We wrześniu 1939 r. został włączony w szeregi Wojska Polskiego do 2. Pułku Strzelców Podhalańskich jako instruktor ciężkich karabinów maszynowych. Za bohaterską postawę odznaczono go krzyżem walecznych.
Po napaści Związku Radzieckiego na Polskę dostał się do niewoli sowieckiej i wraz z innymi żołnierzami został wywieziony do obozu jenieckiego w Żytomierzu. Kiedy doszło do wymiany jeńców między Niemcami a Sowietami, Stanisław został przewieziony do stalagu w Rzeszy. W 1941 r. uciekł z obozu i dotarł do swojej rodzinnej wsi. Był ścigany przez żandarmerię i gestapo.
Po zaleczeniu ran wstąpił w szeregi partyzanckie, aby dalej walczyć z okupantem. Pełnił niebezpieczną służbę w patrolach dywersyjnych, a od wiosny 1943 r. dowodził plutonem strzelców w zgrupowaniu Armii Krajowej „Wybranieccy”. Dowództwo, doceniając jego zasługi, nadało mu stopień podporucznika.
W połowie listopada 1944 r. jego oddział został okrążony przez Niemców w Dolinie Wilkowskiej. Siły nieprzyjaciela były zbyt duże, aby partyzanci mogli wyrwać się z okrążenia. „Bogdan” wraz z „Danem” dostali się do niemieckiej niewoli. Przewiezieni zostali do więzienia przy ul. Zamkowej w Kielcach. Tu byli poddawani nieludzkim torturom. Mimo cierpień, nikogo nie wydali, nawet nie podali swoich prawdziwych imion i nazwisk.
Późną jesienią ich losy się rozdzieliły. Stanisław Kozera został rozstrzelany. Miejsce jego pochówku nie jest znane.