Wieś Miłkowice Maćki, zwana dawniej Miłkowice Ruskie, istniała już w XV w. Obecna nazwa pochodzi od dziedzica tej osady Macieja Miłkowskiego (zm. ok. 1478), asesora sądu drohickiego (1464). W latach 1460 i 1470 był on razem z żoną Katarzyną dobrodziejem Zakonu Franciszkanów z Drohiczyna. Ich córka Elżbieta, która poślubiła Jana Horbowskiego, wniosła tę wieś na własność Horbowskich. W 1522 r. właścicielami wsi byli Michno i Paweł Horbowscy. W następnych wiekach wieś należała do: Nowosielskich, Obniskich i Smorczewskich. W latach 1607-1686 wszystkie Miłkowice i Koczery należały do parafii Drohiczyn.
6 lipca 1811 r. ks. Teofil Caroli (1739-1818), rektor kolegium pijarskiego i proboszcz drohicki (1792-1818), poświęcił kamień węgielny pod budowę drewnianego kościoła. Jego fundatorem był dziedzic Minczewa - Jan Augustyn Smorczewski (1758-1822), syn Mansweta i Barbary z Kościelskich - skarbnik (1794) i sędzia powiatu drohickiego (1813-1822). Od 14 grudnia 1839 r. kościół ten stał się filią drohiczyńskiej parafii (do 1922 r.). Po powstaniu styczniowym, kiedy to 26 marca 1865 r. - z rozkazu Mikołaja Murawjewa „Wieszatiela” (1796-1866), gubernatora grodzieńskiego, wileńskiego i 6 guberni litewsko-białoruskich (1863-1865) - zlikwidowano parafię w Sadach (Sadowie), istniejącą tutaj od 1596 r., budynki i ziemię oddano duchowieństwu prawosławnemu, a część wyposażenia została przeniesiona do Miłkowic. W ten sposób w kościele miłkowickim znalazła się zabytkowa ambona z XVII w. W latach 1996-97 przywrócono jej dawny wygląd dzięki staraniom proboszcza ks. Henryka Kosza, pod nadzorem prof. Stanisława Stawickiego z Warszawy.
Samodzielna parafia w Miłkowicach Maćkach została erygowana w 1922 r. przez ks. Jerzego Matulewicza (1871-1927), biskupa wileńskiego (1918-1925). Jej pierwszym proboszczem 16 października 1922 r. (do 1927) został ks. Kazimierz Kowalewski (1879-1927). Gruntowny remont kościoła został przeprowadzony w latach 1936-37, pod kierunkiem ks. Stanisława Filmanowicza (1888-1942), ówczesnego proboszcza (1935-1942). W latach 1939-41, gdy wszystkie kościoły w Drohiczynie były zabrane przez wojska sowieckie, w Miłkowicach miała swą siedzibę parafia drohiczyńska.
W pobliżu kościoła znajduje się murowana, barokowa kapliczka zbudowana w I połowie XVIII w. ze źródłem, któremu miejscowa ludność przypisuje właściwości lecznicze. Kult św. Rocha, patrona kościoła i parafii, sięga na tych terenach początków XVIII w., gdy Podlasie nawiedzały straszne zarazy (1708-1712). Mieszkańcy okolicznych wsi zaczęli wówczas zwracać się w modlitwach do św. Rocha, co miało zaowocować licznymi uzdrowieniami. Na pamiątkę tych wydarzeń wybrano tego właśnie świętego na patrona kościoła w Miłkowicach.
Na terenie parafii miłkowickiej (wcześniej drohickiej) leży miejscowość Sady, w której 2 października 1596 r. został ufundowany kościół pw. Trójcy Świętej, Najświętszej Maryi Panny, św. Krzysztofa i św. Anny przez Annę Radziwiłł (zm. 1601), wdowę po dziedzicu Sadów - Krzysztofie Sadowskim h. Lubicz (zm. 1584), staroście ostrzyńskim i dworzaninie królewskim (1583-1584). W ramach represji carskich w 1864 r. spalono kościół, a rok później skasowano parafię. Ostatnim jej proboszczem, który przekazał księgi metrykalne do Drohiczyna, był ks. Sylwester Pętkowski (1852-1865).
Obok kościoła stoi drewniana dzwonnica konstrukcji słupowej, zbudowana w 1864 r. W ogrodzie parafialnym znajduje się zaś murowana plebania, zbudowana w latach 1975-78, staraniem ks. Piotra Grzegorczuka (1931-2000), ówczesnego proboszcza.

Bibliografia:
M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996.

Kaplice:
Skiwy Duże - kaplica dojazdowa, drewniana, zorganizowana w 1980 r., staraniem ks. kan. Krzysztofa Maksimiuka, ówczesnego proboszcza (1978-1983).

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 12.00
- kaplica w Skiwach Dużych: 14.30
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 9.00, 16.00
- kaplica w Skiwach: 12.00

Odpusty w parafii: św. Rocha - 16 sierpnia

Nabożeństwo adoracyjne: przed uroczystością Najświętszego Serca Pana Jezusa

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1948 r.
Księgi Małżeństw: od 1948 r.
Księgi Zmarłych: od 1948 r.