Urodził się ok. 1266 r. w Szkocji w miasteczku Duns. W 1279 r. wstąpił do Zakonu Braci Mniejszych i odbył nowicjat w Dumfries. Od 1280 r. studiował najpierw w Szkocji, później w Anglii. Święcenia kapłańskie otrzymał w marcu 1291 r. W latach 12931297 studiował w Paryżu. Prowadził wykłady na uniwersytetach w Combridge, Oxfordzie i w Paryżu. W Paryżu w 1305 r. uzyskał stopień magistra teologii. Za obronę Papieża Bonifacego VIII przed królem francuskim Filipem IV Pięknym musiał opuścić Francję i od 1304 r. wykładał w Oksfordzie. W 1307 r. wyjechał do Kolonii (Niemcy), gdzie wykładał teologię. Zmarł 8 listopada 1308 r., ciało jego zostało pogrzebane w podziemiach klasztoru franciszkańskiego w Kolonii, gdzie wierni przez Jego wstawiennictwo wypraszają po dzień dzisiejszy łaski. Wielką cześć odbiera także w diecezji Nola k. Neapolu.
Żył ok. 40 lat i w ciągu tego okresu bł. Jan zyskał sławę wielkiego filozofa i teologa, nie tylko w zakonie franciszkańskim. Jego rozważania teologiczne były skoncentrowane na Bogu, który jest Miłością. Obok nauki o Bogu w tajemnicy Trójcy Świętej, bł. Jan zwraca na siebie uwagę nauką o Matce Bożej, która wywarła decydujący wpływ na rozwój doktryny o Niepokalanym Poczęciu Najświętszej Maryi Panny. Przez dokładny wykład tego dogmatu oraz żarliwą jego obronę bł. Jan zdobył sobie tytuł doktora maryjnego (doctor marianus lub docktor immaculatae conceptionis). Szczególnie był rozmiłowany w Eucharystii, której przypisywał wyjątkową rolę pośród innych sakramentów.
Papież Paweł VI z okazji 700. rocznicy urodzin Jana Dunsa Szkota w liście apostolskim do biskupów Anglii, Walii i Szkocji określił jego naukę mianem antidotum przeciw ateizmowi. Przypomniał także jego mistrzostwo w prowadzeniu dialogu opartym na Ewangelii i starożytnych tradycjach. Drugim tytułem, jakim obdarzono Błogosławionego był tytuł doktora subtelnego (doctor subtilis).
Ojciec Święty Jan Paweł II w czasie pielgrzymki do Niemiec w 1981 r. nawiedził grób Franciszkanina nazywając go duchową twierdzą wiary. Po dziesięciu latach 6.07.1991 r. Ojciec Święty oficjalnie potwierdził jego kult w Kościele, a 20.03.1993 r. ogłosił go błogosławionym. Jego wspomnienie liturgiczne obchodzone jest 8 listopada.