Urodził się w Limone nad jeziorem Garda (północne Włochy) w rodzinie prostych rolników. Uczył się w szkole w Weronie, w której dużo mówiono o misjach. To w latach szkolnych zrodziło się w nim powołanie misyjne. Później zorganizował Koło Przyjaciół Misji Afrykańskich. Po przyjęciu święceń kapłańskich wyjechał do Afryki, gdzie pracował głównie wśród niewolników. Walczył o godność mieszkańców Afryki. Podczas pobytu w Rzymie, w trakcie modlitwy przy grobie św. Piotra 15 września 1864 r., otrzymał wewnętrzne natchnienie, aby odnowić Afrykę. Dostał poparcie papieża Piusa IX. W 1867 r. ks. Comboni założył w Weronie Instytut Misyjny dla Afryki (w 1885 r., cztery lata po jego śmierci, instytut przekształcono w Zgromadzenie Misjonarzy Kombonianów) i koło przyjaciół Dzieło Dobrego Pasterza (dziś Dzieło Zbawiciela), a w 1872 r. – zgromadzenie sióstr dla misji w Afryce. W 1877 r. został wikariuszem apostolskim Afryki Środkowej, konsekrowanym na jej pierwszego biskupa z siedzibą w Chartumie. „Potrzebni są ewangelizatorzy odznaczający się takim samym entuzjazmem i zapałem apostolskim, jak bp Daniel Comboni, apostoł Chrystusa pośród Afrykanów. Poświęcił on wszystkie zasoby swej bogatej osobowości i głębokiego życia duchowego, aby Afryka – kontynent, który tak bardzo umiłował – mogła poznać i przyjąć Chrystusa” – powiedział św. Jan Paweł II.