W katedrze awelskiej znajdują się groby założyciela uczelni – króla Kazimierza Wielkiego i jej odnowicieli – króla Władysława Jagiełły i Królowej Jadwigi. Na ich grobach władze UJ złożyły kwiaty.

„Tę Mszę św. odprawiamy jako dziękczynienie Bogu za Uniwersytet Jagielloński, za jego 650-lecie, za wszelkie dobro, które dzięki niemu stało się udziałem tylu ludzi” – mówił kard. Dziwisz gratulując uniwersytetowi jubileuszu.

Składając życzenia, hierarcha odwołał się do słów Jana Pawła II, które wypowiedział przyjmując honorowy doktorat uczelni. Metropolita krakowski apelował, by uniwersytet zawsze pozostawał wierny dewizie „plus ratio quam vis” (rozum wyższy niż siła) a jego obecność w życiu Polski współczesnej aby służyła zwycięstwu tego, co jest godne człowieka, jako istoty rozumnej i wolnej.

Metropolita krakowski, przypominając historię powstania krakowskiej uczelni, przywołał przywilej fundacyjny Kazimierza Wielkiego: „Niechże tam będzie nauk przemożnych perła, aby wydała męże dojrzałością rady znakomite, ozdobą cnót świetne i w różnych umiejętnościach biegłe; niechże otworzy się orzeźwiające źródło, a z jego pełności niech czerpią wszyscy naukami napoić się pragnący”.

Kard. Dziwisz przywołał także Jana Pawła II, który był studentem polonistyki a później absolwentem wydziału teologicznego UJ. W 1953 r. Karol Wojtyła habilitował się na wydziale teologicznym UJ a była to ostatnia habilitacja na tym wydziale przed politycznym usunięciem go z uczelni. Trzydzieści lat później, już jako papież, otrzymał doktorat honoris causa wszystkich wydziałów UJ.

„Kiedyś powiedział, że niewiele jest ważniejszych rzeczy w życiu człowieka i społeczeństwa, jak posługa myślenia. Jako profesor, biskup a potem papież, wiele mówił o intelektualnej i moralnej odpowiedzialności” – przypominał metropolita krakowski dodając, że Uniwersytet Jagielloński przynależał do życia Karola Wojtyły – Jana Pawła II.

Podczas mszy rektor uczelni złożył na ręce kard. Dziwisza dar ofiarny – replikę pieczęci uniwersyteckiej z XIV w., przygotowaną w oparciu o pieczęć przechowywaną w Archiwum UJ. Jest to pieczęć majestatyczna króla Kazimierza Wielkiego, przywieszona niegdyś do dokumentu fundacyjnego Uniwersytetu Krakowskiego wydanego przez Kazimierza Wielkiego 12 maja 1364 r.

W uroczystej Mszy św. wzięły udział władze Uniwersytetu Jagiellońskiego, rektorzy innych uczelni wyższych z kraju i zagranicy, społeczność akademicka – profesorowie i studenci. Po Eucharystii uformowali orszak, który wyruszył z Wawelu ulicami Krakowa do Auditorium Maximum UJ przy ulicy Krupniczej, gdzie zaplanowano uroczyste posiedzenie Senatu UJ.

W czasie tego posiedzenia złoty medal „Plus ratio quam vis” zostanie wręczony przewodniczącemu Komisji Europejskiej José Barroso. Pierwszy medal, wybity dla upamiętnienia 600-lecia odnowienia UJ, otrzymał w 1997 r. ojciec święty Jan Paweł II.

Dziś także zostaną wręczone doktoraty honoris causa. Odbiorą je prof. Witold Kieżun, profesor nauk ekonomicznych, teoretyk zarządzania, żołnierz Armii Krajowej, uczestnik Powstania Warszawskiego, więzień sowieckich łagrów oraz prof. Robert Huber, członek Max-Planck-Gesellschaft, laureat nagrody Nobla w dziedzinie chemii za wyznaczenie trójwymiarowej struktury centrum reakcji fotosyntezy u bakterii.

W roku 1364 król Kazimierz Wielki uzyskał po latach starań zgodę papieża na założenie uniwersytetu w Krakowie, stolicy królestwa. Był to drugi, po powstałym w 1348 r. w Pradze, uniwersytet w środkowej Europie. Studium Generale – taka była oficjalna nazwa uniwersytetu w Krakowie – rozpoczęło działalność faktycznie nie wcześniej niż w 1367 r. i składało się z trzech tylko wydziałów: sztuk wyzwolonych, medycyny i prawa. Na utworzenie czwartego, najbardziej prestiżowego – teologii, nie wyraził zgody papież Urban V.

Przedwczesna śmierć w 1370 r. króla Kazimierza i brak jakiegokolwiek zainteresowania uniwersytetem u jego następcy, Ludwika Węgierskiego, spowodowały, że wkrótce wszechnica krakowska przestała wykazywać jakąkolwiek aktywność. Dopiero zabiegi królowej Jadwigi na dworze papieskim w Awinionie, a potem zapis w testamencie jej majątku osobistego na rzecz uniwersytetu sprawiły, że wznowił on działalność w roku 1400, w rok po śmierci donatorki. Tym razem powstał już pełny uniwersytet średniowieczny, z wszystkimi czterema wydziałami, zorganizowany na wzór paryski.

Od 1817 r. uczelnia nosi nazwę Uniwersytet Jagielloński – ku czci dynastii Jagiellonów, która przyczyniła się do odrodzenia krakowskiej wszechnicy.