Piękna i bogata jest historia przemyskiej archikatedry. Szczególne w niej miejsce zajmuje rok 1733. "Było to... w niedzielę zapustną; właśnie skończyło się nabożeństwo w katedrze, lud i duchowieństwo opuścili już progi świątyni, gdy łoskot podobny do grzmotu rozległ się w kościele. Duchowieństwo przerażone wbiegło do świątyni; patrzącym straszny przedstawił się widok; filary, nawy obalone, ołtarze zniszczone, kolumny połamane, sprzęty kościelne, ławki, konfesjonały zgruchotane, pełno gruzów, a - tumany kurzu wznosiły się pod dach kościelny. Co za katastrofa! Sklepienie nawy głównej, osłabione prawdopodobnie przy restauracji runęło, a pod ciężarem rumowiska zawaliły się także sklepienia grobowe. Co więcej pomniki, których liczba podług Starowolskiego: ´Monumenty Sarmatorum´ wynosiła 62, zniszczone zostały z wielką szkodą dla dziejów narodu i sztuki" - tak oto te dramatyczne wydarzenia opisywał ks. infułat Teofil Łękowski.

Należy jeszcze podkreślić, że na skutek zawalenia sklepienia nawy głównej zostały zniszczone m.in. grobowce: Jakuba Maksymiliana Fredry, podkomorzego przemyskiego Adama Stadnickiego, wojewody podolskiego, fundatora kościoła Karmelitów i odnowiciela zamku przemyskiego Marcina Krasickiego i kanonika wieleńskiego Mikołaja Niemczynowicza, który umarł licząc 129 lat. Natomiast ocalał z czerwonego marmuru pomnik biskupa Jana Dziaduskiego, pomnik kasztelana przemyskiego Fredry i jego żony, tablica kamienna przedstawiająca niewiastę klęczącą przed krzyżem, pomnik Michała Piechowskiego, proboszcza kapituły i sufragana przemyskiego (zmarł 30 stycznia 1723 r.), oraz pomnik będący wyrazem pamięci Wojciecha Włodka, kanonika, wizytatora diecezji i wielkiego miłośnika kościoła katedralnego. Wspomniany już ks. Łękowski z wielkim uznaniem podkreślał postawę ówczesnego biskupa przemyskiego Fredry: "Straszny cios nie potrafił złamać ducha świętobliwego biskupa żarliwego o chwałę Bożą i ozdobę przybytku Jego. Z nieugiętą energią zabrał się do odbudowania zrujnowanego wnętrza kościoła, mimo braku funduszów, bo równocześnie budował kościół i klasztor Paulinów w Starej Wsi koło Brzozowa, chcąc stworzyć na Podkarpaciu nową Częstochowę" .

Swoją historię mają także podziemia archikatedry. W IX w., w niedalekiej odległości od grobu (w miejscu dzisiejszej archikatedry) istniała osada. W końcu XI wieku w centrum owej osady została wzniesiona rotunda pod wezwaniem św. Mikołaja. Na jej ślady natrafiono dopiero w XIX w., a odkryto ją i fragmentarycznie zbadano w 1961 r. Aby zejść do podziemi przemyskiej archikatedry należy odsunąć ciężką betonową płytę, znajdującą się opodal głównego wejścia.

Budowla w podziemiach archikatedry posiada rzut w formie rotundy z jedną absydą (wysokość muru w partii absydy wynosi powyżej 200 cm, z czego na partię nadziemną przypada 180 cm). Została ona wzniesiona techniką "opus emplecton". Lica ścian ułożone są warstwami z bloków martwicy wapiennej. Całość została zalana zaprawą wapienno-piaskową.

Przemyska rotunda św. Mikołaja zaliczana jest do największych tego typu budowli w Polsce. Partia centralna przez bardzo długi czas była zagruzowana. Znajdujące się w niej szczątki (kości, czaszka) zostały wykopane najprawdopodobniej podczas rozbudowy archikatedry. Podczas badań archeologicznych w rejonie rotundy odkryto ślady wcześniejszej zabudowy w postaci jam. Kilka metrów od wieży katedralnej odsłonięto zrąb budynku drewnianego, zaś w jego okolicach fragmenty bransolet szklanych, ułamki naczyń glinianych, kości zwierzęce ze śladami obróbki. Kiedyś w tym miejscu istniało osiedle rzemieślnicze.

Latem w 1866 r. Józefa i Kazimierz Girtlerowie (absolwent Uniwersytetu Krakowskiego) wracali do domu od córki mieszkającej w Stanisławowie. Chcąc spotkać się z dawnym sąsiadem i przyjacielem, Stefanem Tańskim - który był dzierżawcą Drohojowa - dzierżawca Kaliny postanowił zatrzymać się w Przemyślu. Tak oto zdarzyła się sposobność, aby zwiedzić miasto, a w szczególności katedrę rzymskokatolicką. W książce Przemyśl w zaraniu doby autonomicznej Kazimierz Girtler pisze: "Lud przemyski miejski jest nabożny. Można codziennie z rana zastać w kościołach modlących się. Katedra zgromadza w każde święto wybór tutejszej publiczności na sumę".

Historia przemyskiej archikatedry jest pełna tajemnic. Toteż stanowi ona nadal wezwanie dla historyków i archeologów.