Do napaści na duchownego doszło, kiedy jechał on swoim pojazdem i został przechwycony przez dwóch uzbrojonych mężczyzn na motocyklu. Według lokalnych mediów, ksiądz Pérez został trafiony co najmniej ośmioma strzałami i zmarł na miejscu.

Kapłan wielokrotnie otrzymywał pogróżki pozbawienia życia, opowiadając się za pokojem w najbiedniejszym stanie Meksyku, który graniczy z Gwatemalą i jest głównym punktem tranzytowym dla nielegalnych narkotyków i migrantów z USA, a także broni przeznaczonej dla meksykańskich gangów.

Władze twierdzą, że dwa największe meksykańskie syndykaty przestępcze - Sinaloa i Jalisco New Generation - toczą wojnę o szlaki przemytnicze w Chiapas, często kupując lojalność mniejszych grup przestępczych, które działają w całym stanie.

„Chiapas to bomba zegarowa” - powiedział ks. Pérez meksykańskiej gazecie Aristegui Noticias we wrześniu, gdy był jednym z tysięcy uczestników Pielgrzymki dla Pokoju w Tuxtla Gutiérrez, stolicy stanu. „Jest wielu zaginionych, wiele porwań, wiele morderstw z powodu zorganizowanej przestępczości. ... Przeciwstawiając się tej fali przemocy, dążymy do pokoju” - wyznał wówczas duchowny.

Praca duszpasterska księdza Pereza była głęboko naznaczona zaangażowaniem na rzecz najbardziej bezbronnych społeczności, zwłaszcza na obszarach dotkniętych przemocą, przestępczością i wyzyskiem. W trakcie swojej posługi ksiądz Marcelo odegrał kluczową rolę jako mediator w złożonych konfliktach społecznych, szczególnie w Pantelhó i Simojovel, innym obszarze nękanym przemocą wynikającą z handlu narkotykami i nielegalnej eksploatacji bursztynu. Kapłan prowadził marsze i ruchy społeczne, potępiają handel ludźmi, handel bronią i eksploatację zasobów naturalnych. Ks. Marcelo był jednym z założycieli Środkowoamerykańskiej Ekologicznej Sieci Kościelnej w 2019 roku.

Kard. Felipe Arizmendi, emerytowany biskup San Cristóbal de Las Casas przypomniał, że „zamordowany duchowny był jednym z pierwszych rdzennych księży. Zawsze działał na rzecz sprawiedliwości i pokoju wśród pierwotnych mieszkańców Meksyku. Nigdy nie angażował się w politykę partyjną, ale zawsze walczył o to, by wartości Królestwa Bożego żyły we wspólnotach. Są to wartości prawdy i życia, świętości i łaski, sprawiedliwości, miłości i pokoju. Był kapłanem bardzo skupionym na swoim powołaniu, bardzo rozmodlonym, bardzo bliskim tabernakulum i bardzo oddanym swojemu ludowi. Jego zabójstwo po raz kolejny pokazuje nam klimat przemocy, który został rozpętany w Chiapas i w większości kraju. Mamy do czynienia z rozkładem społecznym, który zaczyna się od zniszczenia rodziny i nasilany jest przez bezkarność, z jaką działają grupy zbrojne” - stwierdził kard. Felipe Arizmendi Esquivel.