Po roku 1945 władze komunistyczne nie zezwoliły na odtworzenie działającego od 1919 roku biskupstwa polowego. Nie zdecydowały się jednak na całkowitą likwidację duszpasterstwa wojskowego. Polska, jako jedyny kraj bloku komunistycznego, zachowała instytucję kapelanów wojskowych. Dla władz PRL istnienie tzw. Generalnego Dziekanatu Wojska Polskiego było jedną z oznak rzekomej tolerancji i swobód religijnych w Polsce. Równocześnie jednak starano się ograniczyć do minimum kontakty kapelanów z żołnierzami. Za udział w praktykach religijnych żołnierze byli prześladowani i karani przenosinami do trudniejszych w służbie garnizonów lub blokowaniem awansów. Sytuacja ta trwała przez cały okres PRL.

Po ponad 50-letnim okresie rugowania Kościoła z polskiej armii przez władze komunistyczne, 21 stycznia 1991 r. dekretem Kongregacji ds. Biskupów św. Jan Paweł II przywrócił Ordynariat Polowy w Polsce i powołał na biskupa diecezji wojskowej ks. prał. dr. Sławoja Leszka Głódzia, pełniącego posługę w watykańskiej Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich. Przyszły biskup polowy był duszpasterzem w obozie dla emigrantów z Polski w Pavonie oraz współpracownikiem sekcji polskiej Radia Watykańskiego.

Katedrą polową został ustanowiony kościół pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski przy ul. Długiej w Warszawie, który pełnił funkcję kościoła garnizonowego przed wojną światową oraz przez okres istnienia Generalnego Dziekanatu.

W początkowym okresie funkcjonowania Ordynariatu Polowego, po jego przywróceniu i w zmienionej sytuacji politycznej w 1991 r., ogromnie ważnym momentem stało się spotkanie Ojca Świętego z 40-tysięczną reprezentacją Wojska Polskiego w Zegrzu Pomorskim koło Koszalina, 2 czerwca 1991 roku. Pasterskie słowo Jana Pawła II ukazało istotne zadania duszpasterstwa wojskowego w relacji do narodu i Kościoła. Warto przy tej okazji przypomnieć, że jeszcze w 1986 roku Ojciec Święty Jan Paweł II wydał konstytucję apostolską SpiritualiMilitumCurae, dostosowująca ordynariaty polowe do nauczania Soboru Watykańskiego II i nadająca im status Kościołów partykularnych. Dokument umożliwił powstanie specjalistycznych duszpasterstw wojskowych w wielu krajach na świecie.

W nowo utworzonym Ordynariacie Polowym zorganizowana została struktura diecezjalna. Utworzono kurię polową i dekanaty dla poszczególnych rodzajów sił zbrojnych i okręgów wojskowych (w tym jeden dekanat dla żołnierzy obrządku bizantyjsko-ukraińskiego).

Następcą pierwszego po odnowieniu biskupa polowego Sławoja Leszka Głódzia został bp Tadeusz Płoski, który zginął w katastrofie samolotu rządowego pod Smoleńskiem 10 kwietnia 2010 roku. Od 4 grudnia 2010 decyzją Benedykta XVI, kolejnym biskupem polowym został mianowany, biskup pomocniczy archidiecezji krakowskiej, Józef Guzdek, który 19 grudnia odbył ingres do katedry polowej WP w Warszawie.

W diecezji wojskowej funkcjonuje obecnie 78 parafii (w tym 15 z nich to parafie wojskowo-cywilne, z księżmi także spoza ordynariatu polowego). Posługę w nich pełni 115 zawodowych kapelanów wojskowych (dodatkowo 11 kapelanów Straży Granicznej na etacie MSW).

Kapelani przechodzą przeszkolenie w Wyższej Szkole Oficerskiej Wojsk Lądowych we Wrocławiu i po jego zakończeniu otrzymują patent oficerski. Do pracy w Ordynariacie Polowym przygotowują się alumni (obecnie jest ich ośmiu), którzy studiują w Wyższym Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Warszawie, a następnie pełnią posługę kapłańską w diecezjach, dopiero po odbyciu kilkuletnich praktyk są przyjmowani do pracy w duszpasterstwie wojskowym.

Kurs oficerski nie zamyka procesu kształcenia kapelanów, którzy starają się uczestniczyć w innych kursach wojskowych, np. ratownictwa i pomocy przedmedycznej.

Posługą kapelańską są objęte wszystkie wojskowe jednostki, uczelnie, szpitale, sanatoria oraz żołnierze polscy uczestniczący w misjach pokojowych poza granicami naszego kraju i w polskich przedstawicielstwach wojskowych przy NATO i UE. W misjach pokojowych uczestniczyło już ponad stu kapelanów, wielu brało w nich udział kilkakrotnie. Z posługi księży kapelanów korzystają także rodziny żołnierzy, kombatanci, weterani oraz funkcjonariusze służb mundurowych (Policji, BOR-u, Straży Granicznej, ABW i Straży Ochrony Kolei). Biskup polowy pełni obecnie także funkcję delegata Konferencji Episkopatu Polski ds. Harcerzy, koordynującego pracę kapelanów harcerstwa.

Co roku, w przeddzień święta Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i Święta Wojska Polskiego (15 sierpnia), do Częstochowy dociera piesza pielgrzymka wojskowa. Pierwszy raz na Jasną Górę ruszyła w 1991 r. wraz z Warszawską Pielgrzymką Pieszą, tzw. paulińską. Obecnie pielgrzymki mają charakter międzynarodowy. Pątnicy w mundurach przybywają z Niemiec, Litwy, Słowacji, USA i Ukrainy. Z kolei reprezentacja polskich żołnierzy co roku w maju bierze udział w Międzynarodowej Pielgrzymce Żołnierzy do Lourdes oraz w lipcu do Lewoczy na Słowacji.

Przy parafiach wojskowych od początku ich istnienia prowadzona była działalność charytatywna. 12 marca 1996 roku, biskup polowy Wojska Polskiego Sławoj Leszek Głódź ujednolicił ją i scentralizował, powołując dekretem - Caritas Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego. Od tego czasu, Caritas wojskowa funkcjonuje na mocy własnego statutu jako autonomiczny podmiot prawa kościelnego i cywilnego. Caritas Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego to jedyna, działająca w strukturach wojska organizacja charytatywna na świecie. Jej patronem jest św. Marcin z Tours.

Pieniądze na pomoc najbardziej potrzebującym w kraju i za granicą pochodzą między innymi z Akcji Wigilijnego Dzieła Pomocy Dzieciom, darowizn, ze sprzedaży płyt i albumów z muzyką religijną i patriotyczną. W ordynariacie żywa jest idea honorowego krwiodawstwa, której duszpasterstwo prowadzi ks. płk Zenon Surma. Przy kilku parafiach wojskowych działają także ośrodki pomocy rodzinie.

Ordynariat Polowy wydaje od 1992 roku dwutygodnik „Nasza Służba”, adresowany do żołnierzy i rodzin wojskowych. Jest to czasopismo o charakterze formacyjno-informacyjnym, redagowane przez zespół profesjonalnych dziennikarzy.

Ordynariat posiada stronę internetową: www.ordynariat.pl uruchomioną 6 stycznia 2005, której redaktorem i administratorem jest ks. płk SG Zbigniew Kępa, rzecznik prasowy diecezji. Strona ta przynosi bogaty serwis informacyjny z życia diecezji wojskowej i posługi biskupa polowego. Zawiera również dokumenty kościelne i państwowe związane z ordynariatem polowym, pomoce duszpasterskie – adoracje, rozważania, rekolekcje, bogate galerie zdjęć oraz materiały audio i video. Stronę do marca 2005 r. internauci odwiedzili już blisko 4,5 mln razy, należy ona do najprężniej rozwijających się serwisów internetowych w armii. Od czterech lat ordynariat posiada też profil na portalach społecznościowych Facebook i Google+, uruchomił także kanał na portalu YouTube.

Diecezja wojskowa współpracuje z wieloma mediami katolickimi oraz świeckimi m. in. Katolicką Agencją Informacyjną, Radiem Watykańskim, Polską Agencją Prasową, Polskim Radiem oraz Radiem Warszawa. Ordynariat Polowy prowadzi także działalność wydawniczą w ramach której ukazały się m.in. Pismo Święte, kalendarze, modlitewniki (także w wersji polsko-angielskiej), śpiewniki, żołnierskie i pielgrzymkowe. Dzięki staraniom ordynariatu ukazały się także zbiory kazań kolejnych biskupów polowych oraz albumy z fotografiami m. in. katedry polowej i innych kościołów garnizonowych.

Propagując wiedzę na temat duszpasterstwa wojskowego ordynariat organizuje konferencje naukowe. W roku kanonizacji Jana Pawła II odbyła się przygotowana wspólnie z Centralną Biblioteką Wojskową sesja naukowa poświęcona Karolowi Wojtyle oraz Karolowi Wojtyle - seniorowi, ojcu przyszłego papieża i oficerowi odrodzonego po I wojnie światowej Wojska Polskiego. W 2014 roku Ordynariat uczcił 50. rocznicę śmierci abp. Józefa Gawliny konferencją poświęconą drugiemu w historii biskupowi polowemu oraz opiekunowi polskiej emigracji po II wojnie światowej. Owoc obydwu sesji naukowych zwieńczyły wydawnictwa książkowe.

Poczynając od 1995 roku, w rocznicę przywrócenia ordynariatu polowego, biskup polowy przyznaje wyróżnienie Benemerenti „dla podkreślenia zasług osób, które dają świadectwo najwyższym wartościom, jakimi w życiu jednostki i społeczeństwa są prawda i sprawiedliwość”, a także medale „Milito pro Christo”(od 1995), „Gloria Intrepidis et AnimiPromptis” (od 2008) oraz „Medal bł. ks. Jerzego Popiełuszki” (od 2011). Historię i działalność ordynariatu polowego propaguje powstałe w 2010 roku w podziemiach katedry polowej Muzeum Ordynariatu Polowego, które gromadzi pamiątki i prowadzi działalność edukacyjną związaną z duszpasterstwem wojskowym.