Szkoła Podstawowa nr 3 w Siemiatyczach już od 20 lat nosi imię Jana Pawła II. Uroczystość nadania imienia i wręczenie sztandaru odbyło się 13 maja 1998 r. Wzięli w niej udział bp Antoni Dydycz, duchowieństwo katolickie i prawosławne z Siemiatycz, władze wojewódzkie, powiatowe i miejskie oraz cała społeczność szkolna. W tym samym dniu została też odsłonięta umieszczona na holu tablica upamiętniająca patrona. W lipcu 1998 r. przedstawiciele Rady Pedagogicznej udali się na pielgrzymkę dziękczynną do Rzymu i spotkali się z Janem Pawłem II na audiencji. W 1. rocznicę nadania imienia po raz pierwszy został odśpiewany hymn szkoły, którego słowa ułożył ks. Mieczysław Rzepniewski. Hymn jest śpiewany przez uczniów podczas wszelkich uroczystości szkolnych związanych z patronem. 10 czerwca 1999 r. podczas wizyty Jana Pawła II w Drohiczynie uczniowie, nauczyciele i rodzice wzięli udział w nabożeństwie, a dyrektor A. Bajena wręczył Ojcu Świętemu dar od całej szkoły. 14 maja 2001 r. nastąpiło otwarcie Izby Patrona, w której są gromadzone wszelkie pamiątki związane z Ojcem Świętemu.

Od samego początku Jan Paweł II jest przedstawiany jako niekwestionowany autorytet moralny i wzór do naśladowania. W Programie Wychowawczo-Profilaktycznym szkoły są umieszczane działania mające na celu poznawanie życia, działalności i nauczania Papieża oraz sposoby wdrażania jego nauki w codziennym życiu.

Realizując poszczególne działania, szkoła od 2001 r. bierze udział w Ogólnopolskiej Pielgrzymce Rodziny Szkół im. Jana Pawła II na Jasną Górę. Przystępuje do wielu ogólnopolskich i wojewódzkich konkursów plastycznych, recytatorskich, literackich i wiedzy często osiągając sukcesy w finale lub półfinale. Szczególnym osiągnięciem jest to, że 9. razy uczniowie naszej szkoły reprezentowali województwo podlaskie w finale ogólnopolskich konkursów wiedzy o Janie Pawle II. W 2012 r. nasza szkoła była gospodarzem i współorganizatorem IV Ogólnopolskiej Olimpiady Myśli Jana Pawła II.

Dla upamiętnienia działalności i nauczania patrona przygotowywane są gazetki okolicznościowe, organizowane akademie szkolne, wieczornice, spotkania z poezją Karola Wojtyły i wiele innych działań. Co roku w rocznicę nadania imienia szkole uczniowie, nauczyciele oraz poczet sztandarowy biorą czynny udział w nabożeństwie fatimskim w parafii św. Andrzeja Boboli w Siemiatyczach.

W bieżącym roku, kiedy obchodzona jest 100. rocznica odzyskania niepodległości Polski, w szczególny sposób nawiązujemy do nauczania Jana Pawła II na temat miłości do Ojczyzny. Uczniowie wzięli udział w ogólnopolskich konkursach „Papież Słowianin” i „Myśli Jana Pawła II – Papieża Słowianina”. W szkole zostało zorganizowane Dyktando Papieskie i cykliczny konkurs wiedzy o Janie Pawle II. W dniach poprzedzających 11 listopada w ramach tzw. Poczty Papieskiej dzieci roznosiły do różnych instytucji w mieście pocztówki z myślami Jana Pawła II.

Przesłanie tak wspaniałego patrona jest inspiracją do wdrażania w życie dzieci i młodzieży cennych wartości m.in. przez wolontariat i działania na rzecz misji.

Janie Pawle nasz Patronie
Twoja wielkość pomnikowa
Nie przeminie, nie zatonie
W akademiach, pięknych słowach.
Janie Pawle nie zagaśnie
Sława Twoja pośród nas.
Będzie świecić światłem jasnym
W salach szkolnych naszych klas.
Hymn szkoły