości położonej około 25 km na północny zachód od Bydgoszczy. Stefan Wincenty znał dziadka, Jakuba, tylko z opowiadań i fotografii. Podkreślał jednak, że był on dzielnym rolnikiem. Kupił gospodarstwo w Trzemiętowie i powiększył je dzięki swej ciężkiej pracy.
Był człowiekiem niezbyt wysokim, z siwymi bokobrodami i krótką brodą. Pan Jakub we wspomnieniach Stefana Wincentego jawił się jako człowiek dobry, szlachetny, życzliwy dla ludzi. Nie był pyszny. Cenił w swoim życiu wolę Boga. Nie okazywał swoich uczuć. Chował je w głębi. W cegielni, którą: „sam postawił, palił cegłę tak solidną i tak piękną, że lepszej nie można było mieć”. Cegła ta podobno nie brudziła przy jej dotknięciu i odznaczała się ciemnym, niemal polerowanym kolorem. Stefan Wincenty domyślał się, że jego dziadek był człowiekiem, który wszystko potrafił zrobić. Przypuszczenie to czerpał z faktu, że podobne zdolności odziedziczyli po nim synowie - Andrzej i Ludwik. Przyznał, że i on miał żyłkę do majsterkowania.
W jego wspomnieniach babcia Frelichowska była również osobą szlachetną i dobrą. „Taka dobra dla nas gdyśmy na gościnę przyjechali. Już z daleka czekała, a ugościła wszystkim, co miała”. W tym samym dniu zapisał: „A cała dobroć, tkliwość, szlachetność, pogodność staruszki tej maluje się na jej obliczu, na fotografii w domu”. Dzięki dziadkom z Trzemiętowa Stefan
Wincenty odnalazł w sobie ogromne przywiązanie do ziemi. Pisał: „Dom mieć to za mało, ale gruntu kawał - to szczęście. To warsztat najgodniejszy. Ścisła współpraca z Bogiem w dziele wychowania nowego zboża co rok. Ta pewność, że ziemia jest wielka, ale pewna jej część do mnie należy”.
Rodzina Marty Olszewskiej, matki Stefana Wincentego, pochodziła z Chełmży, miasta położonego około 20 km na północ od Torunia. Jej rodzicami byli - Stanisław Olszewski, z zawodu szewc i Wiktoria, z domu Nawrocka. Mieli oni troje dzieci: Wiktora, Bronisławę (nie dożyła drugiego roku życia) oraz Martę.
Po śmierci pierwszego męża (w 1891 r.) Wiktoria wyszła ponownie za mąż, za Stanisława Konkowskiego, również szewca. Miała z nim cztery córki: Zofię, Annę, Mariannę i Wiktorię. Zamieszkali oni przy ul. Kościelnej 9, w domu z dużym ogrodem, który schodził tarasami do samego jeziora. Stefan Wincenty w swoim pamiętniku zapisał, iż dziadek Olszewski był szewcem z powołania; nazwał go artystą. Buty, które wykonywał: „były tak dobre, że nie można było zrobić lepszych”. Pisząc te słowa miał zapewne na myśli dziadka Konkowskiego, choć w pamiętniku zapisał nazwisko dziadka Olszewskiego.
Jego drugi dziadek, Stanisław Konkowski, prowadził sklep oraz warsztat szewski przy ul. Toruńskiej. Był przewodniczącym i skarbnikiem Bractwa Szewskiego gromadzącego się przy ołtarzu Matki Bożej Bolesnej. Należał też do Stowarzyszenia Kupców Katolickich w Chełmży i Bractwa Kurkowego. Członkiem tego ostatniego mógł zostać każdy obywatel polski wyznania chrześcijańskiego, „nieskazitelnego imienia o pełnych prawach obywatelskich, posiadający szacunek i zaufanie swych obywateli”.
To właśnie dzięki usilnym prośbom państwa Konkowskich młode małżeństwo Ludwika i Marty Frelichowskich, które po ślubie zamieszkało w Bydgoszczy, w 1911 r. przeprowadziło się do Chełmży. Dzieci Ludwika i Marty Frelichowskich często odwiedzały swoich dziadków: „Ilekroć mieliśmy czas przed południem - wspominała pani Marcjanna Jaczkowska, siostra Stefana Wincentego - szliśmy do dziadków”.
Silna więź, jaka łączyła Stefana Wincentego z najbliższymi, przetrwała czas zniewolenia w niemieckich więzieniach i obozach koncentracyjnych, o czym świadczy jego korespondencja. Doświadczenie rodzinne, jakie wyniósł z domu, kształtowało niewątpliwie jego posługę kapłańską na placówce wikariuszowskiej w Toruniu, czemu wielokrotnie dawał wyraz m. in. w swoich artykułach publikowanych na łamach Wiadości Kościelnych parafii pw. Najświętszej Maryi Panny w Toruniu.