Pomysł proboszcza – ks. Wojciecha Kęsickiego budowy 4-kilometrowej drogi krzyżowej, na wzór tej jerozolimskiej, w parafii w Pakości (arch. gnieźnieńska) poparła rodzina Działyńskich – właścicieli wsi, którzy podarowali na ten cel swoją ziemię. Ksiądz Kęsicki wyznaczył ścieżki odwzorowujące szlaki jerozolimskie i drewnianymi krzyżami oznaczył miejsca poszczególnych stacji, a wiosną 1628 r. odprawił przy nich pierwsze nabożeństwo. Od XVII do XIX wieku w miejscu krzyży powstawały kaplice. Budowa klasztoru Ojców Franciszkanów, którzy przybyli do Pakości, przyczyniła się do rozwoju kalwarii, a zakonnicy stali się opiekunami tego miejsca. W 1671 r. sprowadzono do Pakości relikwie Krzyża Świętego i jest to obecnie największa cząstka tych relikwii w Polsce.

Kalwaria Pakoska funkcjonowała nieprzerwanie pod opieką franciszkanów aż do kasaty klasztoru w 1832 r. Trudnym momentem dla istnienia tego miejsca był najazd w 1654 r. wojsk szwedzkich, w wyniku którego zostały sprofanowane kaplice, zniszczone drzwi i pocięte niektóre obrazy. Pakości nie ominęły również epidemie, które doświadczały całą XVII-wieczną Europę. W 1656 r. dwaj zakonnicy z powodu choroby ukryli się w kaplicy Ogród Oliwny i tam zmarli. Kaplice kalwaryjskie były świadkami bitwy konfederatów barskich z oddziałami rosyjskimi w 1769 r., a dziewięćdziesięciu siedmiu poległych konfederatów zostało pochowanych w pobliżu kaplicy Wniebowstąpienie. Ogromne szkody na całym terenie powstały podczas II wojny światowej. Mniejsze kaplice stały się miejscem zabaw dla niemieckich dzieci, a większe zostały zamienione na magazyny. Jedynie kaplica Grób Pański zachowała sakralny charakter i przy niej gromadzili się wierni na modlitwę. Duszpasterstwo parafialne zostało powierzone franciszkanom dopiero w latach 80. XX wieku. W czasie Wielkiego Jubileuszu Roku 2000 arcybiskup gnieźnieński Henryk Muszyński ogłosił kościół Ukrzyżowania kościołem stacyjnym.

Kalwaria Pakoska, nazywana też Kujawską Jerozolimą, jest drugą, po Kalwarii Zebrzydowskiej, najstarszą w Polsce. Składa się na nią dwadzieścia sześć różnej wielkości kaplic pasyjnych, w tym dwa kościoły – Pana Jezusa Ukrzyżowanego i Matki Bożej Bolesnej oraz klasztorny św. Bonawentury. Najwięcej pielgrzymów przybywa do niej w czasie Wielkiego Postu, a szczególnie w dni Triduum Paschalnego, kiedy odbywają się nocne obchody kalwaryjskie. /i.c.