Ks. prał. Balagapo urodził się 8 marca 1971 r. w Catbalogan (Filipiny), a 12 lipca 1996 r. przyjął święcenia kapłańskie w archidiecezji Palo. W Rzymie uzyskał doktorat z prawa kanonicznego na Papieskim Uniwersytecie Świętego Krzyża oraz licencjat kanoniczny z teologii moralnej w dawnym Papieskim Instytucie Jana Pawła II. W archidiecezji swej inkardynacji pełnił między innymi funkcje wykładowcy prawa kanonicznego, odpowiedzialnego za formację stałą duchowieństwa, wikariusza sądowego i kanclerza. Od 2015 r. był urzędnikiem ówczesnej Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów, a w lipcu 2023 r. został mianowany szefem biura w Sekcji ds. Pierwszej Ewangelizacji i Nowych Kościołów Partykularnych Dykasterii ds. Ewangelizacji.

Jego następcą jako kierownika biura w Sekcji ds. Pierwszej Ewangelizacji i Nowych Kościołów Partykularnych Dykasterii ds. Ewangelizacji papież mianował ks. Sergio Bertocchiego, duchownego diecezji Bergamo w Włoszech.