Mszę św. poprzedziło sympozjum naukowe, które ukazało głębokie dzieje tej wspólnoty parafialnej i kościoła. Modlitwą oraz słowem wstępu rozpoczął je gospodarz tego miejsca abp Andrzej Dzięga. Metropolita podzielił się swoją refleksją na temat wielu języków, przez które Szczecin nieustannie do niego przemawia. Jednym z nich, jak zaznaczył, jest język dziejów niezwykłych.
„Staję z wami, by słuchać, wpisywać w serce to, co będzie mówione. Chcę słuchać, by ten język we mnie się zapisywał. Niech Pomorze Zachodnie mówi do nas dziś językiem dziejów”. Metropolita mówił też o potrzebie wydobycia z historii naszego regionu, tego co stanowi źródło naszej duchowości, aby uchronić te miejsca czy wydarzenia, które inspirują do dzisiaj. Podkreślił w tym miejscu znaczenie bazyliki mniejszej miasta Szczecina: „Ta bazylika, ta świątynia ma wśród źródeł duchowości swoje miejsce szczególne”.
Proboszcz parafii ks. prał. A. Ziejewski (jeden z prelegentów) zachęcał do wsłuchiwania się w historię parafii: „Chciejmy ziemię, na której żyjemy i wiernie jej służymy, poznawać”. Pozostali prelegenci: prof. dr hab. Kazimierz Kozłowski, ks. dr hab. Grzegorz Wejman i ks. dr Robert Masalski podjęli to wezwanie i z wielką erudycją przedstawili dzieje wspólnoty od chwili jej powstania aż do czasów obecnych, akcentując najistotniejsze wydarzenia z jej pięknej (m.in.: ogłoszenie w tym kościele Prymasa Polski kardynałem czy też nadanie świątyni godności bazyliki mniejszej) i trudnej (m.in.: uwięzienie i ścięcie w Halle pracujących w tej parafii w czasie II wojny światowej, szczecińskich kapłanów - o. Friedricha Lorenza, ks. Herberta Simoleita i ks. prał. Crala Lamperta) historii. Prezentacja bardzo pięknie wydanego albumu pt. „Bazylika św. Jana Chrzciciela w Szczecinie” była godnym uwieńczeniem tej części jubileuszowego dziękczynienia.
Uroczystej Mszy św. przewodniczył abp Andrzej Dzięga wraz z abp. seniorem Marianem Przykuckim, bp. Marianem Błażejem Kruszyłowiczem, bp. seniorem Janem Gałeckim i gronem 70 kapłanów. W homilii abp senior Marian Przykucki zawarł głęboką refleksję nad przeszłością zachodniopomorskiej ziemi oraz parafii. Szczególną uwagę zwrócił na wspomnianych podczas sesji naukowej męczenników - 3 kapłanów ściętych 13 listopada 1944 r. w Halle. Nawiązał także do patrona parafii - św. Jana Chrzciciela, zapraszając do bycia heroldami Chrystusa. Wiele miejsca poświęcił miłości, o której powiedział, że „ma to do siebie, że musi się dzielić” i do takiej postawy zachęcał. Na zakończenie homilii życzył, „by parafia św. Jana Chrzciciela rozwijała się pomyślnie w duchu miłości i męstwa Jana Chrzciciela”.
Ważnym punktem uroczystości było odczytanie przez kanclerza Kurii ks. inf. dr. Edmunda Cybulskiego dokumentu Penitencjarii Apostolskiej, która z polecenia papieża Benedykta XVI udzieliła odpustu zupełnego, pod zwykłymi warunkami, wszystkim wiernym, którzy w tym roku będą nawiedzać bazylikę św. Jana Chrzciciela i uczestniczyć w nabożeństwach lub spędzą czas na modlitwie. Nadto Penitencjaria Apostolska upoważniła abp. Andrzeja Dzięgę do udzielenia w tym dniu błogosławieństwa papieskiego z odpustem zupełnym.
Arcybiskup Metropolita na zakończenie Mszy św., mówiąc o kościele św. Jana Chrzciciela, użył tytułu Bazylika Prymasowska, nawiązując do ogłoszenia w tym kościele prymasa Polski abp. Stefana Wyszyńskiego kardynałem. Zapowiedział także powołanie Komitetu Społecznego przy Metropolicie Szczecińsko-Kamieńskim.
Po Mszy św. przy wejściu do kościoła nastąpiło poświęcenie pamiątkowej tablicy upamiętniającej to wydarzenie. Odmówiono modlitwy, a liczne delegacje złożyły kwiaty pod pomnikiem sługi Bożego kard. Stefana Wyszyńskiego, Prymasa Tysiąclecia.