Jan był rodowitym warszawiakiem. Do wybuchu powstania ukończył szkołę podstawową i uczył się na tajnych kompletach. Należał do tajnego ZHP – 23. Warszawskiej Drużyny Harcerskiej. W czasie Powstania Warszawskiego został wywieziony na przymusowe roboty do Niemiec, gdzie pracował na kolei. W maju 1945 r. powrócił do kraju i rozpoczął naukę w gimnazjum w Krakowie, a później w Warszawie.

Szkoła Jungów

Od najmłodszych lat pasjonowało go morze i marynarska służba. Czytał czasopisma poświęcone morskiej tematyce: Żeglarz i Morze, w odróżnieniu od innych kolegów z warszawskiego podwórka. Równie bliskie było mu powołanie kapłańskie – bo przez wiele lat był wzorowym ministrantem, lecz miłość do morza zwyciężyła. Zgłosił się więc do Państwowego Centrum Wychowania Morskiego w Gdyni, które w ciągu miesięcznego kursu przygotowywało przyszłych uczniów Szkoły Morskiej. Tam ukończył roczną Szkołę Jungów, a potem dwuletnią Szkołę Morską w Szczecinie i został absolwentem Wydziału Nawigacyjnego. Praktyki morskie odbył na Darze Pomorza i na Zewie Morza.

Wychowawca młodzieży

Jan Prüffer w wieku 20 lat został zatrudniony w szkolnictwie morskim najpierw jako starszy marynarz instruktor na Darze Pomorza, następnie został wykładowcą przedmiotów nautycznych i wychowawcą młodzieży w Państwowej Szkole Morskiej w Szczecinie, której dyrektorem był kapitan żeglugi wielkiej Konstanty Maciejewicz. W 1970 r. został dziekanem Wydziału Nawigacyjnego szczecińskiej Wyższej Szkoły Morskiej. W latach 50. został zatrudniony w rezerwie Polskiej Żeglugi Morskiej, lecz nie otrzymał zezwolenia na pracę na statkach morskich. Opinia służb bezpieczeństwa zamknęła mu wówczas możliwość zatrudnienia. Jan Prüffer był ostatnim żyjącym wykładowcą w trzech uczelniach morskich w Szczecinie.

Wyraźnie czułem opiekę Bożą, gdy stałem tyle razy na kapitańskim mostku.

Podziel się cytatem

Człowiek głębokiej wiary.

Gdy zapytałem go, czy w swoich licznych morskich podróżach całkowicie był zdany na wiedzę o statku i nawigacji, odpowiedział: „Jestem człowiekiem głębokiej wiary. Od dziecka zaczynałem i kończyłem dzień modlitwą. Podobnie było w czasie dowodzenia statkami, często na wzburzonym morzu. Wyraźnie czułem opiekę Bożą, gdy stałem tyle razy na kapitańskim mostku. Gdy tylko była możliwość w porcie szedłem do miejscowego kościoła na Mszę św., by podziękować Bogu za szczęśliwy rejs. Nigdy nie dotknęła mojego statku jakakolwiek katastrofa. W latach 50. Polacy w ogóle nie mieli prawa zejścia na ląd na Półwyspie Iberyjskim, bo na to nie chciały się zgodzić miejscowe władze, Polska była bowiem zaliczana do państw komunistycznych. Mogliśmy uczestniczyć w niedzielnej Mszy św. gdy o to poprosiliśmy lokalnego biskupa, a ten z kolei interweniował w tej sprawie u władz świeckich, które przysyłały nam opiekuna i dopiero z nim mogliśmy iść do kościoła”.

W latach 1982-96 Prüffer dowodził statkami Polskiej Żeglugi Morskiej w Szczecinie. Jego ulubionym masowcem, którego budowę nadzorował i odbierał, był Powstaniec Warszawski. W 2004 r., na zaproszenie ówczesnego prezydenta Warszawy Lecha Kaczyńskiego, uczestniczył w pracach Narodowego Komitetu Obchodów 60. Rocznicy Wybuchu Powstania Warszawskiego. Był jedynym reprezentantem kadr morskich RP w tym gremium.