Były trener Legii Warszawa i Śląska Wrocław zasłabł podczas porannego treningu w Parku Grabiszyńskim. Wiele osób kojarzyło go nie tylko z ławki trenerskiej, ale także ławki kościelnej.

W świecie profesjonalnego sportu Jacek Magiera uchodził za postać wyjątkową. W rozmowach mówił otwarcie o wierze w Pana Boga. Był osobą wierzącą i regularnie praktykującą. W wielu wywiadach podkreślał, że chrześcijański system wartości jest dla niego priorytetem. Uczył młodych zawodników nie tylko bycia dobrym zawodnikiem, ale także właściwej postawy poza boiskiem.

Jacek Magiera to wychowanek Rakowa Częstochowa, w barwach którego debiutował na poziomie Ekstraklasy. W 1997 roku przeniósł się do Legii Warszawa, której zawodnikiem pozostał do 2006 roku, z półroczną przerwą na występy w Widzewie Łódź. Z klubem ze stolicy wywalczył dwa mistrzostwa, jeden Puchar i Superpuchar Polski, a także triumfował w rozgrywkach Pucharu Ligi Polskiej. W 2006 roku powrócił do Rakowa, a karierę kończył w Cracovii. W Ekstraklasie Jacek Magiera rozegrał łącznie 233 spotkania, zdobywając w nich 25 bramek. Występował również w juniorskich reprezentacjach Polski, a z kadrą do lat 16 w 1993 roku wywalczył mistrzostwo Europy. Kilka miesięcy później był kapitanem reprezentacji Polski U-17, która na mistrzostwach świata zajęła czwarte miejsce.

Niedługo po zakończeniu kariery piłkarskiej Jacek Magiera rozpoczął pracę szkoleniową. Pełnił funkcję asystenta w reprezentacji Polski do lat 18, a także w warszawskiej Legii (tymczasowo prowadząc też zespół jako pierwszy trener). W latach 2014-2015 był trenerem rezerw „Wojskowych”, by w 2016 roku przenieść się do Zagłębia Sosnowiec. Po kilku miesiącach został szkoleniowcem pierwszej drużyny Legii, którą poprowadził w rozgrywkach Ligi Mistrzów, zajmując trzecie miejsce w fazie grupowej. W sezonie 2016/2017 doprowadził Legię do mistrzostwa Polski, miał też udział w kolejnym mistrzowskim tytule, wywalczonym rok później.

Od marca 2018 roku Jacek Magiera prowadził reprezentację Polski do lat 20, przygotowującą się do mistrzostw świata. Zanotował w nim awans do 1/8 finału turnieju. Po zakończeniu rywalizacji w młodzieżowym mundialu został szkoleniowcem kadry narodowej U-19. Do futbolu klubowego powrócił w 2021 roku, przejmując stery w Śląsku Wrocław. Z klubem tym w sezonie 2023/2024 wywalczył wicemistrzostwo kraju.

Od lipca 2025 roku był drugim trenerem reprezentacji Polski w sztabie selekcjonera Jana Urbana.

Trener Magiera był gościem podcastu z serii „Rozpal wiarę” Marcina Zielińskiego. Rozmawiał tam o piłce nożnej, Lidze Mistrzów i Bogu, który, jak mówił, pomagał mu w podejmowaniu najważniejszych życiowych decyzji.