Do pierwszej egzekucji więźniów Fortu VII w Barbarce doszło 28 października 1939 r. Przyjmuje się, że zginęło wówczas 130 osób. Byli między nimi na pewno dwaj księża: ks. Stanisław Główczewski - proboszcz parafii w Kaszczorku oraz ks. Jan Pronobis - proboszcz z Grębocina. Był to początek tragicznych wydarzeń. Kolejne egzekucje odbywały się co tydzień w środy, aż do 6 grudnia 1939 r. Przyjmuje się, że zginęły w nich: 8 listopada - 42 osoby, 15 listopada - ok. 65 osób, 22 listopada - ok. 75 osób, 29 listopada - ok. 150 osób, 6 grudnia - 6 osób. Tylko ostatnia egzekucja została podana do wiadomości publicznej i miała być odwetem za rzekome zranienie w Toruniu jakiegoś Niemca.
O mających miejsce egzekucjach dowiadujemy się m.in. z relacji naocznego świadka, robotnika leśnego Walentego Kluski z Różankowa. Oto fragment jego wspomnień:
„Pewnego razu również w listopadzie 1939 r. przyjechałem na wezwanie do pracy do lasu Barbarki. Mogło to być i w październiku 1939 r. Zbierając w lesie grzyby, widziałem jak przyjechał samochód osobowy, z którego wysiadło 6 mężczyzn z łopatami w towarzystwie 2 strażników z karabinami na ramieniu. Mężczyźni ci pod dozorem strażników wykopali dół, po czym wszyscy wsiedli do samochodu i odjechali. W tym momencie nadjechały 2 samochody ciężarowe, z jednego wysiadło 6 mężczyzn w ubraniach cywilnych, a z drugiego - 6 umundurowanych osobników. Ustawiono ich twarzą do grobu, po czym umundurowani oddali w ich kierunku strzały, tak że wpadali wprost do grobu. Miało miejsce jeszcze dobijanie ofiar, widziałem bowiem, że oddawano strzały do grobu z pistoletu”.
Ekshumacji zamordowanych w lesie Barbarka dokonano 24 września 1945 r. i 19 października 1946 r. Odkryto wtedy 7 masowych grobów szerokości od 2 do 4 m i długości odpowiednio: 47 m, 15 m, 11 m, 10 m, 6 m, 5 m, 3 m, 5 m. Natrafiono, niestety, przede wszystkim na resztki zwęglonych zwłok. Niemcy, chcąc ukryć zbrodnię, w 1944 r. wykopali zwłoki ofiar i spalili je. O zbrodni świadczyła jednak dobitnie jedna z zachowanych mogił, w której naliczono 87 ofiar. Ciała ekshumowanych nosiły ślady przestrzeleń w okolicach piersi i czaszek. Prawdopodobnie zbrodniarze zapomnieli o tym grobie, cały obszar porósł bowiem przez kilka lat trawą i krzewami.
Na koniec spójrzmy jeszcze na ciekawą zbieżność: św. Barbara, którą od średniowiecza na Barbarce otaczano kultem, jest patronką dobrej śmierci, szczególnie dla tych, którzy umierali nagle. Czyż nie tej rzeczywistości dotykamy w martyrologium, które miało miejsce jesienią 1939 r.? Bezsprzecznie tak. Być może nawet podtoruńska Barbarka należy do nielicznych, a może nawet jest jedynym miejscem w Polsce, w którym wielowiekowy kult św. Barbary znalazł tak wyraźną kontynuację podczas II wojny światowej. Nie można wykluczyć, że niejeden z rozstrzelanych powierzał się jej opiece.
W dniach, kiedy wspominamy zmarłych, pamiętajmy także o męczennikach z podtoruńskiej Barbarki: Święta Barbaro - wstawiaj się za nimi.

Więcej informacji o św. Barbarze i Barbarce można znaleźć w opracowaniu pt. „Św. Barbara i Barbarka” pod red. W. Rozynkowskiego i ks. W. Miszewskiego, wydanym przez Toruńskie Wydawnictwo Diecezjalne w 2005 r.