Po zakończeniu studiów na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, związał się z prasą Stowarzyszeniem PAX, pisząc m.in. dla Słowa Powszechnego.

W 1973 r. na łamach Wrocławskiego Tygodnika Katolików zamieścił artykuł na temat kpt. Stanisława Sojczyńskiego – twórcy Konspiracyjnego Wojska Polskiego, walczącego z komunistyczną bezpieką. Wówczas po raz pierwszy zainteresowała się nim SB: „Do redakcji Słowa Powszechnego wpadło trzech wściekłych funkcjonariuszy – opowiada pan Marian – «Gdzie jest Papis?». Dali mi wezwanie, przesłuchiwano mnie, zastraszano. «Popełnił pan zbrodniczy artykuł, ale my tę sprawę załagodzimy» i jednocześnie podsuwają pismo: «Zobowiązuję się do kontaktu z SB» – machnąłem ręką: «Nie, proszę pana. Zachowam swoją godność i honor»”. Artykuł oraz odmowa współpracy w SB zamknęły Papisowi drzwi do zrobienia kariery w PAX-ie.

We wrześniu 1980 r. współtworzył Solidarność przy łódzkiej redakcji Słowa Powszechnego. Przyczynił się także do rozwiązania Frontu Jedności Narodu w Łodzi, co było powodem jego aresztowania, a następnie internowania w stanie wojennym.

„Jest noc z 12 na 13 grudnia 1981 r. – opowiada Papis – walenie do drzwi. Otwieram, nieznajome mi twarze, wtargają do mieszkania: «Panie Marianie, jest pan wezwany przez komendanta milicji na Lutomierską, proszę z nami»”. W grudniowy poranek został osadzony w więzieniu w Łęczycy. „Wysiadamy – wspomina Papis – w szpalerze milicjantów z pałami, psami zaprowadzono nas do celi”. Tam po raz kolejny otrzymał propozycję współpracy z SB. Papis tak wspomina ten moment: „«Mam za zadanie pana zwolnić, ale jest mi potrzebny jeden dokument» – i podsuwa mi pisemko. «Ja tego nie podpiszę i mogę siedzieć – teraz chociaż wiem za co: że nie poszedłem na współpracę z SB!»”. Ostatecznie, ze względu stan zdrowia, Papisa zwolniono z internowania 23 grudnia 1981 r.

Działacz został zawieszony na pół roku w pracy w Słowie Powszechnym, a następnie przymusowo urlopowany. W tym okresie, pod pseudonimem „M” publikował w prasie podziemnej. Zaangażował się także w organizowanie przy kościele jezuitów przy ul. Sienkiewicza w Łodzi pomocy dla zwolnionych dziennikarzy i rodzinom osób internowanych.

Od 1983 r. u boku o. Stefana Miecznikowskiego współtworzył Duszpasterstwo Środowisk Twórczych. „Jurek Katarasiński mnie poprosił: «ponieważ ty jesteś jedyny w tym gronie oficjalnie działający jako katolik – opowiada pan Marian – przygotuj program Duszpasterstwa Środowisk Twórczych». Zaproponowaliśmy to o. Stefanowi, ja zaprezentowałem koncepcję spotkań środowych z ciekawymi ludźmi. Na pierwsze spotkanie zaprosiliśmy ks. Tischnera”. Spotkania środowe były miejscem swobodnej dyskusji na bieżące tematy społeczno-polityczno-gospodarcze i stały się legendarną trybuną wolnego słowa oraz centralnym punktem życia intelektualnego w Łodzi.

Marian Papis współorganizował także Tygodnie Kultury Chrześcijańskiej, których ideę podtrzymują obecne Festiwale Kultury Chrześcijańskiej.

Za działalność opozycyjną Papis otrzymał z rąk prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski. Prezydent Andrzej Duda odznaczył go Krzyżem Wolności i Solidarności.