"O trzeciej godzinie - powiedział Jezus do św. s. Faustyny w październiku 1937 r. w Krakowie - błagaj Mojego miłosierdzia szczególnie dla grzeszników i choć przez krótki moment zagłębiaj się w Mojej męce, szczególnie w Moim opuszczeniu w chwili konania. Jest to godzina wielkiego miłosierdzia dla świata całego" (Dz 1320). Kilka miesięcy później Pan Jezus powtórzył to żądanie określając cel jej ustanowienia, obietnice związane z praktykowaniem modlitwy w tej godzinie oraz sposoby jej obchodzenia.
Nie chodzi tutaj o godzinę zegarową (60 minut modlitwy), ale o modlitwę w momencie, gdy zegar bije trzecią godzinę (Dz 1572), czyli w chwili konania Jezusa na Krzyżu na Golgocie. Tę formę kultu Miłosierdzia Bożego można praktykować nie tylko w Wielki Piątek, czy w każdy piątek, ale codziennie.
Z modlitwą w Godzinie Miłosierdzia związał Jezus obietnice wszelkich łask. "W tej godzinie nie odmówię duszy niczego, która Mnie prosi przez mękę Moją" (Dz. 1320). "W godzinie tej uprosisz wszystko dla siebie i dla innych" (Dz. 1572). Chrystus postawił trzy warunki konieczne dla spełnienia obietnic: modlitwa ma mieć miejsce o godzinie 3.00 po południu, ma być skierowana do Jezusa i winno się w niej odwoływać do wartości i zasług Jego męki.
Jednocześnie sam Jezus udzielił wskazówek dotyczących sposobów modlitwy w Godzinie Miłosierdzia: "Staraj się w tej godzinie odprawiać drogę krzyżową, o ile ci na to obowiązki pozwolą; a jeżeli nie możesz odprawić drogi krzyżowej, to przynajmniej wstąp na chwilę do kaplicy i uczcij Moje Serce, które jest pełne miłosierdzia w Najświętszym Sakramencie; a jeżeli nie możesz wstąpić do kaplicy, pogrąż się w modlitwie tam, gdzie jesteś, chociaż przez króciutką chwilę" (Dz. 1572).
Ponadto trzeba jeszcze zaznaczyć, że przedmiot modlitwy musi być zgodny z wolą Bożą, a sama modlitwa powinna być ufna, wytrwała i połączona z uczynkami miłosierdzia, co jest warunkiem prawdziwego nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego.