Wysiłki ludzi pracy i polityków lat 80. nie przynosiły natychmiastowego spokoju, choć nie można powiedzieć, by wielu wymiernych efektów nie osiągnięto. W latach faktycznej transformacji politycznej i ekonomicznej zmieniły się kilka razy gabinety rządu. Upadło wiele zakładów pracy, które sprywatyzowano i oddano po żenująco niskich cenach w ręce obcego kapitału i w dużej mierze przy różnych kumoterskich układach. Zmieniła się gwałtownie gospodarka wiejska, która od lat traktowana była jako największe zło - choć niedawno uratowała naród od klęski głodu. Nie lepiej też wyglądały układy państwa z Kościołem. Wiele napięć powstało z okazji wstępnego porozumienia w sprawie ratyfikacji układów konkordatowych, przyjętych w kończącej się kadencji premier Hanny Suchockiej. Bez oporu natomiast udało się przeprowadzić dość kontrowersyjny podział administracyjny nowych diecezji i metropolii.
Powyższe kosmetyczne i najczęściej personalne zmiany na scenie politycznej były zabiegami, które stanowiły zaledwie skąpy wycinek problemów. Największe kłopoty dopiero budziły się do życia na gruzach systemu komunistycznego, drzemiącego w tysiącach jego zwolenników i sympatyków, oczekujących na takie układy, w których mogliby tworzyć wygodne dla siebie warunki. Pojawiło się wówczas wielu "charyzmatycznych" doradców i reformatorów, którzy dawali tysiące rad na uzdrowienie systemu i struktur ekonomicznych. Nie brakło również reformatorów Kościoła, z zasady krytycznie nastawionych do dotychczasowego modelu jego działalności, znajdujących uznanie społeczne lub zdecydowany sprzeciw. Jeden spośród nich widział polski Kościół jakby na żałobnej stypie i ostatnim z tej okazji festynie, gdyż jego hermetyczne zasady nie wróżyły mu żadnej przyszłości. Serię ataków powzięto w związku z tzw. upolitycznieniem ambony i zaangażowaniem Kościoła na rzecz obrony wartości patriotycznych. Członkowie zespołu Gazety Wyborczej przypuścili niesłychany atak z powodu angażowania się duchowieństwa w sprawy wyborów, oceny kandydatów do parlamentu, powtarzającej się wielokrotnie problematyki aborcji itp. Odmówiono "obywatelstwa" tym wszystkim duchownym, którzy z odwagą dotykali kwestii patriotycznych i społecznych. Wiele krytycznych i moralizatorskich uwag wyszło spod pióra Czesława Miłosza, Leszka Kołakowskiego, Romana Graczyka, Jarosława Gowina, Adama Michnika i innych. Szczególnie agresywnie wypowiada się - do tej pory zresztą - o sprawach Kościoła absolwent filozofii Uniwersytetu Jagiellońskiego Jarosław Gowin, który w swojej krytyce Kościoła nie zostawia na nim suchej nitki. Gani jego duszpasterzowanie, krytykuje prawicowych przywódców i defensywną postawę większości mediów katolickich. W generalnej ocenie przypisuje Kościołowi jego upolitycznienie i teokratyczne zamierzenia, które gdyby zostały w pełni zrealizowane, usztywniłyby swobodne życie narodu i zepchnęły go do roli niewolników. Wystarczy zacytować kilka zdań autora proponowanych reform: "Gdy więc pytamy, czy Kościół ma prawo uczestniczyć w politycznej walce o władzę, mamy na myśli nie legalność takiego działania czy jego zgodność z zasadami państwa prawa, ale zgodność z misją ewangelizacyjną, jaka przyświeca instytucji kościelnej. Nie podlega dyskusji, że nie do pogodzenia z ową misją jest bezpośrednie sprawowanie władzy przez osoby duchowne... Kościół, który decyduje się uczestniczyć w walce o władzę, sam siebie sprowadza do roli strony w grze politycznej. Traci pozycję autorytetu...".
Nie miejsce tutaj rozwodzić się nad słusznością i kontrowersyjnymi opiniami młodego reformatora pracującego na usługach lub dzięki Fundacji Batorego, co w zasadzie zdaje się mówić samo za siebie. Pomijając jednak liberalne zapędy jego i innych autorów, trzeba zauważyć, że można w nich znaleźć sporo interesujących problemów lub koniecznych poszukiwań dla właściwej działalności Kościoła. Godne zainteresowania są też poszukiwania umiarkowanych myślicieli co do samookreślenia pozycji wiernych w Kościele, ponieważ zdają się wytyczać nowy, niejasny w pełni model jego funkcjonowania w Polsce. Opinie piszących są nieraz skrajne i kłopotliwe, by przytoczyć popularną interpretację eksperta soborowego, prof. Stefana Swieżawskiego, który pisał m.in.: "Do dziś myśli się, że Kościół to duchowieństwo, a już 30 lat temu podczas Soboru powiedziano, że Kościół to wszyscy wierni".
Kwestie powyższe wydają się, jak na razie, niegroźne, niemniej skoro stały się przedmiotem dyskusji, budzą niepokój i nie można ich pominąć milczeniem. Świadomy tych spraw jest Jan Paweł II, szczególnie po upadku komunizmu, po którym nastąpiła ideologiczna pustka, której ani Kościół, ani też politycy nie potrafią zapełnić, posługując się dotychczasowymi argumentami. Nauka Kościoła stanęła bezsprzecznie przed niezwykłym wyzwaniem, rzucanym przez wroga groźniejszego niż komunizm i poniekąd drzemiącego od dawna w postaci liberalizmu etycznego, równie szkodliwego jak marksizm lub ateizm.
Do tych problemów nawiązuje niewątpliwie polski Kościół, widząc nieuchronny problem swego trwania wśród nowych założeń politycznych, kulturowych i historycznych. Z konieczności podejmuje on zadania, które wytyczają mu kierunki niepewnej dla tożsamości narodowej europeizacji oraz niebezpieczny ze swej istoty liberalizm z masonerią włącznie. Abp Józef Michalik w jednym ze swych wywiadów nie ukrywał konieczności współpracy z zaistniałą rzeczywistością płynącą z Zachodu, przepełnioną liberalnym i zlaicyzowanym światopoglądem oraz wojującą masonerią, a z drugiej strony - skrajnym integryzmem, niebezpiecznym manipulowaniem symbolami chrześcijaństwa, które chwały Kościołowi nie przynosi itp. Wypowiedzi abp. Michalika, mimo bardzo wyważonego optymizmu, spotkały się z surową krytyką Gazety Wyborczej. Bliżej nieznani dotąd autorzy wytknęli mu nie tylko zachowawczą postawę w dotychczasowej pracy Kościoła, lecz nadto defensywne reakcje na laicyzm, dawnego spadkobiercę totalitaryzmu, o którym mówił wiceprzewodniczący Episkopatu, że zachowuje się niczym "syn bijący własną matkę" i chcący ją również na zawsze pogrzebać.
Nie zamierzam podejmować oceny tych poglądów i ludzi, którzy wypowiadali wrogie opinie przeciw wierzącym i pracy Kościoła. Wiadomo o niektórych, że są to ludzie młodzi, bardzo buńczucznie nastawieni do wszelkich autorytetów, wychowankowie dawnych fakultetów filozoficznych i religioznawczych, którzy z ławy akademickiej przenieśli swój oportunizm do zalegalizowanej opozycji. Jak dotąd, nikt nie podjął z nimi konstruktywnej dyskusji.
Wspominając powyższe niepokoje i zagrożenia, trzeba przyznać, że w licznych wypowiedziach patriotycznie nastawionych biskupów i duchowieństwa niższego przebija nie tylko niepokój o najbliższą przyszłość, ale i o brak właściwego przeciwdziałania. Wskazywał już na to Prymas Glemp w znakomitym kazaniu ku czci św. Stanisława na Skałce w Krakowie w 1994 r., mówiąc o braku zaangażowania społecznego w pracy Kościoła i poparcia dla chrześcijańskich wartości, które zamiast obrony, zyskują nierzadko ironię nawet u samych wiernych, którzy bez żadnego sita chętnie podejmują najnowsze hasła liberalno-socjalistycznego nihilizmu.
W tym duchu wielokrotnie wypowiada się odważny historyk i dziennikarz Jerzy Robert Nowak, pytając "czy Kościół musi być bezbronny?", a więc jakim prawem określona grupa z kręgu Tygodnika Powszechnego i Gazety Wyborczej ma wyłączny patent na to, by reformować Kościół i zabierać głos w sprawach społecznych, politycznych i patriotycznych, narzucając narodowi relatywizm etyczny, lansowany przez tygodnik Wprost i wiele jemu podobnych.