Początki parafii należy wiązać z decyzją kard. Karola Wojtyły o skierowaniu do Nawojowej Góry w czerwcu 1974 r. ks. Władysława Kuczaja. Miejscowość podlegała parafii w Rudawie i to w jej ramach wydzielono samodzielną jednostkę duszpasterską. Ks. Kuczaj został wezwany przez kard. Wojtyłę na trzy miesiące przed nominacją i po odbyciu pierwszych rozmów zameldował się w Nawojowej Górze u Józefa i Józefy Wojtuniów. Zamieszkał u nich jako osoba prywatna, co było konieczne ze względu na urzędowe zakazy meldunku księży katolickich, stosowane przez władze PRL. Punktem katechetycznym i kaplicą stał się dom Stanisława i Władysławy Kłeczków, w którym już przed rokiem 1974 księża z Rudawy odprawiali Eucharystię dla chorych oraz z okazji niektórych świąt. Dom nie był jednak w stanie pomieścić wszystkich parafian na nabożeństwach. Aby więc wierni zgromadzeni wokół domu mogli w nich uczestniczyć, ks. Kuczaj postanowił umieścić na jednym z pobliskich drzew aparaturę nagłaśniającą. Goszczący w Nawojowej Górze podczas Pasterki w 1974 r. bp Albin Małysiak był pod wielkim wrażeniem wytrwałości parafian, którzy uczestniczyli w Eucharystii podczas dwudziestostopniowego mrozu. Już w następnym roku kard. Wojtyła uznał, że budowa świątyni w Nawojowej Górze jest niezbędna.

Najpierw była kaplica

Kolejne delegacje mieszkańców i duchownych do urzędów wojewódzkich w Krakowie oraz powiatowych w Chrzanowie wracały jednak z niczym. By podkreślić, jak ważna dla kard. Wojtyły była sprawa budowy tego kościoła, nadał on w 1975 r. ks. Kuczajowi godność kanonika, mimo iż Nawojowa Góra nie miała nawet własnej parafii. Dzięki staraniom władz kościelnych i zdecydowanej postawie mieszkańców w 1976 r. otrzymano pozwolenie na budowę kaplicy. Do czasu wybudowania kościoła parafianom służył zakupiony w 1977 r. w Strumianach k. Wieliczki barak, który rozebrali i zmontowali na nowo bracia Księdza Proboszcza wraz z wiernymi z Nawojowej Góry.

We własnej parafii

Budowa obecnej świątyni rozpoczęła się w 1979 r. Jeszcze przed jej ukończeniem, 3 maja 1982 r. kard. Franciszek Macharski erygował parafię w Nawojowej Górze. Poświęcenie nowego kościoła odbyło się 4 grudnia 1983 r. Przeniesiono do niego na stałe Najświętszy Sakrament. Choć w następnych latach wykonywano jeszcze wiele prac budowlanych, mieszkańcy Nawojowej Góry mogli się już cieszyć własnym kościołem. Budowa świątyni jest zasługą parafian, którzy składali ofiary pieniężne, a przede wszystkim, pomimo wielu własnych obowiązków, włączali się w prace sami.
Poświęcenie i zaangażowanie mieszkańców Nawojowej Góry przy budowie świątyni zostało uwieńczone w bieżącym roku jej konsekracją. Starania o konsekrację kościoła podjął nowy proboszcz - ks. Janusz Kosowski, który w 2003 r. zajął miejsce ks. prob. Władysława Kuczaja. 16 września br. kard. Stanisław Dziwisz dokonał uroczystego aktu poświęcenia świątyni. Poza osobami duchownymi, gośćmi z dekanatu oraz przyjaciółmi parafii, na uroczystość przybyły także rodziny parafian z innych miejscowości.
Wcześniej Ksiądz Proboszcz przygotowywał parafian do tego ważnego wydarzenia duchowo. W dniach 10-15 września odbyły się misje parafialne prowadzone przez ks. Józefa Siedlczyńskiego. Widocznym owocem misji, według ks. Kosowskiego, jest wzrost liczby wiernych przyjmujących Komunię św.

„Demokratyczne zarządzanie”

Życie parafii nie zamknęło się jednak wraz z dokończeniem budowy kościoła i celebracją jego poświęcenia. W parafii działa kilka grup, w których wierni mogą realizować ewangeliczne cnoty oraz pogłębiać swą religijność. Gdy nowy proboszcz objął swą funkcję, musiał zorganizować radę parafialną. Ksiądz Proboszcz pomyślał, że mieszkańcy Nawojowej Góry lepiej wiedzą, kto powinien znaleźć się w takiej radzie. Podzielił miejscowość na okręgi i przeprowadził w nich demokratyczne wybory. Okazało się to posunięciem słusznym, gdyż w skład Rady Parafialnej weszli ludzie powszechnie szanowani. Rada wspiera Księdza m.in. w sprawach związanych z rozbudową kościoła i porządkowaniem wokół niego terenu. Pomaga również w godnym organizowaniu największych świąt i innych ważnych wydarzeń w parafii.

Wrażliwi na bliźniego

Drugą grupą organizującą życie parafii jest Zespół Charytatywny, w skład którego wchodzi kilkanaście rodzin. Członkowie Zespołu organizują zbiórki dla rodzin biednych, wielodzietnych lub borykających się z innymi problemami. Zespół jest co prawda organizatorem pomocy, ale nie byłaby ona możliwa, gdyby nie serdeczność parafian, którzy chętnie dzielą się z innymi tym, co mają. Zarówno Zespół Charytatywny, jak i Rada Parafialna spotykają się na plebanii i tam podczas dyskusji zapadają najważniejsze decyzje.

Życie modlitwy

Kilkudziesięciu parafian tworzy także Róże Żywego Różańca - przez tę modlitwę wypraszają potrzebne łaski dla Kościoła i rodzin mieszkających w parafii. W Nawojowej Górze działa także Straż Honorowa Najświętszego Serca Pana Jezusa. Każda osoba obiera sobie jedną godzinę w ciągu dnia, podczas której stara się pamiętać o Panu Jezusie obecnym w tabernakulum i ofiaruje w intencji bliźnich swoje zajęcia. W życie duchowe zaangażowana jest także młodzież. Około 20 osób tworzy Grupę Apostolską, która uczestniczy w spotkaniach katechetycznych oraz w corocznych rekolekcjach wyjazdowych.

Młodzi nadzieją Kościoła

Mała parafia w Nawojowej Górze może poszczycić się dużą liczbą ministrantów. Kiedy trzy lata temu ks. Kosowski obejmował probostwo, było ich pięciu. Dziś do Mszy św. służy 38 chłopców i młodych mężczyzn. Ksiądz Proboszcz, wdzięcznyza ich wierną służbę liturgiczną, organizuje dla nich co jakiś czas wyjścia do kina, na basen lub ognisko. Przy parafii działa też Uczniowsko-Parafialny Klub Sportowy „Ministrant”, który w 2005 r. zdobył Puchar Przechodni kard. Franciszka Macharskiego w piłce nożnej. Sam Ksiądz Proboszcz widzi klucz do sukcesu w osobistej katechizacji najmłodszych parafian. Prowadzi zatem lekcje religii w szkole podstawowej oraz przygotowuje dzieci do kolejnych sakramentów.

„Rodzinne” świętowanie

Parafia w Nawojowej Górze ma również swoje tradycje liturgiczne. Odpust parafialny przeżywany jest zawsze w najbliższą niedzielę po święcie Podwyższenia Krzyża Świętego. Bierzmowanie odbywa się tu co trzy lata. Stałym świętem jest natomiast wspomnienie bł. Alfonsa Marii Mazurka - karmelity, który 28 czerwca 1944 r. zginął śmiercią męczeńską z rąk hitlerowców na terenie należącym do parafii. Zawsze w rocznicę jego śmierci odprawiana jest Msza św. na miejscu kaźni. Uczestniczą w niej również ojcowie karmelici z Czernej, z których zgromadzenia pochodził męczennik.
Religijność parafian wykracza poza granice Nawojowej Góry. Co roku wielu z nich uczestniczy w pielgrzymkach na Jasną Górę (krakowskiej, kolejarzy, nauczycieli) oraz w Pielgrzymce Rodzin do Kalwarii Zebrzydowskiej. Kilkunastu parafian brało też udział w uroczystościach pogrzebowych Jana Pawła II w Rzymie.

Ks. Janusz Kosowski z radością opowiada o swojej parafii. Cieszy go zarówno zaangażowanie parafian w sprawy Kościoła, jak i ich świadoma, głęboka wiara. Z dumą mówi o tym, że jego parafianie nie wychodzą z kościoła przed adoracją, a na nocnych czuwaniach zawsze jest wielu wiernych