W podjętej w maju uchwale Senat UJ uzasadnił przyznanie doktoratu honorowego także tym, że abp Józef Życiński, „prowadząc aktywną i szeroką działalność naukową w zakresie filozofii przyrody, osiągnął szereg oryginalnych wyników, będących przedmiotem uznania środowisk naukowych w Polsce i w świecie”, a także „posiada znakomity dorobek piśmienniczy o wybitnych walorach naukowych, społecznych i literackich, opublikowany w wielu językach świata”. Zdaniem władz Uniwersytetu, Metropolita Lubelski, „będąc hierarchą Kościoła Katolickiego w Polsce, daje przykład harmonijnej koegzystencji sfery nauki i sfery wiary, kierując się zawsze zasadami rozsądku, tolerancji i umiarkowania”. Jest także „niestrudzonym organizatorem nauki i życia społecznego oraz wybitnym mecenasem kultury”. Senat UJ decyzję o przyznaniu honorowego doktoratu podjął na wniosek Rady Wydziału Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej, Rady Wydziału Matematyki i Informatyki oraz Rady Wydziału Filozoficznego UJ. Recenzentami byli prof. Jacek Jadacki z Instytutu Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego oraz ks. prof. Michał Heller z Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Niezwykle interesująca była recenzja ks. prof. Michała Hellera, który na „postać i dorobek Arcybiskupa” spojrzał „z bardziej osobistej perspektywy”. Czytamy w niej: „W związku z procedurą zmierzającą w kierunku nadania tytułu doktora honoris causa zwyczajowo opracowuje się ocenę całokształtu dorobku kandydata. W przypadku ks. abp. prof. dra hab. Józefa Życińskiego kłopot polega na tym, że postać jego jest tak barwna, a jego dorobek tak różnorodny, że objęcie tego dorobku w jednym przeglądzie jest rzeczą niesłychanie trudną. Dlatego też pozwolę sobie wypełnić moją powinność nieco mniej konwencyjnie. Mam jednak nadzieję, że ta bardziej swobodna forma będzie zawierać wszystkie elementy, jakie są niezbędne w sprawie tak doniosłej, jaką jest przewód o nadanie tytułu doktora honoris causa”. Recenzent niezwykle serdecznie wspominał pierwsze spotkanie z obecnym Metropolitą Lubelskim, które zaowocowało wieloletnią przyjaźnią. „Pierwszy raz Józefa Życińskiego spotkałem w księgarni na Podwalu w Krakowie. Byłem już wówczas autorem kilku książek, a on dopiero klerykiem. Podszedł i nieśmiało zwrócił się do mnie. Nie pamiętam, czy właśnie wtedy zapytał mnie, czy nie zechciałbym zostać recenzentem jego pracy licencjackiej, jaką pisał pod kierunkiem ks. prof. Kazimierza Kłósaka. Tak czy inaczej, ta praca wkrótce trafiła w moje ręce. Przywiózł mi ją do Tarnowa sam zainteresowany. To była jego pierwsza wizyta w tym mieście, które potem miało odegrać w jego życiu tak ważną rolę. Wizyta była dość formalna i szybko bym o niej zapomniał, gdyby nie praca, którą wkrótce zacząłem czytać. Dotyczyła ona filozoficznej analizy osobowości początkowej w kosmologii relatywistycznej. Natychmiast zorientowałem się, że mam do czynienia z bardzo uzdolnionym człowiekiem o dużym talencie literackim. Trzeba na niego zwrócić uwagę - postanowiłem i tak się zaczęło. Najpierw rozmowy i konsultacje, wkrótce potem współpraca i coraz większa zażyłość”. Podobnie wypowiadał się drugi recenzent, prof. Jacek Jadacki: „Jestem jak najgłębiej przekonany, że abp Józef Życiński jest znakomitym kandydatem na doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zasługuje on na to wyróżnienie dzięki swej postawie myślowej, swemu dorobkowi piśmienniczemu i swoim wynikom naukowym”. Prof. dr hab. Andrzej Białas, promotor doktora honoris causa, przedstawił abp. Życińskiego jako „księdza i uczonego, moralistę i autora felietonów, intelektualistę i dostojnika Kościoła”, którego Uniwersytet Jagielloński „wyróżnia jako tego, który staje w obronie ratio, nie korząc się przed siłą mass mediów i towarzyszącą jej siłą nierozumnego tłumu”.
W wystąpieniu podczas uroczystości wręczenia doktoratu abp Józef Życiński podkreślał, że „proces poznania pełnej prawdy wymaga respektowania autonomii poszczególnych dyscyplin naukowych, uwzględniając różnice ich języków i metod”. Metropolita Lubelski zwrócił uwagę, że „niektórych ważnych dziedzin ludzkiej aktywności nie można poznać przy zastosowaniu metod nauk przyrodniczych. Czy można wyrazić istotę kwartetów smyczkowych Haydna, określając współczynnik tarcia smyczków o struny skrzypiec? Jak wyrazić w języku abstrakcyjnych formuł zachwyt nad sonetami Szekspira lub nastrój towarzyszący kontemplacji czerwieni liści jesiennych buków?”. Ksiądz Arcybiskup serdecznie wspominał współpracę ze środowiskiem Papieskiej Akademii Teologicznej, wraz z którym starał się rozwijać dialog Kościoła i nauki. Poczynaniom tym patronował „niedościgniony mistrz”, Jan Paweł II. Ksiądz Arcybiskup przywołał też czasy, gdy wraz z ks. prof. Michałem Hellerem i przyrodnikami z UJ prowadził konwersatorium interdyscyplinarne w rezydencji biskupów krakowskich.