Kardynał Filoni urodził się 15 kwietnia 1946 w miasteczku Manduria w regionie Apulii na południu Włoch. Święcenia prezbiteriatu przyjął 3 lipca 1970 jako kapłan diecezji Nardò-Gallipoli. Początkowo pracował w swej diecezji, ale 3 kwietnia 1981 rozpoczął działalność w służbie dyplomatycznej Stolicy Apostolskiej. Pracował w papieskich przedstawicielstwach dyplomatycznych na Sri Lance i w Iranie, a następnie - po powrocie do Watykanu - w Sekretariacie Stanu, po czym znów wyjechał do nuncjatur w Brazylii i na Filipinach.

17 stycznia 2001 Jan Paweł II mianował go nuncjuszem apostolskim w Iraku i Jordanii, wynosząc go jednocześnie do godności arcybiskupa tytularnego Volturnum, a następnie osobiście udzielił mu sakry 19 marca tegoż roku w Watykanie.

Na stanowisku nuncjusza w dwóch państwach bliskowschodnich abp Filoni pełnił bardzo szczególną i delikatną rolę. To właśnie wtedy - na przełomie 2002 i 2003 - ówczesny prezydent USA George W. Bush zapowiedział wkroczenie wojsk amerykańskich do Iraku, jeśli nie podporządkuje się on uchwałom ONZ i nie wpuści do siebie inspektorów, aby mogli na miejscu sprawdzić, czy kraj ten nie pracuje nad własną bronią jądrową.

Jak wiadomo - mimo dramatycznych apeli Jana Pawła II do obu stron i jego usilnych zabiegów, aby nie dopuścić do wojny - w marcu 2003 jednak ona wybuchła. W tym gorącym okresie, gdy zaczęły się działania zbrojne i cały Irak ogarnęła pożoga wojenna, abp Filoni nie opuścił swej placówki w Bagdadzie, ale przetrwał w niej cały ten czas aż do 25 lutego 2006, gdy Benedykt XVI mianował go nuncjuszem apostolskim na Filipinach. Przez 5 lat pobytu w Iraku dyplomata papieski był głównym źródłem bieżących wiadomości dla Ojca Świętego i Watykanu o sytuacji w tym kraju.

Na placówce w Manili abp Filoni spędził niespełna półtora roku, gdyż już 9 czerwca 2007 papież powołał go na stanowisko substytuta w Sekretariacie Stanu Stolicy Apostolskiej. 10 maja 2011 Benedykt XVI mianował 65-letniego wówczas hierarchę nowym prefektem Kongregacji Ewangelizacji Narodów, której podlegała cała misyjna działalność Kościoła katolickiego.

18 lutego 2012 roku został włączony do Kolegium Kardynalskiego. Brał udział w konklawe 2013, które wybrało papieża Franciszka oraz w konklawe 2025, które wybrało papieża Leona XIV. 8 grudnia 2019 roku został Wielkim mistrzem Zakonu Rycerskiego Grobu Bożego w Jerozolimie. Jego następcą na stanowisku prefekta dykasterii misyjnej został kardynał Luis Antonio Tagle.

Od 15 kwietnia Kolegium Kardynalskie liczy 243 członków, w tym 120 posiadających prawo udziału w ewentualnym wyborze papieża oraz 123 pozbawionych tego prawa. W bieżącym roku jeszcze trzech kardynałów ukończy 80 rok życia. Są to 21 kwietnia arcybiskup Barcelony, kard. Juan José Omella Omella, 22 maja emerytowany arcybiskup Agrigento we Włoszech, Francesco Montenegro oraz 18 lipca prefekt Dykasterii ds. Integralnego Rozwoju Człowieka, kard. Michael Felix Czerny, SJ.

Najstarszymi kardynałami jest liczący 100 lat emerytowany nuncjusz apostolski, kard. Angelo Acerbi oraz 99-letni emerytowany arcybiskup Kampali w Ugandzie, kard. Emmanuel Wamala.

Najmłodszymi członkami Kolegium Kardynalskiego są 46-leti ukraiński biskup greckokatolicki w Melbourne, Mykoła Byczok, CSsR oraz prefekt apostolski Ułan Bator, 51-letni Włoch, Giorgio Marengo, IMC.

Liczba kardynałów elektorów została ograniczona do 120 przez konstytucję apostolską Romano Pontifici Eligendo papieża Pawła VI (1 października 1975 roku) i potwierdzona w tym punkcie przez konstytucję apostolską Universi Dominici gregis papieża Jana Pawła II (22 lutego 1996 roku); jednak zarówno sam Jan Paweł II, jak i jego następcy często odstępowali od tej reguły.