Można powiedzieć, że obchody Tysiąclecia Chrztu Polski w 1966 r. były udane. W grudniu tego roku bp Obłąk skierowany przez Prymasa Stefana Wyszyńskiego odwiedził Bartoszyce - miejsce, w którym znajdowała się jednostka wojskowa przeznaczona do odbywania służby wojskowej przez kleryków. Przerywano ich naukę w seminariach i kierowano do wojska - była to, oczywiście, forma represji. Podczas przyjazdu Biskupa odbywała się przysięga nowego rocznika alumnów - żołnierzy. Wizyta Biskupa zaalarmowała i wzburzyła nie tylko Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego. Szarpana wewnętrznym rozbieżnościami PZPR z Gomułką na czele postanowiła uderzyć. Nie dopuszczono do wizyty papieża Pawła VI w Polsce. Władze rozpoczęły działania skierowane przeciw seminariom duchownym. Wiadomo było, że w całym postępowaniu rządu kryły się represje wobec kard. Stefana Wyszyńskiego i duchowieństwa za udane obchody Milenium Polski.

Kościół był niezwykle poruszony pogróżkami dotyczącymi zamykania seminariów przez ówczesny rząd, który rozpoczął już postępowania w sprawie zamknięcia czterech seminariów. Na pierwszy ogień miały iść: Seminarium Ojców Jezuitów w Warszawie, Ojców Orionistów w Zduńskiej Woli, drugie seminarium Ojców Jezuitów oraz seminarium diecezjalne w Drohiczynie.

Prymas Polski, kard. Stefan Wyszyński, spędził wiele czasu na konferencjach i naradach, by temu zapobiec. Zrezygnował z pomocy ONZ, uważając całą sprawę za taką, która powinna być załatwiona wewnątrz państwa bez pomocy i interwencji z zewnątrz.

Mniej więcej w tym samym czasie minister spraw wojskowych Marian Spychalski oskarżył Episkopat o działalność szpiegowską i zbieranie informacji szkodzących obronności kraju. Była to odpowiedź jego i rządu na protesty dotyczące prób przymusowej ateizacji powołanych do wojska kleryków. Odbyło się wtedy posiedzenie Biskupów Ordynariuszy, którzy wystosowali odezwę do wiernych, dotyczącą obrony seminariów. Została ona datowana na 13 grudnia 1966 r. Wysłano również list do Zenona Kliszki, który stał na czele akcji ze strony rządu.

Całkowita zasadność interwencji skierowanych do władz w sprawie seminariów stała się podstawą zwołania 20 grudnia posiedzenia Komisji Wspólnej. Ksiądz Prymas zawsze podkreślał, że Episkopat chce porozumienia pomiędzy rządem a Stolicą Apostolską, mając na uwadze sytuację Kościoła w Polsce. Ksiądz Prymas pragnął uświadomić władzom, że to właśnie one psują możliwości porozumienia, swymi posunięciami przyczyniają się do powstania klimatu niesprzyjającego wspólnym uzgodnieniom. Wśród poczynań władz, które ciągle starały się niszczyć atmosferę współistnienia, były: sprawa seminariów i instytucji kościelnych, wcześniejsze działania mające na celu przeszkodzenie obchodom Milenium w wydaniu kościelnym, sprawa ewentualnej wizyty Papieża, cenzura itd.

Na posiedzeniu wspomnianej Komisji przedstawiciel władz Zenon Kliszko nie chciał podejmować szerszej dyskusji na proponowane tematy. Episkopat nie uznał dekretów rządu PRL (z lat 1961 i 1965) podporządkowujących seminaria duchowne Ministerstwu Oświaty. Ksiądz Prymas powołał komisje w składzie: bp Tokarczuk i bp Dąbrowski oraz ks. Miziołek, która miała opracować nowe regulaminy seminariów.

Podczas zakończenia obchodów Milenium kard. Stefan Wyszyński wygłosił w bazylice warszawskiej o północy z 31 grudnia 1966 r. na 1 stycznia 1967 r. kazanie, w którym mówił: "(...) zwracam się do Was z wielkim bólem serca, pełen niepokoju o zagrożone w swej pracy i istnieniu wyższe seminaria duchowne. Władze oświatowe zażądały usunięcia rektorów sześciu wyższych uczelni duchownych i zapowiedziały zamknięcie czterech seminariów. Rozumiemy, że jest to początek szerszej akcji, która wkrótce mogłaby pozbawić Kościół święty w Polsce młodych kapłanów (...)".

Biskupi wzywali wiernych do modlitwy w tej sprawie, informowali społeczeństwo o próbach obrony, przeciwstawianiu się działalności władz państwowych. Sprawy związane z zagrożeniem seminariów były nadal na porządku dziennym, im też poświęcono posiedzenie Komisji Wspólnej 20 stycznia 1967 r. Nie mógł jednak w jej obradach brać udziału chory bp Klepacz.

Poprzez swych przedstawicieli Sztachelskiego i Kliszkę rząd domagał się nadzoru nad seminariami, prawa ich wizytowania, wydawania zarządzeń, oceny programów nauczania, chciał zatwierdzać rektorów i wykładowców. Ponowne stanowcze "nie" Episkopatu stało się przyczyną wycofywania się ze sprawy rządu.

Dziesięciolecie, które minęło z chwilą zakończenia obchodów Milenium, pomimo kłopotów i trudności Prymas uznał za okres, w którym bardzo widoczne były osiągnięcia Kościoła, pomimo iż na hasło "wierności krzyżowi" usunięto krzyże ze szkół. Polska Nowenna zbiegła się z ogłoszeniem przez Papieża Matki Najświętszej Matką Kościoła. Dla dzieła maryjnego w Polsce wielkie zasługi położyli bp Pawłowski i bp Kowalski oraz ówczesny abp Karol Wojtyła. Program maryjny Prymasa Polski spotkał się z wielką inicjatywą wśród wiernych, pogłębiając ich postawy religijne. Było to wielkie dzieło Prymasa Polski, kard. Wyszyńskiego, który stojąc na czele Episkopatu i całego Kościoła w Polsce odniósł zwycięstwo, dzięki pomocy Tej, której zawierzył na całe swe życie.