Kiedy wielkie nieszczęścia zaczęły coraz bardziej nękać kraj, Jan Kazimierz wspomniał swego przyjaciela, pisząc doń o swych troskach: „Wielebny Ojcze! W zeszłym roku doświadczyłem szczególnej opieki Bożej w cudownym zwycięstwie, jakie Boska Dłoń odniosła nad niezliczoną liczbą barbarzyńców, nieprzyjaciół Wiary Świętej. Po zawarciu pokoju z rebeliantami, ci uparci w swej przewrotności znowu napadli na to królestwo i zupełnie rozbili wojska, które mieliśmy dla bezpieczeństwa granicy. Mamy podstawy obawiać się, że w kilka tygodni zdobędą bez oporu wszystkie prowincje. Sądzę, że to z powodu naszych własnych grzechów i grzechów naszego narodu Boska Sprawiedliwość pragnie zesłać na nas tę karę. Niech dobry Ojciec zechce w żarliwości i miłości ducha błagać Boski Majestat, aby uwolnić raczył królestwo od barbarzyńców i okrutnego ucisku niewiernych i odwrócić w swej dobroci ów sprawiedliwy bicz Boży, i dać nam i naszym poddanym łaskę nawrócenia nas samych i naprawienia tego zła, które gniew Boży poruszyło, aż do zesłania na nas kary. Polecam Ojcu wśród tych niebezpiecznych zamieszek naszą Królową, pragnąc, aby w modlitwach polecił ją Bogu w czasie, gdy my niebawem wyruszymy z wojskiem w pole dla powstrzymania zuchwałości tak przewrotnych nieprzyjaciół. Ale przede wszystkim niech ma Ojciec w pamięci zdrowie naszej duszy, dla której żadna udręka nie jest pożądana. A Pan niech wzbogaca Ojca swoją świętą łaską”. Król dopisał jeszcze ręką własną: „Ojcze mój, módl się za, mnie, a zwłaszcza za moją duszę”. Na ten list z 24 czerwca 1652 r. Święty odpisał 14 lipca: „Ja niegodny kapłan nie zapominam o obowiązku modlitwy do Boga w intencji dobrych zamiarów Jego Królewskiej Mości, za Królową i Królestwo, aby Bóg udzielił wszystkich potrzebnych do rozwoju Świętej Wiary łask, za Jego Królewską Osobę i zachowanie całego narodu, ku większej chwale Bożej. Niech się spodoba Bogu wysłuchanie tych próśb. Nędzny robak na tej ziemi, brat J”.
Wymiana listów zarówno ze Stolicą Świętą, jak i z Asyżem była bardzo ożywiona. Kard. Brancati podaje: „W minionym czasie król wciąż pisywał do brata Józefa, który udzielał mu rad i umiał opowiedzieć wszystko o tym, co dzieje się na wojnie. Wiedziałem o tym, gdyż byłem wtedy sekretarzem zakonu i listy, które brat Józef pisał do Króla, oglądaliśmy wcześniej, tj. Ojciec Generał i ja”. Oto odpowiedź Świętego: „Chciałbym, chociaż nie jestem godzien, rozpalić się duchem mojego Ojca Franciszka, aby błagać Boga o pomoc w potrzebach Jego Królewskiej Mości, narodu polskiego, o wywyższenie Świętej Wiary i pomnożenie chwały Bożej, a jako niegodny kapłan nie zaprzestanę nigdy prosić w Świętej Ofierze Mszy, gdzie jest prawdziwy i żywy Bóg, aby podtrzymywał Was Jego Boską mocą. Niech Bóg mnie wysłucha w swojej dobroci. Pozdrawiam Jego Królewską Mość razem z Królową i polecam Najświętszej Dziewicy. Proszę wybaczyć mi, nędznemu i niegodnemu kapłanowi, jeśli pismo mam niewyraźne, ale zapewniam Was, iż troska moja o zdrowie duszy Waszej i Królowej jest mi tak droga, jak o moją własną duszę nędznego grzesznika. Asyż, 4 sierpnia 1652 r.”.
Pragnąc uzyskać od przewodnika duchowego pocieszającą przepowiednię, Jan Kazimierz wysłał umyślnie do Asyżu biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego, który dotarł do Świętego Konwentu 15 stycznia 1653 r. Ojciec Józef udzielił niezbyt zachęcającej, choć jasnej odpowiedzi: „Niech się kieruje dobrym sercem i niech się nie lęka, ale niech powierza się Tej, której Wizerunek miał w swoim namiocie”. Był to obraz Madonny z Częstochowy, do której władca zwracał się często w modlitwie razem ze swym ludem podczas burz wojennych. Wiadomość z Polski o zwycięskim zdobyciu Warszawy ucieszyła franciszkanina. Nie pozostały wprawdzie żadne listy królewskie pisane do Asyżu po roku 1653, monarcha zachował jednak głęboką pobożność i pewnego rodzaju czułą wdzięczność wobec św. Józefa z Kupertynu, który nie ustawał w modlitwach za niego. Kiedy prowincjał Transylwanii, o. Ottavio Lelli, przejeżdżał przez Warszawę w roku śmierci Świętego (17 IX 1663 r.) i odwiedził zamek, królowa zapewniała go, że jej małżonek „okazuje wielki szacunek dla ojca Józefa, gdyż wszystko, co ten mu przewidział, spełniło się”. Po wielu strapieniach i troskach zrzekł się tronu na Sejmie w Warszawie, by ostatnie cztery lata przeżyć u św. Germana w Prati, gdzie starał się zapomnieć o przepowiedni Brata Mniejszego o „królu strapionym i zatroskanym”.